genome.fa.s6575.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006575.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016108_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  157965

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220--287	20	3.5	19	78	13	75	39	23	22	14	1.91
276--365	14	5.9	14	76	19	81	47	22	17	12	1.80
260--370	32	3.4	32	96	1	195	46	21	18	12	1.82
402--456	14	3.6	14	77	17	65	10	16	23	49	1.77
382--472	32	2.8	33	93	6	159	13	18	21	46	1.83
457--500	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
983--1027	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2331--2388	20	3.0	20	82	2	64	39	18	18	22	1.92
2646--2689	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2855--2970	20	5.7	21	76	10	82	24	17	23	35	1.95
2916--2969	20	2.7	20	91	0	90	27	18	24	29	1.98
2855--2968	41	2.8	41	81	4	133	24	17	23	34	1.96
2855--2972	61	1.9	62	84	5	159	23	16	22	36	1.94
3040--3080	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
4126--4203	41	1.9	42	84	5	106	50	0	17	32	1.47
4443--4489	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
6243--6302	19	3.1	19	74	11	68	61	13	3	21	1.46
9925--9970	20	2.2	21	84	3	58	43	0	2	54	1.12
10701--10770	13	5.4	13	69	6	52	55	4	0	40	1.19
10794--10854	23	2.9	21	86	13	74	42	9	0	47	1.36
10793--10847	23	2.4	23	100	0	110	41	7	0	50	1.30
10940--10992	17	3.2	17	71	10	56	56	1	0	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11767--11839	36	2.0	36	89	0	110	38	21	8	31	1.83
28493--28556	33	1.9	34	84	9	87	48	0	4	46	1.23
28508--28565	17	3.6	16	75	17	57	48	0	3	48	1.18
29975--30014	15	2.6	16	88	4	55	62	7	0	30	1.23
31662--32042	55	6.9	54	83	6	394	30	23	16	28	1.97
31755--32077	110	3.0	107	83	8	320	30	24	16	28	1.96
32351--32385	17	2.1	17	89	10	54	28	25	2	42	1.69
33445--33564	54	2.2	56	78	15	133	8	21	0	70	1.14
33364--33546	7	26.6	7	74	17	100	7	20	0	72	1.08
33364--33564	69	3.0	65	79	14	212	7	20	0	71	1.11
43206--43349	45	3.1	45	91	3	216	36	20	13	29	1.92
44824--44858	16	2.2	16	95	5	63	65	0	0	34	0.93
51198--51250	21	2.5	21	93	0	88	30	32	20	16	1.95
51246--51394	61	2.4	62	87	4	205	24	20	24	30	1.99
51240--51394	21	7.6	21	80	11	169	24	21	24	29	1.99
51880--51995	21	5.6	21	83	4	146	32	26	20	19	1.97
51855--51989	61	2.2	63	93	2	229	34	25	19	20	1.96
52010--52077	21	3.2	21	87	0	100	20	13	32	33	1.91
52225--52519	2	155.0	2	63	23	68	47	3	4	45	1.37
52664--52731	20	3.5	19	78	6	64	50	1	5	42	1.35
52677--52735	2	28.5	2	83	6	73	47	1	5	45	1.34
52936--53009	37	2.1	36	84	5	96	41	8	10	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52993--53101	20	5.2	21	78	12	118	43	6	7	43	1.58
52972--53098	63	2.0	65	86	6	179	42	7	7	43	1.59
53000--53094	44	2.2	41	83	9	120	44	7	5	43	1.54
53136--53179	14	3.1	14	83	0	61	38	9	2	50	1.47
53171--53228	16	3.8	16	72	17	52	39	5	5	50	1.47
53148--53346	87	2.3	88	84	6	253	43	5	3	48	1.41
53229--53323	31	3.0	31	84	7	102	44	3	3	49	1.34
53154--53375	87	2.6	87	82	11	239	44	4	3	48	1.39
53618--53671	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
55072--55100	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60526--61162	335	1.9	335	94	0	1114	37	12	13	37	1.82
65103--65159	9	6.6	9	75	18	50	31	7	0	61	1.23
65182--65221	4	10.0	4	94	0	71	27	0	0	72	0.85
65123--65223	12	8.6	12	72	13	68	29	3	1	64	1.23
