genome.fa.s5927.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005927.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013915_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  407020

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1108--1152	17	2.6	17	92	0	72	62	0	26	11	1.29
1340--1387	15	3.0	16	81	9	62	4	16	8	70	1.27
18197--18404	105	2.0	105	83	0	263	25	16	31	26	1.96
26295--26346	26	2.0	27	92	3	88	44	0	0	55	0.99
26320--26406	29	2.8	31	76	13	74	48	0	3	48	1.18
26366--26417	27	2.0	27	84	3	70	51	0	5	42	1.25
26493--26560	19	3.5	19	75	15	59	45	1	1	51	1.19
27885--27995	40	2.8	40	88	1	168	34	28	13	23	1.93
29602--29663	31	2.0	31	93	3	108	38	33	3	24	1.71
33705--33760	21	2.3	26	77	20	68	30	10	3	55	1.51
34214--34752	59	9.1	59	89	1	785	30	22	12	34	1.92
38450--38536	40	2.1	41	83	6	106	28	27	16	27	1.97
40124--40216	31	3.0	31	98	1	179	38	35	3	22	1.71
42059--42088	15	1.9	15	93	6	51	13	3	10	73	1.21
42077--42136	7	8.6	7	76	10	52	10	5	1	83	0.87
42061--42130	9	7.4	9	72	15	52	11	4	4	80	1.00
42702--42780	12	6.3	12	85	7	61	31	2	2	63	1.21
42662--42753	13	7.1	13	73	19	68	33	0	3	63	1.11
42661--42776	8	13.2	9	71	20	61	34	1	2	61	1.20
42668--42790	44	2.9	41	75	15	115	33	1	2	62	1.18
42662--42759	40	2.5	38	81	15	112	33	1	3	62	1.18
43792--43854	22	3.0	22	73	20	62	65	3	7	23	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53890--53981	29	3.2	29	79	3	105	23	25	8	42	1.82
54139--54171	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
54407--54453	19	2.4	20	85	3	69	36	10	17	36	1.84
54548--54601	21	2.6	21	90	0	90	37	16	20	25	1.93
54848--54925	26	3.0	26	100	0	156	19	15	7	57	1.62
56339--56936	57	10.5	57	88	2	826	34	17	10	38	1.83
60951--61549	57	10.5	57	90	1	896	34	18	10	36	1.85
62958--62991	15	2.2	16	89	5	52	52	0	17	29	1.45
62908--62986	20	3.8	21	66	11	54	51	6	13	27	1.65
67604--67792	96	2.0	96	91	2	308	43	19	11	25	1.83
67711--67876	84	2.0	84	84	2	217	46	18	9	26	1.78
72609--72896	96	3.0	96	84	0	351	42	18	12	27	1.86
76179--76215	14	2.6	14	95	0	65	59	0	13	27	1.35
77618--77644	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
92075--92242	90	1.9	90	91	0	273	45	7	12	34	1.71
98807--98981	90	2.0	89	87	3	253	45	6	11	36	1.67
101808--101858	18	2.7	19	87	3	68	35	15	15	33	1.90
103964--104031	29	2.4	28	80	5	73	45	14	8	30	1.76
108326--108375	15	3.2	15	81	10	55	80	0	14	6	0.90
110402--110454	9	5.8	9	82	4	61	15	28	30	26	1.96
110402--110455	28	2.0	27	92	3	90	16	27	29	25	1.97
110502--110665	28	5.8	29	82	7	194	40	5	20	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113389--113425	18	2.1	18	94	0	65	40	16	24	18	1.90
117957--118018	31	2.0	30	84	3	79	14	38	27	19	1.90
117976--118022	17	2.7	18	86	6	78	17	46	21	14	1.83
118028--118098	29	2.4	30	88	4	101	35	5	21	38	1.77
118070--118106	17	2.2	17	95	0	65	37	5	18	37	1.74
118077--118115	17	2.3	17	90	0	60	38	7	23	30	1.83
118087--118182	28	3.4	28	89	4	147	38	5	20	35	1.75
118048--118142	46	2.1	46	90	4	147	37	5	22	34	1.77
118087--118229	29	5.0	29	83	2	155	39	6	20	32	1.78
124538--124608	29	2.3	34	81	16	91	21	8	4	66	1.36
124556--124615	29	2.0	31	83	6	79	21	10	5	63	1.44
124887--124962	31	2.5	31	89	4	118	32	23	7	35	1.84
125113--125179	14	4.7	15	72	5	50	26	8	7	56	1.56
145664--145834	13	12.6	13	68	20	61	35	2	3	58	1.28
145697--145787	12	7.3	12	74	20	64	36	1	2	60	1.16
