genome.fa.s658.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000658.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001280_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  243114

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5182--5233	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
5222--5335	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
5219--5335	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
5856--5936	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
5932--6116	19	10.1	19	74	14	147	12	21	21	44	1.85
5932--6021	39	2.3	38	92	1	144	12	20	21	46	1.82
5955--6032	39	2.0	39	87	5	113	8	19	26	44	1.80
6004--6091	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
6056--6103	20	2.4	19	76	10	51	12	25	20	41	1.87
8109--8231	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
8165--8231	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
9590--9625	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
9822--9883	33	1.9	31	93	6	106	17	19	20	41	1.90
9824--9901	19	4.4	19	75	15	94	17	19	19	43	1.88
9868--9910	19	2.3	19	87	0	59	20	18	16	44	1.87
12380--12433	24	2.2	24	86	0	72	40	20	14	24	1.90
13493--13550	20	2.9	20	92	0	89	39	22	20	17	1.92
13569--13636	19	3.8	19	83	12	92	13	20	17	48	1.80
13753--13789	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
15658--15724	19	3.5	19	83	4	89	38	23	22	14	1.92
15755--15810	14	3.7	14	76	17	58	12	16	21	50	1.78
15750--15826	32	2.4	33	93	2	129	14	18	20	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15750--15800	16	3.2	16	74	20	61	11	19	23	45	1.83
15820--15865	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
16347--16391	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
17711--17764	20	2.8	20	80	2	65	48	22	16	12	1.80
17979--18022	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
18190--18287	41	2.4	41	80	0	124	23	16	20	39	1.91
18273--18365	41	2.3	41	96	3	143	17	23	18	40	1.90
18273--18365	20	4.5	21	76	9	93	17	23	18	40	1.90
20935--21108	60	3.0	60	83	4	205	41	8	16	33	1.79
22439--22471	17	1.9	17	93	0	57	48	0	6	45	1.27
31005--31066	28	2.2	28	82	2	72	46	3	19	30	1.65
33610--33642	18	1.9	18	88	11	52	66	3	6	24	1.28
39361--39409	24	2.1	23	85	7	64	36	0	0	63	0.95
47755--47811	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
48117--48145	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
49196--49254	20	3.3	19	67	28	56	10	33	32	23	1.88
49196--49273	34	2.3	34	93	0	129	11	32	33	23	1.90
49208--49267	14	3.9	14	73	23	57	10	30	36	23	1.87
49312--49369	29	2.0	29	86	0	80	22	27	34	15	1.94
50219--50950	43	17.1	42	73	12	225	26	17	6	50	1.69
50219--50950	85	8.6	85	75	9	465	26	17	6	50	1.69
50330--50556	87	2.6	86	79	7	237	23	18	7	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50304--50896	212	2.8	215	78	8	539	25	17	6	49	1.70
51254--51312	24	2.5	24	78	5	68	54	0	0	45	0.99
57258--57380	29	4.1	29	79	4	120	35	6	10	47	1.64
63591--63676	35	2.5	35	84	1	111	43	24	8	24	1.81
64722--64773	25	2.0	26	82	10	63	55	9	5	28	1.55
67205--67251	24	1.9	25	86	4	69	38	10	21	29	1.87
69505--69549	24	1.9	23	86	4	63	53	15	6	24	1.66
84736--84784	10	4.9	10	89	0	80	36	14	0	48	1.44
84525--84764	129	1.9	129	98	0	462	30	8	6	54	1.56
84736--84784	20	2.5	20	100	0	98	36	14	0	48	1.44
84607--84924	149	2.1	150	97	0	593	33	9	5	51	1.56
84886--84924	20	2.0	20	89	0	60	38	15	0	46	1.46
91069--91130	30	2.1	30	87	0	88	32	32	3	32	1.74
91103--91155	21	2.5	22	82	11	67	22	33	5	37	1.78
100888--100915	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
