genome.fa.s6047.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006047.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014304_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  680228

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446--2480	14	2.6	14	95	4	63	20	8	37	34	1.83
7229--7787	55	10.5	55	88	5	475	29	25	16	28	1.96
7255--7787	110	5.0	109	88	3	612	28	25	16	29	1.97
7308--7787	55	9.0	51	90	5	537	28	26	16	28	1.96
9116--9171	18	3.3	16	80	11	67	5	19	0	75	1.00
9102--9150	23	2.0	25	88	7	75	8	18	0	73	1.07
9149--9194	24	1.9	24	81	0	56	0	19	2	78	0.86
9124--9233	43	2.6	41	77	9	96	5	19	0	74	1.06
9124--9233	42	2.6	42	80	8	107	5	19	0	74	1.06
9102--9239	60	2.3	61	80	12	160	5	20	0	73	1.09
18824--18912	45	1.9	47	90	4	146	38	22	11	28	1.88
23919--23980	21	3.0	21	92	0	97	32	20	12	33	1.91
31223--31289	33	2.2	33	82	15	81	26	8	10	53	1.64
41375--41851	68	7.1	68	89	4	738	28	13	11	47	1.77
41398--41642	31	7.3	31	65	17	114	26	12	12	48	1.77
44859--44934	29	2.5	30	93	4	127	36	0	11	51	1.39
44970--45036	29	2.3	30	80	15	77	47	8	10	32	1.69
44990--45045	29	2.0	28	82	6	69	48	10	12	28	1.74
45963--46268	122	2.5	121	80	6	341	30	13	7	48	1.71
48398--48488	47	2.0	46	82	6	112	29	6	6	57	1.50
48828--48883	21	2.7	21	86	8	71	53	1	7	37	1.39
48936--49029	47	2.0	47	95	0	170	36	12	23	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51617--51724	31	3.3	31	75	19	96	40	7	0	50	1.36
51645--51724	22	3.9	22	68	28	68	40	7	0	52	1.30
51687--51760	14	4.6	18	71	22	58	39	5	2	52	1.38
51633--51760	33	4.0	32	75	15	97	40	6	2	50	1.40
51889--52200	2	158.0	2	68	19	140	43	4	5	47	1.44
51943--52170	45	5.2	44	73	14	152	45	4	4	46	1.43
52235--52282	20	2.4	20	82	0	60	35	2	12	50	1.52
52215--52282	11	6.4	11	72	13	61	38	1	10	50	1.46
52285--52326	21	2.0	21	85	4	57	54	7	2	35	1.41
52342--52438	36	2.8	36	81	10	112	45	4	6	44	1.48
52344--52417	11	6.5	11	73	15	53	41	4	8	45	1.52
52688--52933	126	2.0	122	88	4	359	36	11	13	38	1.81
57226--57402	60	3.0	60	93	3	302	16	18	37	27	1.92
69321--69787	236	2.0	238	88	3	692	40	12	11	35	1.80
70013--70053	22	1.9	21	85	5	55	46	34	0	19	1.50
75389--75457	18	3.8	18	86	0	93	27	11	39	21	1.88
78159--78194	19	1.9	18	88	5	54	61	22	16	0	1.35
82659--82720	3	20.7	3	96	0	115	33	1	0	64	1.03
82716--82747	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
84177--84223	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
86508--86561	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
92086--92426	114	3.0	114	93	0	574	32	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94552--94744	50	3.8	50	89	5	262	38	14	20	25	1.91
94552--94744	104	1.9	104	85	6	270	38	14	20	25	1.91
95113--95192	22	3.6	22	86	0	106	33	17	12	36	1.87
95600--96386	228	3.4	226	85	5	1089	37	12	20	29	1.89
95600--96386	116	6.9	113	89	3	1096	37	12	20	29	1.89
96705--96807	3	34.7	3	96	1	190	33	0	0	65	1.00
96803--96834	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
98257--98303	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
107324--107456	60	2.2	59	81	9	162	34	25	3	36	1.72
107344--107486	60	2.4	59	81	4	162	33	21	4	40	1.73
107631--107777	59	2.5	59	77	15	142	44	4	19	32	1.69
108895--108929	18	1.9	18	88	0	52	74	2	0	22	0.95
111616--111982	159	2.2	162	86	6	510	23	13	22	40	1.89
127838--127964	60	2.1	60	81	9	152	37	6	24	31	1.80
129957--130020	32	2.0	32	84	0	83	42	21	14	21	1.88
131047--131078	11	2.9	11	95	0	55	37	12	9	40	1.75
