genome.fa.s6440.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006440.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287540

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 170 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5156--5203	24	2.0	24	87	0	69	29	20	27	22	1.99
7588--7623	17	2.1	18	94	5	65	47	0	36	16	1.47
8016--8068	20	2.6	21	87	6	81	18	43	18	18	1.88
14805--14958	45	3.5	45	86	2	197	35	9	16	38	1.81
15117--15299	58	3.2	58	78	12	223	34	7	15	42	1.75
23392--23593	103	2.0	103	93	0	350	28	9	13	48	1.73
30603--30642	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
48544--48589	14	3.3	14	72	22	51	30	15	23	30	1.95
51493--51521	14	2.0	15	93	6	51	17	0	6	75	1.01
54769--54815	19	2.5	19	100	0	94	31	8	4	55	1.49
66957--67006	20	2.6	19	81	12	57	30	16	28	26	1.96
70789--70826	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
70946--71046	47	2.1	47	100	0	202	54	3	11	29	1.55
71014--71083	24	2.8	25	71	22	58	52	1	5	40	1.34
71562--71661	35	2.8	36	86	6	130	31	16	15	38	1.89
72122--72845	109	6.9	103	79	8	669	22	21	24	32	1.98
73375--73555	65	2.8	65	90	0	290	37	11	19	31	1.88
73440--73776	102	3.3	100	90	2	523	37	12	19	30	1.89
73709--73811	36	2.9	36	92	1	163	38	12	23	25	1.90
74671--74721	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
75331--75377	20	2.3	21	85	3	60	4	8	6	80	1.00
75347--75399	23	2.4	22	84	6	72	0	15	5	79	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80197--80236	21	2.0	20	85	5	53	65	2	5	27	1.27
80217--80254	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
80376--80486	51	2.2	51	96	0	204	55	5	9	28	1.54
80997--81096	35	2.8	37	84	6	116	32	15	15	38	1.88
84734--84758	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
105714--105777	33	1.9	33	93	0	110	17	25	20	37	1.93
113461--113703	54	4.5	54	84	6	296	25	17	19	36	1.94
113498--113710	108	2.0	108	91	0	345	25	16	20	37	1.93
120156--120627	54	8.8	54	82	7	536	27	16	20	35	1.94
121761--121787	8	3.4	8	100	0	54	11	25	0	62	1.28
122974--123064	26	3.7	25	72	20	84	41	0	4	53	1.21
126384--126421	17	2.2	18	90	4	60	7	10	42	39	1.69
126384--126431	18	2.8	17	84	9	53	6	8	47	37	1.59
126405--126474	6	11.7	6	82	0	86	2	2	51	42	1.31
126399--126481	18	4.6	18	79	7	87	4	4	49	40	1.45
126852--126896	22	2.0	21	83	8	54	37	6	22	33	1.80
127200--127270	34	2.0	35	89	5	108	47	1	4	46	1.30
127240--127302	31	2.0	31	87	0	90	52	3	3	41	1.33
127305--127427	14	8.4	14	67	16	52	42	2	9	45	1.50
127339--127411	22	3.3	22	74	11	85	38	1	10	49	1.47
127305--127429	45	2.8	45	95	2	218	42	2	9	45	1.50
127462--127502	20	2.0	20	90	0	64	39	12	4	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127488--127561	37	2.1	36	84	5	96	39	10	9	40	1.73
127757--127928	2	89.0	2	70	17	114	45	4	2	48	1.34
127774--127991	66	3.3	66	80	13	216	44	4	3	48	1.38
127889--127951	15	4.4	15	75	17	62	46	3	3	47	1.34
127866--127935	9	8.2	9	70	17	51	45	2	1	50	1.25
127889--128049	13	11.3	14	65	22	50	44	4	4	47	1.43
127906--127978	25	2.9	25	78	10	76	45	2	2	49	1.31
127957--128066	18	5.8	18	71	14	78	45	3	5	45	1.44
128035--128086	18	2.8	18	82	2	59	46	1	9	42	1.47
128195--128270	13	5.9	14	73	23	78	28	9	11	50	1.70
128197--128274	25	3.1	25	92	0	129	28	10	11	50	1.71
128953--129016	6	11.3	6	72	24	59	50	1	0	48	1.10
128948--129014	29	2.2	31	89	5	102	49	1	0	49	1.10
128952--129016	23	2.9	21	79	18	69	50	1	0	47	1.10
128948--129045	50	1.9	52	85	8	139	46	1	2	50	1.19
