genome.fa.s6530.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006530.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015919_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  612433

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4380--4474	29	3.3	28	82	4	102	50	14	11	23	1.75
5574--5634	29	2.1	30	84	3	79	34	13	8	44	1.73
14082--14115	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
15270--15322	21	2.5	21	96	0	97	28	9	33	28	1.88
21527--21560	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
23408--23446	19	2.1	19	90	0	60	35	28	12	23	1.91
23489--23535	21	2.2	21	80	0	58	23	19	21	36	1.95
23551--23624	20	3.7	20	71	10	78	32	25	20	21	1.97
23549--23645	41	2.4	41	92	0	176	37	24	18	19	1.94
23571--23647	21	3.7	21	72	10	86	40	23	18	18	1.91
23630--23661	16	2.0	16	93	0	55	43	21	18	15	1.87
23797--23830	6	5.7	6	100	0	68	32	50	17	0	1.47
24167--24204	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
25464--25507	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
25536--25561	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
26407--26431	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
30560--30620	31	2.0	30	84	6	79	39	19	18	22	1.92
30774--30814	19	2.2	19	90	0	64	34	4	31	29	1.79
34584--34643	30	2.0	29	83	3	75	18	45	21	15	1.86
34673--34725	26	2.1	25	86	10	72	18	28	24	28	1.98
39743--39777	15	2.3	15	95	0	61	80	0	2	17	0.84
43471--45051	788	2.0	788	98	0	3072	32	11	19	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50085--50152	35	1.9	35	87	0	100	33	19	23	23	1.97
65252--65327	3	25.3	3	97	0	143	65	0	0	34	0.93
66325--66402	38	2.1	38	90	0	120	16	21	15	46	1.84
69196--69254	16	3.4	16	72	20	55	61	3	16	18	1.49
69166--69289	37	3.6	34	87	9	114	58	5	16	19	1.57
69182--69295	37	3.1	37	91	5	185	57	6	16	20	1.61
69212--69275	21	3.3	21	70	20	66	54	6	15	23	1.64
69543--69614	6	11.8	6	95	1	108	66	29	0	4	1.10
71445--71534	16	5.6	16	78	10	58	40	17	11	31	1.85
71480--71511	4	8.0	4	92	0	55	50	21	0	28	1.49
71445--71534	20	4.5	20	80	5	83	40	17	11	31	1.85
94746--94795	25	2.0	25	88	4	73	36	2	0	62	1.07
95845--95955	56	2.0	56	94	5	199	36	6	7	50	1.55
95970--96030	11	6.0	10	76	14	54	47	0	1	50	1.10
95962--96033	21	3.5	20	76	10	65	48	1	1	48	1.18
99624--99669	20	2.3	20	92	0	74	32	10	6	50	1.63
106656--106698	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
106928--106979	27	1.9	27	92	0	86	30	21	23	25	1.99
114367--114403	13	2.8	13	83	0	56	10	27	0	62	1.28
117022--117064	20	2.2	20	83	8	52	30	11	20	37	1.89
117295--117347	27	2.0	27	92	0	88	30	28	20	20	1.98
124576--124643	24	2.8	23	78	8	73	25	13	14	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124585--124658	24	3.1	24	86	0	103	21	10	16	51	1.74
128179--128854	343	2.0	345	93	1	1176	36	15	17	30	1.91
129249--129318	12	5.8	12	73	6	61	17	14	18	50	1.79
129229--129320	48	1.9	48	88	4	141	20	14	16	48	1.80
129226--129320	24	4.0	24	83	2	111	21	13	16	48	1.81
130272--130320	24	2.1	23	88	3	71	6	32	18	42	1.75
131330--131377	8	5.2	9	79	20	55	35	2	2	60	1.20
131333--131377	18	2.4	19	89	10	67	35	2	2	60	1.22
131958--132124	23	7.3	23	86	2	196	47	2	28	20	1.63
135100--135144	15	2.9	16	90	6	67	84	0	15	0	0.62
135100--135144	21	2.1	21	95	0	81	84	0	15	0	0.62
135109--135134	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
138064--138106	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
140687--141268	289	2.0	289	97	0	1112	28	15	14	41	1.86
146004--146047	5	9.4	5	87	9	58	77	0	0	22	0.77
