genome.fa.s6529.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006529.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  646883

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6520--6586	1	67.0	1	75	0	53	86	0	13	0	0.57
6517--6586	12	5.9	11	78	15	77	85	0	14	0	0.59
6523--6587	8	8.0	8	80	16	80	84	0	15	0	0.62
7520--7969	52	8.8	52	94	2	777	24	14	23	37	1.92
7520--7969	155	2.9	155	94	2	784	24	14	23	37	1.92
7520--7975	207	2.2	203	94	1	786	25	14	23	37	1.92
8603--8934	119	2.8	118	92	3	539	39	13	20	26	1.90
9180--9309	3	43.7	3	92	4	219	33	2	0	63	1.07
24405--24442	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
51480--51626	31	4.9	30	75	15	117	74	1	17	7	1.12
51564--51639	24	3.0	25	81	14	77	76	0	15	7	1.01
51482--51639	14	11.1	14	72	18	98	74	1	17	7	1.12
51518--51630	16	7.2	16	73	21	87	75	0	16	7	1.03
52763--53336	51	11.0	51	90	3	799	29	15	26	28	1.96
53086--53416	55	6.1	56	76	11	199	30	16	23	30	1.96
62582--62662	34	2.5	34	76	13	89	45	4	3	45	1.42
68562--68605	8	5.5	8	88	0	52	45	6	4	43	1.51
68575--68630	2	28.0	2	81	0	67	46	5	3	44	1.43
70550--70686	69	2.0	69	87	5	197	37	13	8	39	1.76
73348--73372	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75844--75909	3	22.3	3	72	20	50	62	3	1	33	1.20
77107--77140	17	2.0	17	100	0	68	11	29	5	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77208--77232	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
89338--89772	216	2.0	218	98	1	840	31	14	14	38	1.87
92227--92272	22	2.0	23	95	4	85	26	4	17	52	1.63
95791--95836	23	2.0	23	95	0	83	26	10	21	41	1.86
107039--107093	25	2.2	25	84	12	69	29	1	0	69	0.99
110708--110886	85	2.1	85	94	0	313	32	12	12	43	1.79
111117--111145	11	2.5	12	88	11	51	65	6	6	20	1.40
118044--118098	6	9.2	6	100	0	110	32	0	67	0	0.91
122227--122260	13	2.6	13	80	0	50	35	0	0	64	0.94
131382--131421	20	2.0	21	90	5	64	37	5	7	50	1.53
131721--131788	31	2.2	31	89	0	100	30	10	10	48	1.71
132744--132807	31	2.1	31	84	0	83	48	4	14	32	1.64
133734--133779	22	2.1	22	84	12	67	21	30	26	21	1.99
136475--136557	26	3.2	25	84	5	112	26	21	13	38	1.90
137773--137810	20	1.9	20	94	0	67	39	18	0	42	1.50
148231--148291	15	4.0	15	87	4	86	47	0	1	50	1.10
148290--148404	32	3.7	32	91	4	198	36	0	11	52	1.38
148343--148399	18	3.4	18	68	22	52	35	0	10	54	1.35
148350--148901	80	6.9	79	76	13	356	33	0	13	52	1.43
148320--148804	108	4.5	105	71	16	354	34	0	13	52	1.43
148431--148592	32	5.7	31	72	26	162	35	0	12	51	1.41
148464--148506	22	2.0	22	90	0	68	39	0	9	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148432--148821	54	7.3	54	79	9	417	33	0	13	52	1.43
148290--148916	134	4.6	134	86	8	889	33	0	13	52	1.42
148518--148560	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
148650--148718	22	3.0	22	74	15	75	30	1	15	52	1.52
148697--148804	32	3.7	32	74	23	137	36	0	12	51	1.39
148730--148772	22	2.0	22	90	0	68	39	0	9	51	1.34
148775--148822	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
148864--148906	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
148937--148961	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
150576--150615	21	1.9	21	90	10	64	40	0	10	50	1.36
153319--153365	7	6.7	7	100	0	94	42	29	27	0	1.56
153723--154159	223	1.9	224	92	5	740	45	7	7	39	1.60
154224--154269	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
154391--154437	20	2.4	19	86	10	67	57	8	17	17	1.63
155192--156420	393	3.1	396	96	2	2298	37	15	15	31	1.89
155192--156420	197	6.2	199	96	2	2295	37	15	15	31	1.89
