genome.fa.s5960.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014004_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  221916

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13303--13344	2	21.5	2	95	4	77	52	0	0	47	1.00
17878--17902	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19140--19181	21	2.1	20	82	8	50	54	7	2	35	1.41
22082--22130	13	3.6	13	82	17	64	24	2	14	59	1.46
24683--24728	19	2.4	19	92	7	76	47	30	0	21	1.51
25803--25869	21	3.1	22	81	10	75	55	4	8	31	1.51
28760--28800	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
28978--29038	28	2.2	28	90	0	95	36	40	14	8	1.76
29287--29409	60	2.0	60	82	3	149	42	4	16	36	1.69
30637--30670	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
30796--30849	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
33111--33145	18	1.9	18	88	0	52	54	22	2	20	1.58
33464--33545	20	4.1	20	88	0	119	18	20	25	35	1.95
33464--33545	40	2.0	40	92	0	137	18	20	25	35	1.95
33631--33679	25	2.0	25	95	0	89	26	10	18	44	1.81
34067--34105	6	6.5	6	84	0	51	30	2	12	53	1.52
34059--34109	24	2.1	24	92	0	84	33	3	15	47	1.64
34410--34496	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
36299--36394	21	4.6	21	76	8	97	25	18	33	22	1.97
36299--36394	42	2.3	42	82	10	124	25	18	33	22	1.97
36801--36850	21	2.4	21	86	0	73	36	32	14	18	1.90
37435--37476	17	2.5	17	100	0	84	42	4	9	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38599--38638	20	2.0	20	90	4	64	10	17	25	47	1.78
38808--38854	22	2.1	22	92	0	76	21	10	42	25	1.85
38982--39066	20	4.2	20	73	16	77	20	14	22	43	1.87
50919--50958	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
53170--53231	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
59298--59337	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
66601--66945	43	8.1	43	80	8	248	33	22	22	22	1.97
66640--66945	125	2.4	127	79	9	318	34	22	22	20	1.96
66624--66945	86	3.8	85	77	10	320	34	22	22	21	1.97
69938--70270	41	8.0	41	81	6	334	33	18	20	28	1.96
69938--70270	83	4.0	83	88	1	454	33	18	20	28	1.96
71459--71538	2	40.5	2	97	2	153	50	0	0	50	1.00
73485--73523	21	1.9	20	89	5	60	7	5	23	64	1.40
83094--83138	18	2.5	18	79	10	56	33	33	4	28	1.77
86359--86389	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
92540--92991	149	3.0	149	95	0	780	26	15	21	36	1.93
92971--93013	22	2.0	22	85	0	59	23	25	25	25	2.00
97036--97124	30	3.0	30	90	1	126	32	26	20	20	1.97
97059--97132	30	2.4	30	93	2	121	32	24	20	22	1.98
97120--97220	31	3.2	31	78	8	123	34	18	17	28	1.94
97123--97219	32	3.1	32	77	12	119	36	18	16	28	1.93
101876--101964	30	3.0	30	91	1	135	31	26	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101960--102060	31	3.2	31	80	8	132	33	18	18	28	1.95
104836--105284	146	3.1	147	92	4	746	26	15	22	35	1.94
105259--105320	23	2.8	22	85	4	88	20	25	27	25	1.99
106307--106435	20	6.3	20	69	12	73	25	24	20	29	1.99
106322--106380	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
106365--106436	20	3.6	20	81	7	74	30	23	20	25	1.99
107251--107310	24	2.5	24	78	10	77	26	18	16	38	1.92
107500--107536	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
109573--109607	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
109667--109936	140	1.9	140	97	0	513	29	13	15	42	1.84
109907--110234	20	17.6	20	72	15	249	34	21	18	24	1.96
109915--110234	54	5.8	54	73	8	270	34	22	19	24	1.96
109969--110165	74	2.7	74	85	4	272	35	22	18	23	1.96
110023--110234	94	2.3	94	87	0	309	32	21	20	25	1.97
110224--110281	20	2.9	20	78	0	71	13	17	24	44	1.85
