genome.fa.s6005.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006005.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014158_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  182743

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6801--6890	11	7.6	11	73	18	65	24	4	1	70	1.13
6847--6890	21	2.1	21	86	0	61	22	6	2	68	1.25
7099--7128	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
11050--11088	19	2.2	18	86	9	53	41	2	0	56	1.13
17770--17831	22	2.9	22	76	11	65	74	0	19	6	1.03
20148--20199	22	2.4	21	87	9	70	61	1	21	15	1.43
21194--21269	29	2.6	29	87	0	98	19	25	38	17	1.93
22086--22135	6	8.3	6	100	0	100	34	48	18	0	1.48
22735--22911	21	8.4	21	82	9	177	37	20	19	22	1.95
22728--22890	42	3.9	42	78	12	208	35	22	20	22	1.96
22728--22890	63	2.6	62	91	5	265	35	22	20	22	1.96
22756--22951	84	2.3	84	96	0	356	35	22	19	21	1.96
22728--22932	63	3.3	62	87	6	263	35	21	20	22	1.96
22906--22957	21	2.5	21	90	0	77	32	26	23	17	1.96
23429--23476	23	2.1	23	84	0	60	35	12	16	35	1.87
23681--23747	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
23903--23965	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
24387--24452	34	1.9	34	96	0	123	16	16	18	48	1.82
24727--24763	18	2.1	18	89	0	56	51	10	8	29	1.65
25198--25260	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
25443--25508	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
27975--28804	183	4.5	183	97	0	1513	33	16	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27975--28804	365	2.3	366	96	1	1513	33	16	14	34	1.90
28812--29672	199	4.3	199	96	0	1591	31	15	15	37	1.89
29781--29829	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
31378--31431	18	3.2	17	70	21	51	3	42	0	53	1.18
31378--31428	15	3.3	15	75	17	50	3	43	0	52	1.19
31714--31778	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
31861--31893	15	2.2	15	94	0	57	9	63	9	18	1.49
34147--34193	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
33936--34405	182	2.6	181	89	1	676	26	17	14	42	1.87
34719--34766	22	2.2	22	96	0	87	43	4	2	50	1.33
34486--34979	255	2.0	250	94	2	871	40	7	7	44	1.60
35574--35613	20	2.0	20	85	9	55	57	2	2	37	1.26
42853--42937	35	2.4	34	77	12	84	55	8	7	29	1.56
43172--43212	18	2.3	18	91	0	64	9	31	21	36	1.86
45263--45336	19	3.6	19	72	24	62	60	2	2	33	1.25
45348--45378	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
45469--45625	51	3.1	50	77	6	149	21	28	33	16	1.95
49288--49320	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
49837--49877	18	2.2	19	91	4	66	39	0	2	58	1.11
51108--51175	23	2.9	24	76	6	68	47	20	11	20	1.81
56951--57007	19	2.9	19	75	14	62	66	1	8	22	1.29
57090--57147	28	2.1	27	84	9	73	74	0	1	24	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57157--57242	27	3.1	27	77	12	68	65	3	2	29	1.22
57400--57451	15	3.3	15	80	15	52	73	0	0	26	0.84
57869--57972	37	2.8	37	89	0	145	30	12	14	42	1.83
58689--59963	106	12.0	106	91	0	1978	22	17	25	34	1.96
61566--61634	15	4.5	15	72	25	56	2	10	5	81	0.97
61550--61610	21	2.9	19	79	15	59	1	13	4	80	0.95
61566--61634	16	4.5	15	77	15	70	2	10	5	81	0.97
61564--61610	17	2.8	17	81	12	62	2	10	4	82	0.88
65935--65980	18	2.6	18	77	16	51	63	0	10	26	1.27
66073--66127	25	2.3	23	84	9	67	72	0	1	25	0.94
66059--66144	44	1.9	45	84	11	115	68	0	3	27	1.06
66059--66145	22	4.0	22	75	11	65	68	0	3	27	1.05
66058--66135	20	3.7	20	72	22	61	67	0	3	28	1.07
