genome.fa.s6537.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006537.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  372459

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183--1222	20	1.9	20	85	10	53	27	22	27	22	1.99
1257--1382	29	4.6	27	70	25	79	46	24	1	26	1.62
16628--17169	284	1.9	284	92	1	913	45	8	12	33	1.72
17357--17396	21	1.9	21	85	10	55	40	0	2	57	1.12
24246--24283	20	1.9	20	88	0	58	39	0	0	60	0.97
24323--24381	23	2.5	24	94	2	102	47	35	0	16	1.47
24390--24424	18	2.0	18	94	5	63	48	45	5	0	1.26
32178--32427	80	3.0	81	84	10	349	21	21	25	32	1.98
32257--32500	89	2.7	89	88	2	346	20	22	25	31	1.98
35934--36009	12	6.3	12	74	8	57	14	11	19	53	1.71
36172--36202	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
39597--39675	12	6.6	12	76	5	52	20	12	17	49	1.79
39592--39663	24	3.0	24	77	4	74	20	13	19	45	1.84
42373--42414	17	2.4	17	88	11	59	19	28	26	26	1.98
45277--45529	80	3.0	81	83	9	319	22	20	24	32	1.98
45358--45567	89	2.4	89	91	0	332	20	21	24	32	1.98
61779--61810	15	2.1	16	88	11	50	50	0	6	43	1.27
72430--72458	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
72879--72913	16	2.2	16	90	5	54	48	2	2	45	1.32
76604--76657	3	19.0	3	77	11	60	66	1	3	27	1.19
76604--76663	32	1.9	31	93	3	102	65	3	5	26	1.29
89356--89465	45	2.5	46	79	13	131	27	8	6	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89431--89566	42	3.0	46	81	16	151	27	15	3	53	1.58
89429--89584	42	3.6	44	79	14	139	26	17	3	53	1.59
89864--90187	43	7.4	44	78	11	229	26	15	6	51	1.68
89992--90054	21	3.0	21	63	9	56	30	11	3	55	1.50
89864--90187	86	3.7	84	77	12	278	26	15	6	51	1.68
89972--90148	92	1.9	93	84	3	241	25	16	7	49	1.73
90065--90201	42	3.2	43	80	5	118	27	16	5	50	1.68
90304--90346	21	2.0	21	86	0	59	32	20	23	23	1.98
99567--99600	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
99613--99648	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
100151--100232	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
101519--101548	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
104908--104989	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
109243--109362	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
109294--109354	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
109245--109389	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
113858--113977	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
113909--113969	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
113860--114004	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
115582--115652	34	2.1	34	100	0	142	39	22	18	19	1.92
117034--117109	31	2.5	31	97	0	143	39	11	10	38	1.77
121682--121792	48	2.3	48	81	3	116	49	15	13	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137625--137677	25	2.2	24	82	3	61	37	18	5	37	1.75
139167--139221	21	2.6	21	77	5	58	38	21	1	38	1.65
139986--140098	48	2.5	44	78	13	120	25	16	14	43	1.86
140458--140503	23	2.0	23	100	0	92	30	26	17	26	1.97
144613--144681	2	34.0	2	82	8	86	46	0	7	46	1.30
147575--147630	7	7.6	7	80	11	67	32	14	39	14	1.86
155754--156029	143	1.9	145	93	1	484	40	17	12	28	1.87
160784--160851	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
162177--162206	3	10.0	3	92	0	51	0	63	0	36	0.95
163240--163524	143	2.0	145	92	1	484	40	17	12	29	1.87
180552--180658	52	2.0	53	89	3	162	41	14	22	21	1.90
190327--190415	44	2.0	44	100	0	178	46	17	8	26	1.78
194710--194754	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
196322--196376	28	2.1	24	83	12	65	56	1	5	36	1.33