131058--131612	116	4.9	116	86	7	765	35	13	15	36	1.86
130991--131501	232	2.2	238	88	4	757	33	13	15	36	1.87
133406--133430	13	1.9	13	100	0	50	16	24	4	56	1.57
133829--133916	33	2.6	33	81	10	99	53	3	5	37	1.42
138410--138513	51	2.0	51	92	0	172	44	6	19	29	1.76
145816--145866	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145824--145868	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
146088--146147	30	2.0	31	86	3	86	33	25	6	35	1.82
146162--146233	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
146533--146572	20	2.0	20	90	0	62	10	35	32	22	1.87
146534--146684	68	2.2	68	89	2	225	17	27	28	25	1.98
146534--146706	67	2.6	67	86	5	224	17	27	27	26	1.98
152739--152789	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
152747--152791	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
153011--153070	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
153085--153156	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
153458--153496	20	2.0	20	89	0	60	10	33	33	23	1.88
153459--153630	67	2.6	67	86	6	224	18	27	27	26	1.98
155535--155562	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
155828--155915	43	2.1	43	80	4	99	50	6	9	34	1.61
162400--162458	4	14.8	4	100	0	118	25	0	0	74	0.82
163421--163495	38	2.0	38	86	0	105	32	30	9	28	1.88
181050--181110	31	2.0	31	83	6	79	32	1	3	62	1.21
182094--182153	2	31.0	2	90	6	97	51	0	0	48	1.00
182094--182162	18	3.7	18	87	11	70	50	1	0	47	1.09
182372--182415	15	2.9	15	75	3	52	27	25	29	18	1.98
185689--185752	32	2.0	32	84	9	85	45	1	0	53	1.10
185724--185796	36	2.0	37	84	5	96	50	1	0	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189924--189954	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
192189--192234	24	1.9	24	81	0	56	47	4	6	41	1.49
204156--204212	21	2.6	21	86	5	60	31	14	8	45	1.75
204166--204213	21	2.3	21	92	0	78	27	16	12	43	1.84
205372--205405	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
205898--205944	23	2.1	21	84	7	58	31	17	17	34	1.92
205871--206118	130	1.9	130	94	0	433	35	12	15	36	1.86
206515--206590	35	2.2	35	90	0	116	35	1	22	40	1.62
218537--218621	33	2.6	33	88	0	116	24	25	37	11	1.90
218644--218686	20	2.1	20	91	4	68	16	32	30	20	1.95
218708--218835	10	12.5	10	76	4	103	9	30	33	26	1.88
218708--218835	20	6.2	20	87	5	175	9	30	33	26	1.88
219183--219238	29	1.9	29	92	0	94	19	26	41	12	1.87
219335--219397	10	5.6	11	75	17	51	25	34	28	11	1.90
219370--219426	14	4.1	14	90	0	96	22	42	28	7	1.80
219498--219611	29	3.9	29	94	0	192	21	28	35	14	1.93
220327--220383	23	2.6	21	79	15	62	56	14	8	21	1.65
220473--220525	18	2.9	18	91	0	61	60	3	5	30	1.37
223703--223784	41	2.0	41	100	0	164	14	14	41	29	1.86
230196--230240	21	2.2	20	84	11	56	57	2	0	40	1.11
230654--230702	23	2.1	23	92	0	80	57	10	14	18	1.65
248992--249123	36	3.7	35	87	3	192	34	21	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256274--256332	29	2.1	28	96	3	109	44	11	15	28	1.82
256409--256483	38	2.0	37	97	2	141	21	21	16	41	1.90
257161--257240	11	7.7	10	72	12	54	45	1	7	46	1.39
257149--257235	32	2.8	32	94	1	149	45	1	6	45	1.37
257211--257251	21	2.0	21	85	0	55	51	2	2	43	1.28
257238--257288	20	2.4	22	83	9	70	54	3	0	41	1.19
258694--258860	84	2.0	84	96	0	307	44	17	22	14	1.85
263413--263454	20	2.0	21	86	13	61	30	0	2	66	1.04
263419--263465	20	2.3	20	82	10	51	29	2	4	63	1.25
267730--267776	24	2.0	24	83	8	60	17	4	59	19	1.53

Tables:   1   2   3