129031--129143	31	3.5	31	74	15	95	49	2	3	44	1.33
129096--129186	43	2.2	40	86	7	119	47	3	5	43	1.42
128989--129229	65	3.7	66	78	11	244	48	3	3	44	1.37
129205--129264	7	8.6	7	83	0	57	50	3	3	43	1.35
129074--129258	21	8.6	21	68	18	60	48	3	4	43	1.38
128964--129243	131	2.1	132	80	8	331	48	2	3	45	1.33
129225--129300	21	3.5	20	74	13	55	44	6	6	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129276--129320	14	3.3	14	84	3	56	40	4	8	46	1.55
129295--129432	59	2.4	55	82	9	161	41	5	8	44	1.59
129305--129370	24	3.0	22	80	8	73	45	4	7	42	1.53
129348--129388	15	2.6	16	88	7	66	41	4	7	46	1.53
129337--129414	35	2.3	35	78	14	90	39	6	7	46	1.58
129305--129368	22	3.0	21	80	13	76	45	4	7	42	1.54
129305--129399	20	4.8	21	71	23	80	43	5	7	44	1.54
129427--129473	21	2.2	21	88	7	69	23	0	29	46	1.52
129428--129473	14	3.3	14	84	0	56	21	0	30	47	1.51
129530--129647	2	61.5	2	70	17	72	46	5	0	46	1.33
129615--129743	13	9.8	13	70	13	68	44	3	3	48	1.36
129683--129743	28	2.3	27	88	5	88	45	3	4	45	1.41
129671--129788	15	7.9	15	68	20	59	44	3	5	46	1.42
129757--129809	18	2.9	19	84	15	69	49	0	3	47	1.19
131307--131349	3	14.3	3	90	9	70	30	0	0	69	0.88
131417--131541	25	5.0	25	100	0	250	36	20	16	28	1.93
135160--135253	32	3.0	31	95	4	170	14	13	9	61	1.56
136662--136739	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
136677--136751	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
137358--137395	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
139159--139276	36	3.3	36	83	8	159	33	16	12	36	1.87
139159--139293	71	1.9	72	85	1	191	32	19	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139379--139460	36	2.3	36	76	4	85	37	19	10	31	1.87
139434--139672	105	2.3	105	82	6	292	30	20	11	37	1.87
139267--139901	273	2.3	269	83	6	773	32	17	11	38	1.86
139633--139737	36	2.9	36	80	6	108	32	20	11	35	1.89
140078--140329	29	8.7	29	75	14	191	28	10	14	46	1.78
140059--140373	150	2.1	149	97	1	587	27	12	14	45	1.80
140340--140443	52	2.0	53	94	3	183	32	13	17	36	1.89
140430--140486	27	2.1	27	93	0	96	31	7	15	45	1.73
140442--140678	67	3.6	67	92	5	378	29	12	11	45	1.77
140511--140623	30	3.6	30	79	11	145	31	12	11	44	1.78
140442--140678	132	1.8	129	90	4	386	29	12	11	45	1.77
140905--141060	64	2.5	63	82	5	181	31	12	13	42	1.81
141049--141123	35	2.1	36	85	7	100	37	17	10	34	1.84
141326--141693	46	8.4	45	72	14	254	25	29	19	25	1.98
141403--141605	41	4.8	40	75	13	183	24	31	18	25	1.98
141284--141693	130	3.2	130	96	1	725	25	30	19	25	1.98
141851--141893	3	14.3	3	90	9	70	30	0	0	69	0.88
141961--142085	25	5.0	25	100	0	250	36	20	16	28	1.93
155373--155397	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
156195--156235	18	2.2	19	91	4	66	7	14	0	78	0.96
161709--161887	94	1.9	94	90	0	286	28	30	13	26	1.95
162055--162103	3	17.0	3	76	16	50	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163669--163713	3	15.7	3	90	9	76	28	0	0	71	0.87
165109--165160	18	2.9	18	82	0	68	15	32	34	17	1.91
169417--169475	28	2.0	31	83	9	79	54	0	0	45	0.99
171062--171118	4	13.8	4	85	7	78	28	0	0	71	0.86
171117--171182	6	11.0	6	83	6	62	56	0	1	42	1.08
171117--171182	18	3.7	18	85	4	71	56	0	1	42	1.08
171119--171182	12	5.3	12	90	5	85	56	0	1	42	1.09
171323--171832	113	4.3	123	82	6	428	26	17	15	40	1.90
171534--172127	113	5.4	113	84	5	719	30	18	14	37	1.90
171534--172127	216	2.7	222	84	3	720	30	18	14	37	1.90

Tables:   1   2