genome.fa.s624.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001211_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111993

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1262--1303	19	2.2	19	91	0	66	35	19	7	38	1.79
1847--2329	103	4.7	103	85	2	603	40	16	16	26	1.89
3548--3582	17	2.1	17	94	0	61	17	45	17	20	1.85
11324--11391	27	2.5	27	95	0	118	47	7	33	11	1.68
17843--18163	56	5.8	56	94	1	504	34	15	23	26	1.95
17842--18306	112	4.2	111	88	4	394	33	14	23	27	1.94
18011--18306	56	5.3	55	88	3	355	32	13	23	29	1.93
18491--18549	31	1.9	31	89	0	91	38	6	11	42	1.68
18564--19250	54	12.6	54	79	12	633	52	12	0	34	1.40
18630--18704	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
18676--19390	32	25.7	32	71	27	575	52	12	0	34	1.41
18708--18750	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
18710--18758	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
18760--18838	22	3.4	22	74	11	70	54	11	0	34	1.36
18896--18938	22	1.9	23	90	4	70	53	11	0	34	1.37
18898--18946	22	2.2	23	81	3	55	57	12	0	30	1.36
18864--19390	86	6.2	86	80	10	631	52	12	0	34	1.41
18950--18992	22	2.0	22	95	0	77	51	13	2	32	1.54
18952--19000	22	2.2	22	85	3	62	55	14	2	28	1.51
19004--19046	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
19006--19054	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
19056--19100	22	2.1	22	95	4	83	51	13	0	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19061--19109	22	2.2	21	79	10	53	55	14	0	30	1.40
19144--19186	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
19146--19194	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
19262--19304	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
18659--19401	54	13.5	54	80	12	475	52	12	0	35	1.41
19264--19312	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
19316--19358	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
19318--19366	22	2.2	22	85	3	62	57	14	0	28	1.38
18676--19401	86	8.7	86	68	20	422	52	12	0	35	1.41
19163--19448	32	9.5	33	75	21	227	51	10	0	38	1.37
19389--19478	15	6.0	15	90	0	135	50	0	0	50	1.00
19389--19503	30	3.9	30	91	2	162	50	1	0	47	1.11
19723--20023	110	2.7	110	88	3	419	31	13	24	29	1.94
19723--19988	55	4.8	55	90	1	390	33	13	24	28	1.94
23938--23971	17	2.0	17	88	11	52	67	17	11	2	1.34
24773--24817	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
24893--25052	53	3.1	53	62	18	127	44	16	14	25	1.85
24820--25365	195	2.7	204	82	7	648	41	17	16	24	1.89
24820--25395	103	5.7	103	82	4	672	41	17	16	24	1.90
27869--27913	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
27985--28144	53	3.1	53	65	20	129	43	15	15	26	1.85
27954--28416	103	4.7	93	79	11	385	39	15	17	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27954--28487	195	2.7	201	85	3	686	39	16	17	25	1.91
28147--28487	103	3.3	103	87	0	477	38	17	18	25	1.92
30974--31018	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
31021--31595	103	5.7	103	84	4	724	40	17	17	25	1.90
31094--31252	53	3.1	53	64	22	129	42	16	15	25	1.87
34108--34152	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
34155--34730	103	5.7	103	84	4	706	40	16	17	25	1.90
34228--34387	53	3.1	53	65	21	138	43	16	15	25	1.86
34155--34730	195	2.8	203	83	6	733	40	16	17	25	1.90
37217--37261	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
37264--37839	103	5.7	103	84	4	733	40	17	17	25	1.90
37337--37496	53	3.1	53	65	21	138	43	16	15	25	1.86
