genome.fa.s6305.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006305.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015069_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109288

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7152--7284	30	4.4	30	98	0	248	33	24	18	24	1.97
7152--7309	60	2.6	60	91	1	235	34	24	18	22	1.96
7270--7362	31	3.0	31	77	3	89	34	20	17	27	1.95
8406--8482	20	3.7	20	79	14	75	24	24	23	27	2.00
11883--11921	21	1.9	20	84	5	51	66	0	12	20	1.24
12108--12132	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
12382--12419	18	2.1	18	85	9	51	57	0	5	36	1.21
12897--13387	228	2.1	229	93	2	853	44	8	7	39	1.63
13456--13930	181	2.6	181	88	2	686	42	14	16	26	1.86
13851--13897	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
13860--13902	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
16109--16152	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
16186--16247	33	1.9	33	90	3	99	30	0	46	22	1.52
18041--18089	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
18208--18978	198	3.9	198	97	0	1427	36	14	17	30	1.90
20975--21073	10	10.3	9	77	12	81	16	27	27	29	1.97
20976--21073	19	5.1	19	78	14	78	15	27	27	29	1.96
20974--21073	29	3.4	30	83	9	118	17	27	27	29	1.97
21070--21134	5	11.8	5	75	18	58	18	50	23	7	1.72
21069--21141	17	4.3	17	86	10	105	17	47	23	10	1.79
21092--21155	12	5.3	12	83	11	69	17	43	25	14	1.86
21087--21134	22	2.2	22	96	0	87	18	52	22	6	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21131--21161	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
22031--22151	31	3.9	31	75	6	102	17	28	28	25	1.97
22031--22154	62	2.0	62	82	6	153	16	28	28	26	1.97
28340--28423	10	8.8	9	73	12	69	17	25	27	29	1.98
28340--28397	20	2.9	20	84	7	82	18	25	24	31	1.98
28340--28397	9	5.9	10	80	15	68	18	25	24	31	1.98
28341--28404	29	2.2	28	89	10	94	17	26	26	29	1.97
28361--28423	19	3.3	19	82	10	67	15	25	30	28	1.96
28360--28429	29	2.4	29	85	2	88	17	27	28	27	1.97
28426--28490	5	11.8	5	75	18	58	18	50	23	7	1.72
28425--28497	17	4.3	17	86	10	105	17	47	23	10	1.79
28443--28490	22	2.2	22	96	0	87	18	52	22	6	1.68
28487--28538	7	7.4	7	100	0	104	15	28	28	26	1.96
29408--29531	63	2.0	63	82	6	153	16	28	29	25	1.97
35717--35815	10	10.3	9	77	12	81	16	27	27	29	1.97
35718--35815	19	5.1	19	78	14	78	15	27	27	29	1.96
35716--35815	29	3.4	30	83	9	118	17	27	27	29	1.97
35812--35862	5	9.4	5	80	16	57	19	50	23	5	1.69
35865--35892	14	2.0	14	100	0	56	14	21	28	35	1.92
36761--36884	63	2.0	63	82	6	153	16	28	29	25	1.97
37629--37725	12	7.9	12	85	7	97	37	8	32	21	1.83
37626--37725	6	16.3	6	72	8	58	38	8	33	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37641--37726	3	29.0	3	73	2	75	37	6	32	23	1.82
38920--38953	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
39247--39298	21	2.5	22	81	9	63	42	13	9	34	1.77
39311--39371	23	2.7	23	86	0	86	36	4	19	39	1.74
39311--39383	23	3.2	23	78	7	76	34	5	20	39	1.76
39738--39810	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
40109--40148	21	1.9	21	85	10	55	45	12	10	32	1.75
40165--40236	23	3.2	23	82	4	83	34	4	20	40	1.72
39109--40998	427	4.4	430	96	2	3451	41	7	11	39	1.71
40590--40662	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
39109--40998	853	2.2	853	96	2	3444	41	7	11	39	1.71
42840--42874	16	2.2	16	89	0	52	48	8	20	22	1.76
43160--43210	20	2.5	21	78	12	52	41	13	9	35	1.78
43639--43710	23	3.2	23	84	4	92	34	4	20	40	1.72
43639--43697	22	2.6	22	89	2	82	37	5	18	38	1.73
43639--43721	45	1.9	42	85	7	112	34	4	20	39	1.74
43023--44457	417	3.4	425	92	6	2393	40	7	11	39	1.71
44056--44118	22	2.8	23	87	4	92	34	4	22	38	1.75
44497--44977	179	2.7	176	89	7	713	34	14	16	33	1.90
47326--47869	272	2.0	272	98	0	1043	30	18	23	27	1.98
51746--51775	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
54894--54958	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55304--55376	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
55649--55698	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
56082--56118	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
56074--56120	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
56390--56476	39	2.2	39	93	0	147	48	19	13	18	1.81
56897--56969	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
57324--57386	23	2.7	23	92	0	99	36	6	19	38	1.77
57324--57396	23	3.2	23	88	3	94	34	5	20	39	1.76
57757--57827	21	3.3	21	80	7	79	33	4	22	39	1.74
57752--57813	21	2.8	22	82	7	81	35	4	22	37	1.76
57752--57822	23	3.2	23	76	13	76	33	4	22	39	1.74
58179--58251	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
56695--58595	427	4.4	430	97	1	3572	40	7	12	38	1.72
56695--58595	855	2.2	857	97	1	3575	40	7	12	38	1.72
59964--60006	15	2.9	14	86	3	59	0	23	6	69	1.12
60397--60484	16	5.6	16	76	11	83	59	2	0	38	1.10
60397--60484	3	29.7	3	77	11	83	59	2	0	38	1.10
60397--60485	34	2.6	34	84	8	119	58	2	0	39	1.11
60656--61109	54	8.4	55	88	3	593	19	29	19	32	1.96
60646--61109	164	2.9	165	85	5	606	19	29	19	31	1.96
60656--61109	110	4.2	111	87	5	615	19	29	19	32	1.96
64012--64057	23	2.0	22	87	8	65	26	21	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69465--69492	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
76636--76730	46	2.1	46	97	0	181	11	28	12	47	1.76
78396--78493	3	33.0	3	86	10	112	61	0	0	38	0.96
78396--78493	40	2.4	41	81	13	112	61	0	0	38	0.96
82342--82392	9	5.7	9	75	9	50	52	0	3	43	1.19
82621--82953	55	6.1	55	84	4	399	31	24	13	30	1.94
82648--82997	110	3.3	105	81	8	383	31	24	14	30	1.94
82902--83042	45	3.2	45	91	2	239	29	22	15	31	1.95
83004--84084	54	19.8	55	85	3	1227	26	22	17	34	1.96
83004--84084	109	9.9	109	86	3	1280	26	22	17	34	1.96
84482--84614	37	3.6	37	78	5	144	26	19	21	33	1.97
85893--86150	125	2.1	125	85	2	340	24	28	15	31	1.95
90419--90520	45	2.2	46	81	8	127	43	18	8	29	1.80
94935--95014	24	3.3	23	74	8	61	21	15	17	46	1.84
94981--95046	24	2.8	24	78	0	60	19	10	16	53	1.72
99991--100314	68	4.8	68	91	1	508	30	13	25	30	1.94
100271--100726	242	1.9	241	87	1	662	35	11	24	28	1.90
100274--100716	161	2.8	161	84	2	604	35	11	24	28	1.90
100264--100716	81	5.6	81	85	2	572	34	11	24	28	1.91
100800--100846	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
102158--102477	55	5.8	55	92	1	518	34	11	18	35	1.87

Tables:   1

The End!