genome.fa.s6154.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006154.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014623_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160070

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164--200	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1530--1596	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1530--1652	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
3631--3785	19	8.8	19	71	18	63	43	19	24	12	1.86
3680--3747	14	4.5	14	76	16	64	38	23	27	10	1.87
3656--3731	33	2.3	34	93	2	127	36	22	27	13	1.91
3740--3790	19	2.7	19	90	0	84	47	19	19	13	1.83
3786--3830	19	2.4	19	88	0	72	6	15	24	53	1.66
4380--4432	20	2.7	20	90	0	79	28	18	28	24	1.98
4441--4494	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
4376--4515	61	2.3	61	79	6	151	24	17	24	33	1.96
9894--11538	653	2.5	657	95	1	2960	29	16	18	35	1.93
9894--11538	330	5.0	330	95	1	2975	29	16	18	35	1.93
12667--12775	57	1.9	56	81	9	132	30	15	22	32	1.95
15568--15628	23	2.8	21	80	11	70	27	26	18	27	1.98
15592--15645	21	2.4	23	84	9	67	29	20	22	27	1.98
21163--21188	7	3.7	7	100	0	52	11	15	15	57	1.65
21429--21636	65	3.2	63	75	12	190	26	15	25	32	1.96
22777--22846	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
23098--23139	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
23338--23396	30	2.0	30	90	9	95	40	16	6	35	1.76
23504--23766	83	3.2	83	84	0	321	32	17	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23639--23890	138	1.8	138	83	1	335	31	18	19	30	1.96
23558--23959	221	1.8	221	86	3	585	33	16	20	30	1.94
23777--24042	83	3.2	80	79	7	284	34	15	18	30	1.93
24918--24970	26	2.0	27	85	3	72	58	20	1	18	1.49
25018--25082	31	2.1	32	91	2	105	56	23	3	16	1.54
25458--25491	18	1.9	17	88	5	50	73	5	0	20	1.04
25459--25491	11	3.1	11	91	4	50	72	6	0	21	1.05
25580--25652	21	3.4	21	78	3	74	15	38	10	35	1.82
25580--25629	18	2.8	18	81	0	55	16	36	12	36	1.85
26368--26400	16	2.1	16	94	0	57	12	15	30	42	1.83
26763--26827	23	2.8	23	79	4	78	43	20	18	18	1.89
28854--28925	26	2.5	29	74	19	71	66	1	4	27	1.18
28872--28918	13	3.6	13	85	8	60	70	0	2	27	0.99
29852--29903	14	3.7	14	82	7	61	65	1	0	32	1.04
29887--29922	18	1.9	19	88	5	56	50	2	0	47	1.15
33870--33897	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
38966--39005	18	2.2	18	86	0	53	65	12	2	20	1.38
42300--42338	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
42409--42446	20	1.9	20	94	0	67	52	2	0	44	1.14
42622--42647	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
44914--44959	16	2.9	15	77	22	58	21	4	10	63	1.44
45472--45516	24	1.9	24	86	13	67	60	4	11	24	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45715--45994	43	6.7	41	78	14	211	46	5	19	28	1.73
45722--45955	42	5.6	42	78	15	213	44	5	21	28	1.74
45722--45994	85	3.3	82	76	14	231	45	5	20	28	1.74
46484--46522	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
49580--49628	23	2.1	24	96	3	91	32	4	16	46	1.65
54678--54726	13	3.6	13	83	8	62	59	12	0	28	1.34
56185--56234	26	1.9	26	84	8	66	58	4	2	36	1.29
56907--56966	20	3.0	20	87	0	93	40	8	15	36	1.77
64372--64401	15	2.0	15	93	0	51	6	50	0	43	1.28
65253--65341	15	6.3	15	70	17	57	46	1	49	3	1.26
65263--65338	27	2.8	27	95	0	134	48	0	50	1	1.09
65277--65316	21	1.9	21	89	0	62	47	0	52	0	1.00
66644--66691	13	3.7	13	85	0	69	29	16	18	35	1.93
66855--66879	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71959--72005	19	2.5	20	80	16	55	44	2	0	53	1.12
79083--79124	17	2.4	17	84	11	50	11	16	11	59	1.61
84617--84657	14	2.9	14	96	0	73	14	17	14	53	1.73