156953--157016	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
157072--157122	22	2.3	23	93	3	86	35	1	19	43	1.63
156968--157163	98	2.0	98	94	4	342	30	10	17	42	1.82
157479--157542	23	2.8	23	82	0	83	35	6	18	39	1.76
157479--157551	23	3.2	23	78	7	76	34	5	19	41	1.74
157554--157593	21	2.0	20	85	5	53	30	15	7	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161925--161949	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
162256--162427	85	2.0	85	100	0	344	40	23	6	29	1.80
175938--175993	25	2.2	25	100	0	112	25	14	42	17	1.87
176361--176408	14	3.5	14	80	11	55	60	2	2	35	1.20
176370--176411	13	3.2	13	86	3	57	64	2	0	33	1.07
180810--180851	14	2.9	14	82	6	57	35	0	0	64	0.94
193251--193304	18	2.9	19	72	8	58	9	14	25	50	1.73
199093--199139	22	2.1	23	88	4	69	38	25	12	23	1.90
206082--206122	18	2.4	18	88	8	59	41	17	4	36	1.71
206522--206592	19	3.7	19	100	0	142	21	30	16	30	1.95
211642--211723	42	2.0	42	87	0	119	40	24	19	15	1.91
211659--211753	42	2.3	42	83	0	109	37	26	23	12	1.90
224404--224432	13	2.2	13	100	0	58	31	0	0	68	0.89
225897--225943	21	2.2	21	96	0	85	38	36	10	14	1.81
229589--229656	20	3.4	19	81	16	75	26	35	16	22	1.94
232433--232472	16	2.3	18	83	16	66	30	0	17	52	1.45
232438--232474	16	2.3	16	100	0	74	29	0	18	51	1.47
232579--232680	44	2.3	45	76	17	106	42	5	22	29	1.77
236273--236574	44	7.1	44	74	13	233	50	6	17	25	1.70
236520--236613	38	2.5	39	82	6	104	58	5	11	24	1.54
246846--246962	61	2.0	61	94	3	211	31	7	19	41	1.80
247605--247702	13	7.8	13	73	18	66	62	0	3	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247605--247730	19	6.9	18	71	15	73	59	0	3	36	1.16
247614--247702	16	5.6	16	68	21	62	62	0	2	34	1.07
247608--247698	24	4.0	24	71	20	61	61	0	3	35	1.12
251163--251486	158	2.0	164	96	3	606	28	14	11	45	1.78
258540--258630	31	2.9	31	83	1	119	50	12	4	32	1.59
258985--259093	37	3.1	35	89	6	159	32	4	20	43	1.72
263580--263663	37	2.3	38	87	6	120	33	4	19	42	1.72
265572--265638	31	2.2	31	91	2	109	40	14	10	34	1.81
265950--265977	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
266013--266137	60	2.1	60	86	0	169	36	8	15	39	1.78
266013--266161	60	2.5	60	84	0	163	34	8	16	40	1.79
266352--266376	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
269765--269792	14	2.0	14	100	0	56	57	7	7	28	1.52
271374--271446	29	2.4	32	78	15	82	36	0	5	57	1.22
273115--273152	19	2.0	19	89	0	58	44	2	0	52	1.14
273177--273220	22	2.0	23	86	8	65	50	0	2	47	1.13
273182--273247	22	3.0	21	78	12	62	53	1	0	45	1.09
273239--273270	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
274262--274315	22	2.4	23	81	9	67	25	25	16	31	1.97
289711--289749	14	2.7	15	84	8	62	0	20	5	74	1.01
304848--305069	111	2.0	111	96	0	408	45	10	7	36	1.67
305125--305165	18	2.3	18	87	4	57	65	2	4	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305205--305235	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
306628--306653	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
306802--306839	20	2.0	19	90	10	60	42	10	23	23	1.85
306984--307062	36	2.2	37	82	13	101	49	3	1	45	1.28
309018--309051	17	2.0	17	100	0	68	17	5	35	41	1.74
312508--312542	18	1.9	18	100	0	70	25	34	17	22	1.96
319388--319422	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
319388--319480	22	4.4	22	88	5	122	26	30	24	18	1.98
332993--333023	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
337474--337837	3	111.0	3	70	15	161	60	3	27	8	1.43

Tables:   1   2   3