genome.fa.s6558.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016030_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  142797

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11--53	19	2.3	19	88	8	61	46	25	16	11	1.80
13624--13678	26	2.1	26	100	0	110	36	10	12	40	1.79
18646--18681	13	2.8	13	91	0	54	16	41	25	16	1.89
20555--20868	65	4.8	65	72	12	255	42	10	19	27	1.83
20385--20745	164	2.2	167	79	7	376	41	10	19	28	1.84
20817--20898	36	2.3	36	95	4	148	39	14	20	25	1.91
22893--23074	95	1.9	95	88	0	274	30	17	19	33	1.94
26821--26873	27	1.9	27	85	11	72	69	1	16	11	1.26
26862--26905	16	2.8	16	86	3	54	68	6	13	11	1.39
27063--27124	24	2.7	23	80	9	72	62	3	1	32	1.20
27089--27124	16	2.2	17	95	5	65	66	0	0	33	0.92
30808--30837	15	2.0	15	93	0	51	63	3	0	33	1.11
35315--35567	124	2.0	125	82	3	303	34	16	17	31	1.92
40931--41013	29	2.9	29	82	10	107	46	15	21	15	1.83
42239--42273	15	2.2	16	90	5	54	57	8	22	11	1.61
43734--43784	19	2.6	19	81	9	59	23	13	31	31	1.93
54623--54696	29	2.6	29	88	0	121	41	10	29	17	1.83
56207--56695	230	2.1	229	96	0	897	44	7	7	39	1.61
56975--57021	20	2.4	19	86	10	67	55	8	17	19	1.67
57154--57200	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
56762--57233	179	2.6	182	86	2	646	42	13	17	27	1.86
57163--57205	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59421--59485	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
61366--61414	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
61507--63280	200	8.9	200	97	0	3336	36	14	18	30	1.90
61507--63280	801	2.2	799	97	0	3352	36	14	18	30	1.90
64744--64831	6	14.7	6	77	4	61	38	7	31	21	1.82
64743--64825	36	2.3	36	89	0	121	39	8	31	20	1.82
64761--64832	3	24.0	3	73	0	63	37	6	31	23	1.82
64744--64831	12	7.3	12	83	5	88	38	7	31	21	1.82
68582--68646	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
68992--69064	23	3.2	23	88	0	110	34	5	20	39	1.76
68992--69089	46	2.1	45	81	7	108	34	6	17	41	1.74
69422--69494	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
69850--69917	23	3.0	23	88	0	100	33	4	22	39	1.74
70278--70345	23	3.0	23	93	0	118	33	5	22	38	1.78
70702--70774	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
71138--71209	23	3.3	22	88	3	101	31	5	22	40	1.77
71554--71626	23	3.2	23	86	0	92	35	4	20	39	1.72
71984--72054	23	3.1	23	87	0	97	32	5	23	38	1.78
72414--72487	23	3.2	23	84	3	94	33	4	21	40	1.72
68785--73081	430	10.0	430	96	1	7868	40	7	12	39	1.71
72846--72918	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
74193--74286	20	4.7	20	88	2	143	41	17	22	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74193--74305	41	2.8	41	86	2	120	40	16	23	19	1.91
74302--74408	20	5.3	20	81	6	108	30	26	18	24	1.98
74291--74428	41	3.4	41	78	6	145	34	24	16	24	1.96
74923--74960	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
76267--76311	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
76787--76852	20	3.4	20	81	4	73	37	24	22	15	1.92
76787--76888	20	5.6	19	74	16	63	41	23	21	13	1.89
76907--76942	18	1.9	18	88	5	54	13	11	22	52	1.72
76895--76973	32	2.4	33	89	2	124	11	16	24	48	1.79
76900--76957	14	3.9	14	75	16	62	10	13	25	50	1.74
76946--77012	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
76958--77012	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
77045--77111	25	2.5	28	72	20	72	22	8	16	52	1.71
79002--79050	19	2.6	19	100	0	98	48	16	20	14	1.80
79088--79165	20	3.9	20	98	0	147	15	23	24	37	1.93
80222--80275	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
82763--82879	19	6.7	19	71	18	110	43	18	21	16	1.88
82762--82854	33	2.8	33	86	4	134	43	18	20	18	1.89
82875--82964	33	2.7	33	87	0	126	12	21	22	44	1.85
83040--83076	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
84422--84488	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
84422--84530	42	2.6	41	81	5	103	22	20	34	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84760--84946	91	2.0	90	89	6	286	48	17	12	21	1.80
85090--85228	63	2.2	63	87	2	154	25	35	17	20	1.94
85113--85243	63	2.1	63	97	0	244	23	35	18	22	1.95
86695--86766	20	4.0	20	75	18	77	47	18	23	11	1.80
86718--86777	14	3.9	14	76	19	66	43	21	26	8	1.81
86701--86794	33	2.8	33	95	1	161	45	20	23	10	1.82
86795--86839	19	2.4	19	84	0	63	6	15	26	51	1.68
87395--87447	20	2.7	20	90	0	79	26	20	26	26	1.99
87442--87492	20	2.5	22	81	15	72	17	11	21	49	1.79
87560--87600	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
88835--88884	21	2.4	21	86	0	73	44	6	14	36	1.69
88843--88893	21	2.4	21	86	3	66	41	7	13	37	1.74
89211--89262	20	2.7	19	73	21	54	61	0	5	32	1.20
90145--90173	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
94843--94897	26	2.1	26	100	0	110	54	14	20	10	1.69
95720--95767	23	2.1	22	84	3	60	31	2	0	66	1.03
95721--95767	25	2.0	24	87	8	69	31	2	0	65	1.04
97065--97131	31	2.2	31	86	0	98	20	26	14	37	1.92
97509--97672	87	1.9	88	84	6	226	42	11	7	39	1.69
98533--98587	27	2.0	27	82	6	67	32	9	3	54	1.49
99019--99116	31	3.2	31	88	2	144	25	23	11	39	1.88
99428--99477	23	2.2	23	92	0	82	42	8	18	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99506--99553	23	2.1	23	84	7	62	37	10	18	33	1.85
99391--99553	87	1.9	87	94	0	290	41	12	14	30	1.84
99581--100070	199	2.5	198	82	6	566	30	15	14	38	1.88
99548--100070	198	2.6	194	79	7	561	31	15	14	39	1.87
103230--103771	198	2.7	200	82	3	718	31	14	16	37	1.89
105048--105082	12	2.9	12	91	0	52	25	31	2	40	1.70
105901--105932	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
106237--106289	15	3.5	15	92	0	88	32	3	47	16	1.65
106711--107572	199	4.4	198	85	7	1145	31	15	16	36	1.90
107133--107501	186	2.0	181	90	4	580	31	14	18	35	1.91
107848--107897	19	2.6	19	87	0	73	58	8	2	32	1.39
109046--109081	17	2.1	17	100	0	72	30	11	8	50	1.67
109383--109421	18	2.2	18	100	0	78	5	38	0	56	1.22
110094--110149	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
112036--112628	182	3.3	181	87	2	832	28	15	11	44	1.82
119576--119618	20	2.2	20	100	0	86	25	20	9	44	1.81
119582--119625	20	2.2	20	87	0	61	29	22	9	38	1.85
119824--119965	32	4.5	31	75	6	106	43	5	7	43	1.55
120411--120486	40	1.9	40	91	0	125	19	10	19	50	1.77
120873--120915	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
129356--129398	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
134026--134052	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93

Tables:   1

The End!