genome.fa.s6103.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006103.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  206028

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3757--3829	35	2.0	35	84	12	94	46	0	2	50	1.15
3795--3856	30	2.0	31	84	9	83	46	1	6	45	1.38
4505--4549	23	2.0	22	82	4	54	44	4	2	48	1.35
4479--4549	22	3.2	22	75	9	65	43	2	1	52	1.24
4521--4603	27	2.9	28	81	10	82	49	1	1	48	1.16
3689--5540	795	2.3	789	86	9	2477	44	7	7	39	1.63
4946--4976	16	1.9	16	100	0	62	67	19	0	12	1.22
5317--5393	33	2.4	29	83	16	84	46	1	0	51	1.09
5378--5441	29	2.2	29	86	8	85	48	1	4	45	1.32
5350--5429	34	2.2	35	82	13	99	46	1	1	51	1.17
5488--5958	194	2.4	194	83	5	569	39	13	15	31	1.87
5972--6189	64	3.5	64	93	1	361	32	14	9	44	1.77
6160--6220	22	2.7	22	80	14	70	36	14	6	42	1.72
6096--6328	83	2.8	85	82	5	294	35	12	9	43	1.73
9842--9881	19	2.1	19	95	0	71	22	27	10	40	1.86
11595--11620	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12134--12202	34	2.0	34	100	0	138	28	11	5	53	1.60
22370--22402	4	8.2	4	93	0	57	51	3	0	45	1.16
27218--27249	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
27952--28016	24	2.8	24	86	4	80	46	13	13	26	1.81
27972--28016	23	1.9	24	90	4	74	48	15	11	24	1.77
28018--28505	245	2.0	244	99	0	960	42	20	8	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30064--30111	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
30492--30543	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
30502--30564	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
30223--31280	428	2.5	431	98	0	2052	39	12	7	39	1.72
30920--30971	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
30930--30992	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
31279--31344	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
31870--33781	198	9.7	199	97	1	3634	31	15	15	37	1.89
31870--33781	395	4.8	397	98	0	3630	31	15	15	37	1.89
33900--33948	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
34147--34183	15	2.5	15	100	0	74	48	24	0	27	1.51
35967--36012	19	2.3	20	86	13	69	17	17	10	54	1.70
36134--36179	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
36767--36924	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
36891--37120	20	11.5	20	81	5	232	36	24	18	19	1.94
37802--37848	24	2.0	24	83	8	60	27	14	19	38	1.91
40322--40659	33	9.9	34	82	14	275	45	18	22	13	1.84
40364--40637	52	5.2	52	94	3	446	46	17	22	13	1.83
40545--40599	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
40322--40659	52	6.6	52	89	7	253	45	18	22	13	1.84
40322--40659	85	4.0	85	81	12	385	45	18	22	13	1.84
40666--40781	53	2.2	53	98	1	225	13	24	18	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40684--40781	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
40888--40924	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
42885--42941	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
42866--42958	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
42829--42963	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
42959--43086	19	7.3	19	75	16	116	8	17	28	45	1.78
42959--43049	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
43134--43416	93	3.1	93	98	0	550	45	19	12	22	1.83
45116--45205	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
45108--45222	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
45130--45227	19	5.7	19	71	22	90	43	22	23	10	1.83
45239--45295	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
45223--45303	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