37264--37839	195	2.8	203	83	6	738	40	17	17	25	1.90
40190--40254	28	2.3	28	74	10	69	55	7	3	33	1.44
40349--40393	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
40396--40971	103	5.7	103	84	4	715	40	17	16	25	1.90
40469--40628	53	3.1	53	64	21	129	42	16	15	26	1.87
40438--40971	195	2.7	203	84	3	708	39	17	17	25	1.91
43286--43330	20	2.2	20	80	0	54	42	11	11	35	1.76
43333--43809	100	4.7	103	84	2	626	41	17	16	24	1.89
43331--43809	202	2.4	201	86	3	656	41	17	16	24	1.89
46529--46566	19	2.0	19	94	0	67	31	5	28	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47051--47437	21	19.5	19	74	13	165	35	22	20	21	1.96
47070--47362	40	7.2	40	78	7	304	34	24	20	20	1.97
47030--47383	21	17.4	21	76	7	268	34	24	19	21	1.97
47110--47322	61	3.5	60	93	1	345	33	24	20	21	1.97
47027--47456	101	4.3	99	82	6	451	35	23	19	21	1.96
47070--47391	61	5.3	59	84	6	306	34	24	20	21	1.97
47640--48017	103	3.7	102	88	2	528	42	15	16	25	1.88
47849--48009	52	3.2	52	66	19	140	40	14	18	26	1.90
52864--52901	19	2.0	19	100	0	76	31	15	5	47	1.68
54115--54240	58	2.2	58	90	2	193	38	8	24	28	1.85
57460--57513	25	2.0	27	86	13	76	59	3	14	22	1.51
59188--59244	20	2.8	20	83	0	78	35	15	24	24	1.95
59091--59315	123	1.8	123	86	1	326	41	16	17	24	1.89
59248--59518	53	5.2	54	63	21	139	43	15	16	23	1.86
59091--59348	123	2.1	123	83	1	311	40	17	18	23	1.91
59214--59541	103	3.2	103	86	0	440	41	15	17	24	1.89
63878--63933	27	2.0	28	83	10	71	41	0	5	53	1.24
66227--66278	20	2.6	20	84	6	61	32	19	17	30	1.95
66265--66339	32	2.3	32	100	0	150	45	18	16	20	1.86
66300--66781	103	4.7	103	83	3	569	43	17	15	23	1.87
66300--66781	206	2.3	206	86	3	675	43	17	15	23	1.87
67815--67880	20	3.3	20	78	4	71	36	19	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67883--68362	103	4.7	103	80	3	529	42	17	15	23	1.88
67883--68362	205	2.3	206	80	5	558	42	17	15	23	1.88
69460--69900	103	4.3	103	82	4	496	43	16	14	24	1.86
69460--69927	205	2.3	206	82	5	563	42	16	15	24	1.87
71050--71496	103	4.4	103	80	3	472	43	16	15	24	1.87
71050--71523	205	2.3	206	83	1	585	42	16	16	25	1.88
72509--72553	20	2.2	20	92	0	72	37	11	15	35	1.83
72557--72736	86	2.1	85	86	1	243	42	17	17	22	1.89
72639--72919	103	2.7	102	83	2	339	41	16	17	24	1.89
73654--73696	20	2.2	20	95	0	77	37	11	13	37	1.82
73699--73934	103	2.3	103	85	1	312	44	17	15	23	1.86
73860--74020	86	1.9	86	88	0	241	44	15	15	24	1.85
73934--74164	102	2.3	103	86	3	306	40	18	18	23	1.91
75928--76176	31	8.0	31	95	0	437	37	22	19	20	1.94
76914--76959	21	2.2	21	88	0	65	15	26	28	30	1.96
80287--80534	31	8.0	31	94	1	428	37	22	19	20	1.94
81273--81318	21	2.2	21	88	0	65	15	26	28	30	1.96
82250--82593	103	3.3	102	84	4	440	43	15	16	25	1.86
83634--83678	20	2.2	20	92	0	72	37	15	15	31	1.89
83641--83679	20	2.0	20	100	0	78	38	10	15	35	1.81
83691--84033	103	3.3	103	82	0	416	41	16	16	24	1.89
87073--87106	17	1.9	18	88	5	52	61	0	5	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90446--90487	2	21.5	2	90	4	68	47	0	2	50	1.14
92736--92783	19	2.5	19	86	3	60	37	25	12	25	1.91
92786--93268	103	4.7	102	83	5	557	42	16	16	24	1.88
92786--92930	50	2.8	50	72	8	130	45	18	13	22	1.84
94113--94150	19	2.0	19	100	0	76	31	15	5	47	1.68
95349--95475	58	2.2	58	87	4	177	37	7	24	29	1.84
96190--96219	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
105147--105185	20	1.9	21	89	5	62	48	7	7	35	1.61
111679--111737	29	2.1	27	93	6	100	23	0	47	28	1.52

Tables:   1

The End!