66267--66317	14	3.4	14	80	17	57	70	3	7	17	1.27
66851--66947	37	2.6	37	88	0	131	32	8	15	43	1.76
68687--68733	20	2.3	20	96	0	85	34	25	19	21	1.96
68682--68954	60	4.5	59	81	11	256	40	23	14	20	1.90
68727--68993	20	13.3	20	76	12	246	41	23	14	20	1.89
69153--69198	22	2.1	22	87	0	65	23	39	15	21	1.92
69563--69596	14	2.4	14	85	0	50	47	26	14	11	1.79
69609--69696	20	4.8	20	69	17	64	14	17	19	48	1.81
69619--69689	34	2.1	35	89	2	108	12	18	18	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71313--71374	21	3.0	21	82	0	79	22	35	17	24	1.95
71313--71398	42	2.0	42	86	4	120	22	36	18	23	1.95
72726--72886	66	2.4	67	87	10	231	27	2	16	53	1.56
72942--73010	20	3.4	20	78	7	68	46	24	14	14	1.82
72962--73005	21	2.1	21	95	0	79	50	25	13	11	1.75
73276--73322	6	7.8	6	85	0	58	17	2	23	57	1.50
73264--73304	18	2.3	18	91	0	64	21	0	26	51	1.48
73271--73321	18	2.8	18	90	0	75	19	1	23	54	1.54
75385--75409	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
75584--75653	24	2.9	24	78	0	68	42	17	12	27	1.85
76553--76599	18	2.6	18	82	3	58	31	14	23	29	1.95
76573--76701	19	6.6	19	78	7	100	32	11	19	36	1.88
78557--79050	82	6.0	83	81	4	429	28	21	17	32	1.96
78541--79046	41	12.3	41	75	6	344	28	21	17	32	1.96
81883--82209	43	7.6	42	82	2	384	24	24	18	31	1.97
81883--82210	128	2.6	129	83	2	394	25	24	18	31	1.98
84260--84314	22	2.3	24	78	9	60	29	0	9	61	1.26
84338--84363	7	3.7	7	100	0	52	42	26	15	15	1.87
85099--85129	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
87603--87641	18	2.2	18	95	0	69	35	7	20	35	1.81
88449--88532	33	2.5	33	79	12	82	63	14	2	20	1.42
89241--89276	18	1.9	19	88	5	56	50	16	13	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91884--91930	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
91672--92144	181	2.6	181	87	2	653	42	13	16	27	1.85
94334--94398	21	3.1	21	88	0	94	41	12	30	15	1.84
94432--94497	33	2.0	33	87	0	96	27	0	50	22	1.50
96287--96334	19	2.5	19	96	0	87	31	2	10	56	1.45
96569--97904	200	6.7	200	96	0	2401	35	14	19	30	1.92
96569--97904	596	2.2	598	96	0	2451	35	14	19	30	1.92
99382--99451	6	11.7	6	87	0	68	38	5	32	22	1.78
99382--99451	12	5.8	12	91	0	86	38	5	32	22	1.78
99382--99451	18	3.9	18	86	0	77	38	5	32	22	1.78
99399--99452	3	18.0	3	84	0	72	37	3	33	25	1.74
104138--104210	23	3.2	23	90	0	110	34	5	20	39	1.76
104621--104693	23	3.2	23	86	3	103	34	5	20	39	1.76
103837--105091	483	2.6	486	94	2	2179	41	7	10	40	1.68
105043--105088	23	2.0	22	84	12	58	43	10	8	36	1.71
105165--105212	23	2.1	23	88	0	69	37	16	8	37	1.79
124311--124360	23	2.1	24	81	7	57	70	0	10	20	1.16
125150--125188	14	2.7	15	84	8	53	74	2	2	20	1.06
128042--128119	32	2.4	32	87	4	104	29	30	28	11	1.92
129885--129926	13	3.2	13	86	3	57	30	21	19	28	1.97
133444--133493	15	3.4	15	78	13	59	70	0	6	24	1.10
134681--134707	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143668--143772	37	2.8	37	85	0	138	40	14	13	31	1.84
144366--144475	3	36.7	3	94	0	193	34	1	0	63	1.05
157228--157286	1	59.0	1	82	0	73	91	0	8	0	0.42
157225--157287	23	2.7	23	90	0	99	88	0	11	0	0.50
157616--157658	18	2.6	16	82	13	59	32	6	6	53	1.55
157623--157658	18	2.0	18	94	0	63	30	5	8	55	1.52
158409--158558	50	3.0	50	98	0	291	26	14	21	38	1.91
158468--158907	133	3.3	133	98	0	835	27	13	21	37	1.91
159544--159976	113	3.8	113	94	2	748	37	14	20	28	1.91
160225--160324	3	33.7	3	92	2	166	35	2	0	63	1.06

Tables:   1   2