145987--146047	22	2.9	21	80	20	58	72	1	1	24	1.03
146018--146047	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
146584--146617	6	5.7	6	100	0	68	85	14	0	0	0.60
147364--147638	117	2.3	117	81	0	334	27	20	14	38	1.91
147254--147628	118	3.2	117	77	3	367	27	21	14	37	1.92
148969--149003	9	3.8	9	96	3	61	11	2	0	85	0.69
148969--149014	13	3.4	14	82	11	51	13	2	0	84	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158819--158858	21	1.9	21	89	0	62	27	12	17	42	1.85
158843--158901	21	2.8	21	71	0	64	25	6	23	44	1.78
158913--158991	21	3.8	21	77	3	79	22	18	26	31	1.97
163596--163840	108	2.3	106	83	7	298	48	15	16	20	1.82
163596--163840	109	2.3	107	84	6	307	48	15	16	20	1.82
164783--164827	23	2.0	23	90	0	72	4	11	40	44	1.60
166271--166330	27	2.2	27	78	0	66	45	26	8	20	1.79
169642--169735	12	8.1	12	75	11	97	13	71	0	14	1.15
169642--169753	24	5.0	23	80	8	124	15	70	0	14	1.17
169669--169753	12	7.3	12	80	7	104	15	71	0	12	1.14
174050--174099	25	2.0	25	88	7	75	32	38	8	22	1.83
174282--174313	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
174981--175006	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
175138--175726	82	7.2	82	89	0	802	23	19	19	37	1.94
175972--176137	62	2.7	62	87	0	206	32	15	24	28	1.95
183147--183188	13	3.0	14	80	13	59	19	21	0	59	1.38
183361--183525	62	2.7	63	76	11	169	36	15	20	28	1.92
185498--185661	29	5.7	28	77	8	136	46	6	8	38	1.61
185498--185688	58	3.3	58	76	11	178	45	7	8	38	1.63
185643--185734	28	3.3	28	83	4	107	41	15	4	39	1.67
187170--187404	116	2.0	115	83	3	292	37	14	13	34	1.84
187433--187485	16	3.4	16	72	23	51	43	3	0	52	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187528--187567	21	1.9	21	85	10	55	50	2	5	42	1.37
189421--189455	14	2.6	14	91	8	56	5	25	0	68	1.11
189461--189486	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
194681--194707	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
198764--198800	10	3.9	9	86	13	56	83	0	0	16	0.64
198764--198801	20	1.9	19	94	5	67	81	0	0	18	0.69
200768--200814	17	2.8	16	81	9	58	65	6	10	17	1.43
200833--200940	26	4.1	27	70	14	75	75	1	8	14	1.12
202122--202480	38	9.5	37	78	13	225	45	7	2	44	1.46
202973--203979	85	11.9	85	89	1	1355	26	17	21	34	1.95
202973--203979	169	6.0	170	89	1	1373	26	17	21	34	1.95
204053--204189	44	3.2	43	65	14	111	21	24	24	29	1.99
205409--205617	99	2.1	98	92	3	348	32	17	16	33	1.92
208528--208556	13	2.1	14	93	6	51	75	0	17	6	1.01
209687--209734	17	3.0	15	75	16	51	62	4	10	22	1.44
209753--209789	11	3.5	11	89	10	51	81	0	2	16	0.81
211055--211445	40	10.1	37	72	13	213	45	7	2	45	1.44
211066--211448	39	9.9	39	74	10	238	45	7	2	45	1.43
211127--211448	38	8.5	36	73	15	204	45	7	2	45	1.44
211250--211274	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
211434--211505	37	2.0	37	91	8	121	40	9	8	41	1.68
211229--211509	38	7.4	38	76	14	167	43	8	4	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211531--211561	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
212318--212351	14	2.3	15	90	10	52	61	0	0	38	0.96
217256--217626	120	3.0	124	82	7	400	40	15	9	34	1.80
219625--219668	3	14.7	3	90	0	70	34	31	0	34	1.58
219667--219712	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
219898--220252	133	2.7	133	83	3	453	28	17	23	30	1.97
221503--221616	7	15.7	7	75	16	92	4	16	0	78	0.90
221512--221627	13	9.2	12	75	20	80	5	16	0	78	0.92
221501--221623	21	6.1	19	76	16	106	4	16	0	78	0.91
224484--224611	31	4.1	31	78	6	141	32	21	17	27	1.96

Tables:   1   2   3   4