87887--87972	27	3.3	27	79	12	83	36	3	0	60	1.14
88127--88201	31	2.4	31	93	0	123	49	13	8	29	1.70
95882--95978	51	1.9	51	91	0	158	26	24	21	26	1.99
96155--96195	16	2.7	16	85	7	59	29	2	2	65	1.18
99295--99381	23	3.7	23	71	17	79	20	25	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102390--102477	33	2.6	34	82	7	92	64	13	1	20	1.34
105311--105404	46	2.0	46	97	0	179	32	12	18	36	1.88
117816--117914	21	4.8	20	75	6	81	38	23	17	21	1.93
117881--118110	20	11.5	20	78	5	205	37	24	17	20	1.93
118793--118839	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
119014--119038	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
121364--121519	19	8.9	19	73	20	144	45	16	22	15	1.85
121322--121429	33	3.2	33	84	7	164	47	18	21	12	1.82
121364--121481	52	2.2	53	95	1	211	47	16	22	14	1.82
121422--121513	33	2.8	33	96	0	166	45	18	20	15	1.85
121336--121519	85	2.2	86	92	3	300	45	17	21	15	1.85
121322--121519	52	3.9	51	77	13	144	45	18	21	14	1.85
121509--121625	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
121528--121625	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
121732--121768	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
123691--123830	19	7.6	19	81	8	137	45	23	19	11	1.82
123826--123954	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
123826--123917	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
124002--124191	93	2.1	93	97	1	364	45	18	12	22	1.83
125870--125959	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
125862--125976	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
125884--125976	19	5.4	19	71	23	89	45	22	22	9	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125993--126049	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
125988--126057	33	2.1	33	100	0	140	8	24	20	47	1.78
126034--126109	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
126033--126110	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
126189--126259	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
126441--126495	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
126642--126794	20	7.7	20	88	2	200	19	19	26	33	1.96
126781--126863	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
126761--126859	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
127840--127896	21	2.7	21	78	8	62	26	0	3	70	1.03
131191--131225	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
133919--133978	12	5.5	11	75	16	54	83	1	3	11	0.84
133923--133949	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
133914--133978	28	2.4	27	80	10	69	81	1	4	12	0.91
134039--134099	5	11.4	5	77	19	61	78	0	3	18	0.88
134039--134099	22	2.8	22	82	7	79	78	0	3	18	0.88
134039--134099	17	3.8	16	84	16	81	78	0	3	18	0.88
135348--135387	20	2.0	20	90	0	62	45	15	2	37	1.59
135397--135480	42	2.0	44	86	9	120	46	3	2	47	1.32
135368--135527	37	4.2	37	77	12	155	47	6	1	43	1.41
135368--135527	78	2.1	74	81	9	180	47	6	1	43	1.41
135454--135649	62	3.2	60	84	8	252	46	8	1	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135496--135552	25	2.3	25	96	0	105	47	8	0	43	1.34
135521--135649	26	3.9	36	70	23	113	45	8	1	44	1.43
135521--135649	35	3.9	34	70	26	107	45	8	1	44	1.43
135579--135660	37	2.2	37	93	2	139	41	8	2	47	1.47
135641--135671	11	2.8	11	100	0	62	38	9	6	45	1.63
135605--135696	47	2.0	47	97	0	175	42	8	3	45	1.51
137073--137201	60	2.2	60	85	5	172	35	12	14	37	1.84
137379--137682	38	8.1	36	78	14	251	42	4	7	46	1.52
139067--139159	11	8.5	11	68	13	57	20	3	2	74	1.07
139114--139154	13	3.2	13	93	6	66	19	0	2	78	0.87

Tables:   1   2