196381--196427	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
196380--196429	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
197105--197167	15	4.6	15	67	26	50	46	3	1	49	1.27
197508--197552	21	2.1	21	84	8	56	44	2	2	51	1.26
197567--197751	31	5.8	30	73	20	144	50	3	4	41	1.40
197538--197745	65	3.2	62	76	16	190	49	2	4	43	1.39
197574--197620	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
197652--197744	29	3.0	29	70	19	78	48	3	5	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197538--197787	131	1.9	132	83	8	323	48	3	4	42	1.41
197632--197722	43	2.2	40	86	7	119	47	3	5	43	1.42
197537--197751	31	6.6	34	71	22	124	48	3	4	43	1.39
197734--197775	22	2.0	21	90	9	68	50	9	4	35	1.56
198118--198182	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
198343--198412	12	5.8	12	78	6	70	50	17	14	18	1.79
203074--203178	24	4.5	24	76	12	112	51	14	15	19	1.76
203076--203145	12	5.8	12	80	6	79	51	14	15	18	1.77
203076--203178	12	8.9	12	68	11	72	51	14	15	18	1.77
207919--208011	12	7.8	12	72	13	75	50	16	15	18	1.78
207913--208025	24	4.6	25	77	10	110	50	15	15	18	1.78
207920--208025	48	2.2	48	83	3	133	50	15	16	17	1.78
212400--212494	18	4.8	18	81	10	91	27	30	25	16	1.97
216002--216243	29	8.4	28	79	6	207	35	4	14	45	1.65
216003--216243	58	4.2	58	80	8	242	36	4	14	45	1.64
216032--216243	86	2.4	86	82	3	228	35	4	13	46	1.64
219436--219484	24	2.0	24	84	7	64	57	4	10	28	1.50
221368--221451	21	3.9	22	75	14	68	14	25	35	25	1.93
228163--228218	21	2.7	20	88	2	67	73	8	3	14	1.21
228169--228218	21	2.4	21	93	0	82	74	10	4	12	1.21
230011--230062	20	2.6	20	96	0	95	17	30	15	36	1.91
235116--235657	273	2.0	274	94	0	942	33	12	9	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240173--240214	15	2.8	15	75	10	50	52	0	0	47	1.00
242623--242665	3	13.7	3	85	4	50	37	0	0	62	0.95
243944--244006	29	2.2	29	78	10	67	26	6	1	65	1.26
244076--244109	11	3.0	11	91	4	50	29	2	0	67	1.05
246304--246389	43	2.0	44	88	2	129	32	11	20	34	1.89
246522--246559	16	2.5	15	84	12	51	15	15	7	60	1.57
246599--246641	20	2.2	20	82	0	50	18	11	6	62	1.50
246867--246950	42	2.0	42	83	0	105	48	11	20	19	1.79
250856--251027	75	2.3	75	86	0	254	31	14	22	30	1.94
252282--252427	22	6.6	22	95	0	256	32	19	13	34	1.91
252791--252984	102	1.9	102	94	2	345	39	13	21	24	1.90
252900--253232	122	2.7	122	87	0	486	39	15	19	26	1.91
253161--253502	137	2.5	135	86	5	449	38	15	19	26	1.91
253765--253802	19	2.0	19	90	10	60	52	0	0	47	1.00
256155--256291	67	2.0	67	98	0	265	41	7	8	43	1.62
257419--257446	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
257608--257651	21	2.0	23	91	8	74	43	9	0	47	1.35
257609--257659	23	2.3	21	86	6	66	45	7	0	47	1.32
257999--258041	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
263797--263892	43	2.2	43	80	7	106	30	19	22	27	1.98
264316--264424	21	5.2	21	84	2	103	0	40	18	40	1.57
268433--268623	41	4.6	42	68	13	119	26	20	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268398--268623	83	2.7	83	82	3	251	26	21	18	34	1.96
273911--274159	109	2.3	110	79	10	271	22	15	14	47	1.81
276071--276098	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
277614--277656	20	2.1	21	91	4	70	46	0	0	53	1.00
279005--279039	16	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
282513--282589	34	2.3	34	100	0	154	20	11	40	27	1.87
282891--282925	3	11.7	3	87	0	52	40	28	31	0	1.57
283160--283244	35	2.5	33	78	14	91	27	8	10	54	1.63
291200--291323	50	2.5	50	87	0	176	30	31	8	29	1.88
299065--299186	50	2.4	50	83	2	138	29	31	9	30	1.88

Tables:   1   2