genome.fa.s5902.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005902.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013867_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97757

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 85 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199--3232	14	75.7	13	68	24	146	41	2	9	46	1.49
2219--2769	46	11.5	46	65	23	149	40	2	9	48	1.49
2288--2352	19	3.7	19	72	19	68	40	3	10	46	1.54
2296--2620	25	11.9	25	68	21	109	40	2	9	47	1.51
2193--2906	83	8.4	83	68	17	263	40	2	9	47	1.49
2509--2572	19	3.7	19	70	23	68	42	1	10	45	1.49
2484--3022	32	17.2	32	72	15	239	40	2	9	47	1.50
2517--3043	57	9.6	57	70	20	281	40	2	9	46	1.51
2154--3441	220	5.8	220	85	9	1632	41	2	9	47	1.48
2637--2680	21	2.0	24	86	13	67	45	2	6	45	1.42
2664--3042	43	8.5	45	68	21	151	40	2	9	47	1.49
2723--2786	19	3.7	19	68	23	59	39	3	10	46	1.55
2776--3052	24	11.4	24	69	21	93	41	2	9	46	1.49
2776--3007	46	5.0	47	70	16	128	40	2	9	46	1.49
2858--2906	13	3.8	13	83	8	55	44	2	6	46	1.39
2897--2927	10	2.9	11	90	9	55	35	0	6	58	1.24
2637--2906	75	3.3	84	73	13	208	40	2	9	47	1.49
2149--2302	62	2.5	61	78	13	147	44	1	8	46	1.42
2149--2957	60	13.5	61	70	17	200	40	2	9	47	1.49
2154--3163	11	87.1	11	67	22	209	41	2	9	46	1.50
3062--3204	26	6.1	23	75	18	91	44	2	11	42	1.52
3076--3154	26	3.1	26	87	8	108	48	3	7	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3009--3345	59	5.6	59	68	18	201	42	1	10	45	1.47
3033--3409	127	3.0	128	83	10	439	41	1	9	47	1.44
3312--3454	14	10.2	13	67	20	58	43	1	6	48	1.38
3381--3481	16	6.7	14	78	15	87	44	1	7	45	1.44
3381--3480	45	2.2	44	82	12	123	45	2	8	45	1.44
3381--3489	32	3.6	30	78	14	125	44	2	8	44	1.48
5627--5651	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
5713--5793	33	2.5	33	84	11	98	49	12	0	38	1.41
5834--5925	45	2.0	49	85	12	131	47	10	0	41	1.38
5834--5938	47	2.2	48	83	13	128	48	11	0	40	1.39
5906--5994	41	2.2	40	78	8	90	46	10	1	42	1.45
6030--6068	16	2.3	18	86	8	55	56	5	0	38	1.22
6078--6118	21	2.0	21	86	9	59	2	34	0	63	1.08
6371--6465	29	3.3	29	95	0	163	23	32	30	13	1.93
6452--6565	32	3.6	32	98	0	219	10	35	27	26	1.89
6451--6600	64	2.4	63	86	7	209	13	34	25	27	1.93
6650--6709	29	2.1	29	93	0	102	18	26	28	26	1.98
14166--14222	21	2.7	21	94	0	96	22	21	29	26	1.99
17576--17622	21	2.2	21	92	0	76	40	23	8	27	1.83
26301--26339	4	9.8	4	100	0	78	0	25	0	74	0.82
27501--27604	45	2.3	45	96	0	199	39	16	11	32	1.84
30667--30754	21	4.2	21	94	0	149	17	25	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30751--30884	20	6.7	20	84	1	178	38	17	20	23	1.93
30851--30958	20	5.4	20	88	2	119	32	22	19	25	1.97
31786--31839	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
34274--34362	20	4.4	20	80	2	90	35	22	20	21	1.96
34358--34429	33	2.1	34	90	7	112	44	18	22	15	1.86
34444--34539	33	2.8	33	88	3	138	12	22	20	43	1.86
36071--36144	21	3.5	21	73	10	71	21	17	37	22	1.94
36062--36152	42	2.2	42	82	4	112	24	16	36	23	1.94
36634--36746	20	5.7	20	91	0	172	38	21	21	19	1.94
36805--36981	20	9.5	20	76	16	148	20	19	19	40	1.91
36867--36948	33	2.5	33	77	2	92	14	18	20	46	1.84
38855--38901	20	2.3	20	88	0	67	38	25	17	19	1.92
39265--39327	22	2.9	22	95	0	108	22	12	41	23	1.88
39518--39631	20	5.7	20	81	2	138	21	20	18	39	1.92
39518--39629	41	2.8	41	88	1	163	20	20	18	40	1.92
48044--48197	31	5.0	31	92	1	247	37	20	20	22	1.95
49063--49106	20	2.1	21	87	4	63	15	22	29	31	1.95
67188--67229	16	2.8	15	79	10	50	50	4	0	45	1.23
67951--67993	16	2.5	17	88	7	61	76	2	0	20	0.89
68050--68128	13	6.4	12	71	20	65	68	3	0	27	1.07
68051--68128	38	2.0	39	87	2	113	67	3	0	28	1.07
67951--68246	117	2.5	115	92	2	484	60	8	3	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68181--68253	8	9.1	8	73	11	60	67	4	0	28	1.09
68183--68218	15	2.2	17	85	14	58	66	2	0	30	1.06
68172--68213	20	2.1	20	86	0	57	66	2	0	30	1.04
68179--68222	20	2.2	20	83	0	52	68	2	0	29	1.02
68221--68254	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
70914--71094	79	2.3	79	97	0	335	40	4	7	47	1.52
73990--74037	20	2.4	20	79	6	53	31	12	22	33	1.91
76528--76607	39	2.1	39	100	0	160	51	23	12	12	1.74
81340--81694	193	1.8	193	79	2	408	36	12	11	39	1.78
82500--82543	18	2.4	18	96	0	79	20	38	15	25	1.92
85691--85745	27	2.0	27	100	0	110	45	25	10	18	1.82
87547--87594	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
87600--87648	22	2.3	20	75	6	53	53	0	2	44	1.12
89195--89348	76	2.0	76	94	0	272	22	14	15	46	1.83
89491--89576	45	1.9	45	92	2	147	43	9	6	40	1.64
92063--92198	67	2.0	67	97	0	254	33	13	16	35	1.89
93859--93899	13	3.1	14	86	10	59	36	0	0	63	0.95
93863--93910	7	7.1	7	79	9	55	39	0	0	60	0.97
96173--96227	27	2.0	27	100	0	110	52	18	14	14	1.74

Tables:   1

The End!