genome.fa.s6513.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006513.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015867_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  291456

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7504--7562	24	2.5	24	100	0	118	38	20	22	18	1.93
10501--10552	16	3.3	16	76	12	54	30	15	13	40	1.86
11770--11901	60	2.2	59	81	6	142	34	14	13	37	1.85
12728--12779	16	3.1	17	86	10	72	32	0	0	67	0.91
12735--12787	21	2.4	23	87	6	74	33	0	1	64	1.05
13218--13288	28	2.6	27	88	6	115	57	7	2	32	1.40
13624--13684	29	2.1	29	81	6	70	40	4	3	50	1.40
18919--18956	19	2.0	19	100	0	76	42	36	21	0	1.53
25990--26046	28	2.0	28	82	0	69	43	7	8	40	1.63
26789--26857	3	23.0	3	100	0	138	33	33	0	33	1.58
28191--28247	25	2.2	25	81	3	69	43	1	0	54	1.10
28653--28721	31	2.2	31	97	0	129	49	20	1	28	1.58
32226--32289	21	3.0	22	74	17	64	29	4	0	65	1.13
32259--32298	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
32386--32474	44	2.1	42	82	4	106	28	3	1	67	1.14
37120--37168	13	3.8	13	84	15	66	75	4	18	2	1.06
37120--37169	27	1.9	25	92	8	82	74	4	18	4	1.14
37241--37375	69	2.0	69	92	0	225	37	21	15	25	1.93
38926--39007	37	2.2	37	89	2	121	21	19	15	42	1.89
38839--39081	102	2.4	101	89	2	360	30	19	12	37	1.89
38961--39200	65	3.8	63	74	9	195	29	19	12	38	1.89
39980--40237	110	2.4	110	82	5	303	33	24	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41592--41621	14	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
41706--41738	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
41919--41953	18	1.9	18	88	0	52	14	11	0	74	1.08
42019--42071	11	4.7	11	77	11	54	18	3	1	75	1.05
45288--45377	43	2.1	43	93	0	153	36	7	2	53	1.42
47574--47612	8	5.0	8	87	6	62	84	2	0	12	0.72
47574--47612	16	2.5	15	92	8	69	84	2	0	12	0.72
49263--49735	233	2.0	233	93	0	811	25	19	19	35	1.95
49566--50210	136	4.7	136	85	1	835	26	22	16	33	1.95
49564--50210	271	2.4	272	86	2	868	26	22	16	34	1.95
51145--51182	14	2.5	15	83	12	51	5	15	0	78	0.91
51150--51197	24	2.0	24	84	8	62	6	18	0	75	1.01
68837--68888	24	2.2	24	89	0	77	17	42	23	17	1.89
71846--71916	34	2.1	33	84	2	88	23	28	12	35	1.92
72557--72614	18	3.1	18	83	16	73	50	5	12	32	1.62
74636--74706	34	2.1	33	89	7	108	23	29	14	32	1.94
74986--75027	21	1.9	22	85	9	59	21	19	28	30	1.97
76160--76206	22	2.2	20	85	7	58	61	6	8	23	1.48
82083--82156	35	2.1	35	100	0	148	25	21	16	36	1.94
87000--87085	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
87085--87116	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
88145--88205	23	2.7	23	84	0	86	19	24	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93191--93300	19	5.5	19	69	12	85	19	19	21	40	1.92
93191--93300	41	2.7	41	98	0	211	19	19	21	40	1.92
93210--93282	22	3.5	22	72	11	80	17	17	24	39	1.91
93893--93941	5	9.8	5	95	0	89	2	36	20	40	1.64
95386--95447	25	2.6	25	90	7	94	43	6	0	50	1.28
95464--95491	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
107064--107104	4	10.2	4	89	10	66	51	21	0	26	1.48
114876--115007	65	2.0	66	91	1	212	51	13	5	29	1.63
116648--116727	3	26.7	3	92	0	133	35	2	0	62	1.09
116723--116761	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
116847--116915	16	4.4	16	98	1	131	7	56	18	17	1.63
118781--118856	29	2.6	30	75	8	77	30	7	0	61	1.24
129507--129569	7	9.4	7	75	19	55	82	3	14	0	0.79
129510--129561	10	5.3	10	78	21	65	86	3	9	0	0.69
129509--129568	18	3.3	18	93	4	95	83	3	13	0	0.77