112441--112526	20	4.4	19	85	5	93	39	25	16	18	1.91
112452--112527	20	3.8	20	89	0	107	39	23	17	19	1.92
112570--112623	20	2.7	21	85	8	76	22	16	25	35	1.95
112570--112641	20	3.8	18	76	10	63	26	15	25	33	1.95
112782--112831	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
114211--114270	20	3.0	20	95	0	102	28	20	25	26	1.99
114237--114310	20	3.7	20	87	3	78	27	16	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120078--120212	58	2.4	55	80	12	148	50	4	14	30	1.63
120189--120264	12	7.4	10	80	19	54	55	2	0	42	1.14
120215--120263	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
123533--123558	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
123734--123761	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
125299--125359	23	2.7	23	82	5	61	52	8	19	19	1.71
133023--133120	40	2.5	38	81	8	115	43	12	3	40	1.57
133023--133122	39	2.5	37	78	12	101	44	12	3	41	1.57
133235--133311	39	2.0	39	86	0	109	41	11	9	37	1.73
133282--133402	43	2.7	43	82	10	118	45	7	6	40	1.58
133373--133588	115	1.9	113	81	7	258	44	9	6	38	1.64
133484--133654	56	3.0	56	80	5	166	41	12	8	38	1.72
133359--133612	57	4.4	57	76	9	214	44	10	7	38	1.67
133359--133656	57	5.2	57	75	11	184	42	10	7	38	1.68
133817--133964	45	3.3	44	84	5	179	41	15	7	35	1.75
148580--148604	9	2.8	9	100	0	50	20	0	44	36	1.52
149270--149356	45	1.9	45	85	0	120	22	21	25	29	1.99
150822--150886	30	2.2	30	91	0	103	29	15	10	44	1.80
150896--150942	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
153774--153821	15	3.4	14	78	16	55	33	2	0	64	1.05
161731--161879	76	2.0	75	81	9	178	27	2	12	57	1.48
162537--162586	19	2.6	19	81	12	66	20	4	2	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165527--165576	19	2.6	19	81	12	66	22	4	0	74	0.99
165607--165648	21	2.0	20	86	4	57	33	2	0	64	1.07
167709--167733	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
167824--167882	23	2.5	24	86	8	86	55	5	1	37	1.32
167878--167902	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
168532--168584	27	1.9	27	84	3	70	39	30	9	20	1.84
168852--168923	20	3.5	20	83	5	83	50	19	18	12	1.78
168972--169027	14	3.6	14	74	21	58	8	25	21	44	1.81
168955--169076	33	3.5	33	84	8	154	10	23	18	46	1.80
168950--169076	20	7.1	19	70	20	103	11	24	18	45	1.82
170769--171050	94	3.1	93	91	3	446	21	12	18	47	1.80
171141--171271	39	3.4	38	85	4	154	48	22	18	10	1.78
171141--171262	20	6.3	19	84	3	127	50	22	18	9	1.75
171292--171346	14	3.6	14	73	21	56	9	23	21	45	1.80
171271--171403	33	3.8	33	83	11	185	10	22	20	46	1.81
171268--171427	19	8.8	19	72	15	133	11	21	20	46	1.81
171271--171403	72	1.9	66	89	8	203	10	22	20	46	1.81
171880--171946	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
171828--171946	42	2.8	42	79	9	109	22	35	18	23	1.96
173298--173333	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
173440--173505	19	3.7	19	75	19	70	45	19	22	12	1.83
175778--175831	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175778--175845	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
176687--176862	20	8.6	20	89	2	235	23	22	17	37	1.94
176859--176904	21	2.2	21	88	7	67	39	17	26	17	1.91
184185--184210	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
184560--184644	34	2.5	34	98	0	161	31	20	15	32	1.93
185265--185334	28	2.5	28	90	0	113	42	18	27	11	1.84
185314--185469	67	2.3	67	86	0	222	39	12	21	26	1.89
185540--185576	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
194312--194352	20	2.0	20	95	0	73	29	7	24	39	1.82
195551--195607	26	2.2	26	100	0	114	22	31	22	22	1.98

Tables:   1   2