145736--145780	16	2.6	17	86	10	56	35	0	0	64	0.94
145664--145964	7	43.7	7	67	21	113	36	3	2	56	1.32
145882--145951	22	3.1	23	74	12	65	40	2	0	57	1.14
145664--145965	19	15.7	19	65	20	89	36	3	2	56	1.32
145905--145965	16	3.8	16	78	8	70	36	4	0	59	1.19
146552--146598	20	2.4	19	79	10	58	53	12	14	19	1.73
146340--146811	180	2.6	182	90	0	714	41	14	16	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149008--149072	21	3.1	21	86	0	76	44	10	29	15	1.80
149106--149171	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
150959--151007	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
151120--152102	200	4.9	200	94	1	1720	36	14	17	31	1.90
153551--153636	6	14.3	6	83	0	91	36	6	32	24	1.82
153551--153636	9	9.6	9	83	0	91	36	6	32	24	1.82
154845--155423	183	3.2	183	96	0	1068	35	15	15	34	1.89
158215--158264	23	2.2	23	92	0	82	34	6	22	38	1.78
159009--159090	33	2.5	33	93	0	137	28	26	19	25	1.99
165965--166097	33	4.0	33	96	0	248	30	25	18	26	1.98
165979--166097	17	7.2	17	63	22	65	29	26	18	26	1.98
172297--172343	19	2.4	19	82	10	60	55	10	21	12	1.67
183812--184011	41	4.9	41	72	2	132	33	15	14	37	1.87
190022--190068	19	2.5	19	96	0	85	38	19	21	21	1.94
190158--190199	21	2.0	20	86	13	59	50	9	16	23	1.75
191645--191833	45	4.2	45	89	5	292	30	23	11	34	1.90
192427--192488	17	3.4	17	68	20	52	25	27	12	33	1.93
192406--192493	39	2.3	39	100	0	176	23	27	13	35	1.93
193395--193513	46	2.6	46	83	2	141	28	4	34	32	1.77
194800--194906	53	2.0	53	92	0	178	26	14	19	39	1.91
203525--203734	45	4.7	45	88	1	307	30	21	6	40	1.79
204658--204724	29	2.3	30	81	2	73	34	22	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211279--211329	20	2.5	20	87	6	68	35	17	29	17	1.93
211760--212077	55	5.7	56	89	1	480	38	10	18	33	1.84
221717--221939	95	2.3	95	86	1	304	30	16	26	26	1.97
221868--221939	22	3.6	19	75	15	56	33	15	26	25	1.95
221888--221932	22	2.0	23	86	4	65	35	13	22	28	1.92
221886--221939	22	2.6	20	77	11	63	33	14	24	27	1.94
222262--222479	59	3.7	59	90	0	346	36	12	21	30	1.90
231290--231467	94	1.9	95	90	3	288	34	15	22	27	1.95
231449--231501	22	2.5	20	80	11	61	32	11	26	30	1.91
231825--232219	59	6.7	59	93	0	673	35	12	23	28	1.91
246264--246392	29	4.4	28	75	11	93	60	3	10	24	1.47
246479--246530	22	2.4	22	96	3	97	48	3	23	25	1.68
247898--248002	49	2.1	48	77	16	108	20	20	22	37	1.95
248465--248528	17	3.7	17	81	6	67	85	7	3	3	0.79
248465--248521	25	2.3	24	85	8	71	85	8	3	1	0.77
248469--248535	31	2.1	32	88	2	100	82	10	4	2	0.93
248467--248520	8	6.9	8	78	4	56	85	9	3	1	0.80
250159--250202	21	2.1	21	86	0	61	29	27	9	34	1.87
267298--267350	13	4.4	12	75	15	56	71	0	9	18	1.12
274379--274565	90	2.1	90	91	0	302	25	22	20	31	1.98
278299--278763	208	2.2	209	80	6	496	34	9	19	36	1.84
278678--278752	38	1.9	39	83	2	98	37	9	18	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278788--278826	15	2.6	15	95	0	69	35	15	20	28	1.93
279975--280151	95	1.9	95	84	2	239	28	18	26	25	1.98
281189--281274	27	3.5	25	69	21	65	22	19	13	44	1.86
281069--281307	47	5.1	47	88	0	352	23	22	12	42	1.87
281580--281630	20	2.5	20	93	0	84	27	29	15	27	1.96
282226--282699	235	2.0	236	99	0	941	37	15	13	33	1.86
288183--288367	20	8.2	20	65	21	82	23	23	10	41	1.86
288242--288319	27	3.1	27	65	24	80	24	20	12	42	1.87
288104--288347	47	5.2	47	89	4	359	24	22	11	41	1.86
289809--290376	59	9.6	59	87	0	796	37	11	19	32	1.87

Tables:   1   2