74051--74114	33	1.9	34	84	9	87	48	0	4	46	1.23
74066--74123	17	3.6	16	75	17	57	48	0	3	48	1.18
75534--75573	15	2.6	16	88	4	55	62	7	0	30	1.23
77207--77596	55	7.1	54	82	9	228	31	23	16	28	1.96
77217--77597	110	3.5	108	84	8	400	30	24	16	28	1.96
77310--77632	110	3.0	107	84	8	331	30	25	15	27	1.96
77906--77940	17	2.1	17	89	10	54	28	25	2	42	1.69
78964--79054	16	6.0	14	66	24	51	8	18	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88710--88834	44	2.8	45	92	2	198	36	22	14	27	1.93
90335--90369	16	2.2	16	95	5	63	65	0	0	34	0.93
96722--96774	21	2.5	21	93	0	88	30	32	20	16	1.95
96770--96888	19	5.9	19	78	11	130	21	20	25	32	1.97
96764--96893	40	3.2	40	83	4	179	23	20	24	31	1.98
97378--97533	21	7.6	21	84	5	212	31	26	21	20	1.98
97378--97527	40	3.7	41	84	5	198	31	26	21	20	1.98
97378--97527	61	2.5	61	93	0	246	31	26	21	20	1.98
97550--97626	21	3.7	21	98	0	145	23	14	29	32	1.94
97548--97636	21	4.2	21	94	0	142	21	14	31	32	1.93
97784--98097	2	163.0	2	66	21	111	48	2	3	45	1.35
97915--98072	69	2.3	70	86	8	232	49	3	5	42	1.40
97977--98111	73	1.9	69	77	11	139	48	2	4	43	1.38
98244--98291	22	2.3	21	86	10	64	50	2	8	39	1.44
98345--98383	7	5.6	7	90	0	60	48	12	0	38	1.42
98332--98390	14	4.2	14	84	0	73	47	22	0	30	1.51
98332--98390	21	2.8	21	78	0	73	47	22	0	30	1.51
98504--98577	37	2.1	36	84	5	96	41	8	10	39	1.70
98561--98667	22	5.2	21	76	16	109	42	6	7	42	1.58
98516--98676	61	2.7	61	76	9	163	41	8	8	41	1.65
98540--98664	61	2.0	63	86	6	175	42	7	7	43	1.59
98553--98661	20	5.2	22	78	15	115	43	7	7	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98704--98755	20	2.7	20	78	3	61	36	7	3	51	1.49
98714--98906	87	2.2	87	83	8	241	43	5	3	48	1.41
98789--98883	31	3.0	31	84	7	102	44	3	3	49	1.34
98715--98963	87	2.9	87	75	16	212	44	4	2	48	1.36
98900--98960	25	2.2	28	83	11	74	49	0	1	49	1.10
99172--99225	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
106345--106408	33	1.9	34	84	9	87	48	0	4	46	1.23
106360--106417	17	3.6	16	75	17	57	48	0	3	48	1.18
107820--107859	15	2.6	16	88	4	55	62	7	0	30	1.23
109602--109834	110	2.1	109	88	3	349	30	24	17	27	1.97
109509--109834	55	5.9	55	81	7	308	30	23	17	28	1.97
109617--109869	110	2.3	107	85	4	312	30	25	15	28	1.96
110143--110177	17	2.1	17	89	10	54	28	25	2	42	1.69
111162--111212	7	7.4	7	84	4	59	3	17	0	78	0.90
111162--111319	6	24.8	6	71	17	56	6	20	0	72	1.08
111242--111350	49	2.2	52	77	12	120	9	20	0	70	1.14
111182--111350	64	2.7	64	83	9	199	8	21	0	69	1.15
111167--111336	27	7.3	22	70	20	82	7	20	0	71	1.10
111233--111319	17	5.4	17	67	21	53	6	20	0	72	1.07
120975--121132	45	3.4	47	83	6	153	36	20	12	29	1.90
120980--121110	45	2.9	45	90	2	199	35	22	12	29	1.92
122611--122645	16	2.2	16	95	5	63	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129022--129507	21	23.7	19	75	14	414	22	19	24	33	1.97
129022--129507	166	3.0	166	92	1	791	22	19	24	33	1.97
129030--129504	42	11.5	42	90	1	669	21	20	24	33	1.97
130364--130503	42	3.4	41	94	3	237	33	22	21	22	1.97
130364--130528	21	8.0	21	76	14	146	33	21	21	22	1.97
130364--130528	42	4.0	40	91	4	231	33	21	21	22	1.97
130716--131020	2	159.0	2	64	21	75	47	2	4	45	1.37
130822--130982	74	2.2	74	88	3	234	47	2	5	44	1.39
131158--131205	20	2.5	19	83	6	60	50	2	8	39	1.44
131171--131221	2	24.5	2	80	7	57	47	1	5	45	1.38

Tables:   1   2