129510--129568	28	2.1	27	90	6	91	84	3	11	0	0.73
130691--131104	83	5.0	83	97	0	783	26	13	22	37	1.91
131892--132642	113	6.7	112	85	7	914	38	15	18	27	1.90
131889--132642	112	6.7	113	84	7	899	38	15	18	27	1.90
132615--132661	20	2.4	19	89	6	76	51	12	21	14	1.76
132791--132868	3	26.7	3	82	10	99	35	2	0	61	1.10
132783--132888	46	2.3	46	80	12	123	40	2	0	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132987--133023	16	2.4	16	95	4	67	8	56	18	16	1.64
141855--141906	18	2.8	17	80	13	50	5	15	5	73	1.22
141880--141922	19	2.4	18	84	7	52	2	9	4	83	0.87
142408--142471	3	22.0	3	81	12	62	65	1	4	28	1.21
142671--142886	46	4.8	46	74	13	184	24	20	30	24	1.99
143040--143230	66	2.8	67	91	4	305	43	13	10	31	1.79
143184--143249	30	2.2	30	89	5	98	39	15	6	39	1.72
143235--143338	52	2.0	53	94	3	183	36	17	13	32	1.89
143349--143504	28	5.6	28	90	3	217	44	14	10	30	1.80
143758--143861	36	3.0	36	81	4	124	35	11	20	32	1.88
143829--144060	105	2.3	100	82	6	259	36	12	19	31	1.90
144080--144163	36	2.3	36	85	0	114	39	13	17	29	1.88
144512--144561	4	13.0	4	91	8	86	24	0	26	50	1.50
145728--145765	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
145749--145795	18	2.6	17	75	21	51	4	12	14	68	1.36
146375--146468	46	2.1	45	85	2	125	37	9	26	26	1.87
152066--152113	21	2.5	20	83	16	57	2	10	6	81	0.95
152596--152659	3	22.0	3	81	12	62	65	1	4	28	1.21
154732--154802	13	5.7	13	72	9	67	57	19	15	7	1.61
154723--154813	36	2.5	36	90	0	146	58	20	14	6	1.59
155147--155249	40	2.6	40	92	0	161	30	14	11	43	1.81
156540--156587	16	2.9	16	79	14	53	35	0	2	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158506--158669	65	2.5	64	85	1	229	27	16	25	30	1.97
158620--158666	19	2.5	19	83	10	62	27	17	29	25	1.97
158510--158716	65	3.2	62	80	12	204	27	17	24	30	1.97
167100--167204	45	2.3	45	100	0	210	27	18	25	28	1.98
167146--167305	65	2.5	65	86	1	214	26	16	25	30	1.97
167256--167302	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
174512--174696	43	4.3	43	83	2	230	27	19	20	32	1.97
174728--174848	44	2.8	45	80	7	142	28	19	20	31	1.97
175170--175220	21	2.4	21	96	0	93	0	33	23	43	1.54
175170--175242	21	3.5	21	84	5	67	1	35	23	39	1.63
180781--180828	23	2.0	25	92	8	82	31	14	8	45	1.74
190302--190356	23	2.4	23	69	9	58	47	32	10	9	1.70
195145--195192	14	3.3	14	77	8	51	56	2	4	37	1.30
196887--196942	17	3.4	17	80	9	53	67	0	3	28	1.07
196953--197031	5	16.2	5	74	18	53	74	0	5	20	1.00
196978--197020	15	2.6	16	89	10	61	72	0	4	23	1.04
196955--197025	17	3.9	18	77	18	69	73	0	5	21	1.04
197130--197176	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
199128--199388	117	2.4	107	80	8	283	21	18	24	35	1.96
200478--200521	17	2.9	15	80	12	54	0	15	2	81	0.78
200477--200634	78	2.0	78	81	8	185	9	21	12	56	1.64
200567--200599	10	3.0	11	86	13	50	0	9	9	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204561--204616	2	28.0	2	96	0	103	50	1	0	48	1.11
204886--205015	30	4.3	30	95	1	217	30	25	23	21	1.99
204910--205064	30	5.1	31	89	3	102	32	23	21	22	1.98
206202--206246	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
206498--206580	41	2.0	41	97	0	157	43	19	0	37	1.51
207449--207487	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
207764--208034	30	9.1	30	93	3	451	29	24	21	23	1.99
208027--208087	30	2.0	31	87	9	90	36	18	19	26	1.94
209203--209246	21	2.2	20	83	4	52	15	20	27	36	1.93
209439--209499	30	2.0	30	100	0	122	42	24	3	29	1.70

Tables:   1   2