107895--107950	16	3.4	16	77	18	53	46	0	0	53	1.00
111103--111183	35	2.3	35	95	2	144	58	0	1	40	1.06
112874--113136	107	2.4	108	85	0	303	38	12	12	36	1.81
113769--113838	23	3.1	23	70	15	65	34	12	17	35	1.88
113911--114243	75	4.4	74	82	3	373	32	13	12	41	1.82
113796--114011	98	2.2	98	80	4	256	34	12	13	40	1.81
114701--114769	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114926--114962	15	2.5	15	95	0	65	8	70	16	5	1.30
121435--121483	20	2.5	20	82	0	62	44	4	20	30	1.70
127426--127468	15	2.9	15	82	6	52	60	2	4	32	1.30
127927--128138	108	2.0	104	95	3	379	26	23	17	33	1.96
128130--128184	27	2.0	27	100	0	110	29	18	14	38	1.90
129270--129387	41	2.8	42	88	2	184	17	13	17	50	1.77
129557--129628	30	2.4	32	79	9	80	45	0	0	54	0.99
129594--129669	22	3.3	23	72	23	70	43	1	1	53	1.17
129587--129725	24	5.9	23	70	22	85	43	0	1	54	1.14
129597--129737	52	2.7	55	76	13	136	44	0	1	53	1.14
129676--129727	25	2.0	26	82	10	63	42	0	1	55	1.10
129879--129922	22	2.0	22	87	12	65	61	0	0	38	0.96
129891--129932	22	1.9	21	85	9	57	54	0	2	42	1.13
130079--130143	15	4.4	15	80	1	51	36	18	4	40	1.71
130045--130095	20	2.6	20	96	3	95	35	15	7	41	1.76
130093--130147	15	3.7	15	85	0	83	38	16	5	40	1.72
130077--130143	30	2.3	29	92	2	107	35	17	5	40	1.75
133104--133165	23	2.7	23	83	11	83	51	16	19	12	1.76
134488--134758	140	1.9	139	84	0	353	42	16	13	28	1.86
140423--140503	32	2.6	30	79	9	90	28	18	23	29	1.98
140486--140558	30	2.4	30	90	0	110	24	20	24	30	1.99
146501--146737	78	3.1	78	93	0	395	40	16	8	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151316--151382	34	1.9	34	82	14	84	22	13	17	46	1.83
152172--153057	444	2.0	444	89	1	1346	36	15	19	28	1.93
157144--161291	277	15.0	277	98	0	8038	34	21	15	29	1.94
157144--161291	553	7.5	554	99	0	8146	34	21	15	29	1.94
175287--175334	22	2.1	23	85	11	64	39	8	0	52	1.32
176331--176375	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
181112--181148	12	3.0	12	92	7	65	51	0	0	48	1.00
181107--181151	13	3.5	13	87	6	65	51	0	0	48	1.00
184128--184168	8	5.2	8	88	5	66	36	0	26	36	1.57
184128--184168	15	2.6	16	84	7	66	36	0	26	36	1.57
184236--184963	125	5.8	126	98	0	1408	21	25	20	31	1.98
184236--184963	251	2.9	251	98	0	1415	21	25	20	31	1.98
185350--185449	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
185975--186068	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
187776--187854	33	2.4	34	83	8	101	60	1	0	37	1.05
189293--189322	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
191853--192113	36	7.3	35	74	17	177	43	2	6	47	1.42
192497--192540	22	2.0	22	83	12	56	52	27	13	6	1.66
195886--195961	3	25.0	3	94	2	134	35	0	0	64	0.94
197248--197294	20	2.3	21	78	10	62	25	2	8	63	1.34
197340--197384	25	1.9	24	82	13	58	44	0	0	55	0.99
199697--199749	14	3.7	14	76	2	52	26	16	5	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205199--205463	83	3.2	83	95	1	460	27	13	21	37	1.91
208051--208105	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
208667--208711	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
208780--208824	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
209006--209050	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
208503--209730	339	3.6	339	98	0	2352	38	13	19	28	1.89
209119--209163	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
209345--209389	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
209458--209502	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
208503--209730	113	10.9	113	92	1	1964	38	13	19	28	1.89

Tables:   1   2