45280--45355	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
45279--45356	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
45435--45505	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
45687--45741	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
45911--46061	20	7.6	20	84	3	187	19	20	25	34	1.96
45888--46061	60	2.9	60	81	0	213	18	19	25	36	1.95
46048--46130	21	4.0	21	70	6	69	26	16	22	33	1.96
49548--49593	13	3.4	13	82	17	58	82	2	15	0	0.76
52040--52221	67	2.7	67	87	1	267	28	19	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52778--53036	137	1.9	137	86	1	376	34	26	14	24	1.94
53083--53422	104	3.3	104	83	1	396	35	22	14	27	1.93
53295--53558	128	2.1	128	83	5	329	37	22	12	27	1.91
54984--55113	51	2.5	51	86	2	181	20	11	11	56	1.66
56274--56304	16	1.9	16	93	0	53	58	16	12	12	1.64
56383--56422	14	2.9	14	85	3	55	57	27	12	2	1.48
57759--57823	19	3.6	19	76	17	75	3	15	30	50	1.59
57765--57823	18	3.3	18	72	25	61	3	15	30	50	1.60
69171--69197	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
69445--69503	14	4.0	14	73	18	57	55	0	0	44	0.99
69444--69502	31	1.9	31	86	6	84	57	0	0	42	0.98
71044--71154	56	2.0	56	96	0	204	26	15	17	41	1.88
79075--79174	50	2.0	51	96	2	184	31	13	19	37	1.89
81723--81774	20	2.6	21	76	11	56	46	0	1	51	1.12
85034--85074	18	2.4	17	83	4	55	43	0	0	56	0.99
85034--85069	18	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
87192--87234	2	22.0	2	86	13	63	48	2	0	48	1.14
88442--88466	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
91714--91764	23	2.2	23	89	0	75	50	1	1	45	1.24
91904--91948	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
92283--92327	14	3.1	14	87	3	54	37	15	2	44	1.59
94995--95275	114	2.4	116	92	4	478	33	34	13	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96193--96235	13	3.3	13	100	0	86	13	23	46	16	1.83
99592--99892	149	2.0	148	90	0	476	26	14	21	36	1.93
99874--99933	23	2.7	23	87	10	88	21	26	23	28	1.99
99874--99939	22	3.0	22	80	8	62	22	25	24	27	2.00
100163--100450	154	1.9	154	96	2	535	36	3	19	41	1.67
105011--105318	151	2.1	148	89	3	465	26	15	21	36	1.93
105552--105596	18	2.5	19	82	10	58	48	0	15	35	1.45
105556--105862	154	2.0	156	96	1	573	36	3	19	41	1.68
111008--111292	117	2.4	117	94	0	489	32	34	14	18	1.91
117922--118060	54	2.6	54	82	2	172	23	25	23	28	1.99
119646--119769	60	2.1	60	85	8	164	34	22	4	37	1.76
120342--120386	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
120367--120662	149	2.0	149	97	0	565	37	19	15	27	1.92
121161--121298	67	2.1	67	88	0	204	18	27	25	28	1.98
122236--122387	60	2.5	60	78	7	148	43	7	19	29	1.78
124873--124916	2	22.0	2	80	0	52	0	59	0	40	0.98
131422--131483	31	2.0	31	87	6	90	29	8	20	41	1.81
137913--138032	61	2.0	61	86	3	170	47	7	10	35	1.65
146134--146247	60	1.9	59	84	8	151	31	25	5	37	1.78
146365--146525	60	2.7	60	85	1	207	38	6	24	29	1.81
148521--148565	22	2.0	22	86	0	63	44	6	24	24	1.77
148669--148770	34	2.8	37	86	10	149	43	13	13	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148669--148804	37	3.8	36	83	9	152	41	13	13	30	1.83
149163--149261	18	5.5	17	70	21	62	28	4	2	65	1.21
149162--149277	56	2.2	52	84	10	146	30	3	1	64	1.20
149458--149516	21	2.7	22	78	19	70	23	3	0	72	0.99
152850--152900	21	2.4	21	81	18	61	80	5	13	0	0.89
152874--152901	11	2.5	11	100	0	56	85	7	7	0	0.73
153576--153630	22	2.5	22	96	0	101	38	25	12	23	1.90
154031--154066	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
154486--154606	36	3.3	36	89	2	188	27	19	12	40	1.88
154429--154809	138	2.8	137	80	3	428	30	19	11	38	1.88

Tables:   1   2