genome.fa.s6591.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006591.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016170_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  156397

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5673--5717	14	3.2	14	84	6	56	17	0	28	53	1.44
5678--5730	21	2.5	21	82	11	56	16	0	28	54	1.43
5713--5821	49	2.2	50	77	6	125	33	5	11	50	1.61
6187--6247	14	4.4	14	78	0	68	22	0	27	49	1.50
6187--6247	28	2.2	27	85	5	86	22	0	27	49	1.50
6176--6242	21	3.2	22	74	16	61	22	0	28	49	1.50
6331--6378	2	23.0	2	80	16	53	50	4	2	43	1.33
6880--6924	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
6880--6918	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
7008--7108	2	51.0	2	80	5	107	44	2	4	47	1.40
6547--8179	608	2.8	594	84	11	2245	36	8	11	43	1.72
7597--7653	2	29.0	2	91	3	89	47	0	3	49	1.18
7692--7718	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
8034--8068	7	5.0	7	92	0	52	17	0	37	45	1.48
8034--8072	14	2.8	14	92	0	60	17	0	33	48	1.48
7039--8199	551	2.1	533	82	12	1416	36	8	11	43	1.71
8361--8389	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
8701--8731	7	4.4	7	100	0	62	12	0	38	48	1.42
8806--8852	15	3.3	14	88	11	69	38	0	10	51	1.37
8815--8857	15	2.6	16	89	10	61	39	2	9	48	1.48
8828--8873	20	2.3	20	88	3	67	36	8	8	45	1.66
9244--9296	21	2.5	21	77	17	56	18	1	26	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8355--9909	518	3.0	514	82	10	1776	34	9	12	43	1.74
9747--9814	7	9.7	7	86	0	82	23	0	30	45	1.53
9747--9814	21	3.2	21	85	0	91	23	0	30	45	1.53
9747--9810	14	4.6	14	88	0	92	23	0	32	43	1.54
9904--9964	21	2.9	21	82	4	61	39	6	8	45	1.60
10433--10480	14	3.4	14	79	0	51	16	2	27	54	1.54
10569--10644	2	37.0	2	92	5	125	47	1	1	50	1.18
10663--10721	23	2.4	25	81	15	79	55	0	1	42	1.09
10684--10732	26	1.9	25	84	12	64	53	2	4	40	1.32
11007--11050	21	2.1	21	88	12	65	15	0	29	54	1.42
11316--11344	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
11665--11702	14	2.8	14	92	4	60	23	0	28	47	1.52
11781--11815	15	2.2	16	95	5	63	40	2	5	51	1.40
12196--12229	14	2.4	14	90	0	50	23	0	32	44	1.54
12324--12363	2	19.0	2	85	10	53	45	2	2	50	1.28
11326--12878	531	2.9	533	89	7	2267	35	9	12	43	1.74
12717--12776	20	2.9	21	87	5	77	23	0	28	48	1.51
12717--12776	7	8.7	7	79	3	68	23	0	28	48	1.51
11779--12911	549	2.1	541	84	11	1513	36	8	11	43	1.72
12860--12949	2	45.0	2	88	4	137	46	0	2	51	1.13
13455--13520	28	2.4	28	87	5	89	18	1	25	54	1.52
13442--13493	21	2.5	22	75	6	54	17	0	28	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13442--13520	14	5.6	14	71	5	61	17	1	27	53	1.52
13605--13666	2	30.0	2	90	6	97	46	1	1	50	1.20
13685--13737	22	2.4	21	84	9	70	54	0	1	43	1.11
14023--14066	21	2.1	21	88	12	65	15	0	29	54	1.42
14334--14362	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
14683--14727	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
14683--14721	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
14808--14868	2	30.0	2	82	9	70	44	1	4	49	1.33
14799--14868	21	3.3	21	86	6	88	42	1	5	50	1.35
14808--14868	27	2.2	27	94	2	104	44	1	4	49	1.33
14887--14920	11	3.4	10	84	15	52	55	0	0	44	0.99
15246--15278	14	2.4	14	94	0	57	24	0	27	48	1.51
15259--15314	23	2.7	21	89	10	80	21	3	28	46	1.68
15394--15452	2	29.0	2	89	3	91	47	5	0	47	1.24
15798--15855	14	4.1	15	80	8	61	20	0	31	48	1.50
15811--15851	7	5.9	7	82	0	55	19	0	34	46	1.50
15939--15992	2	26.0	2	77	7	54	44	1	3	50	1.30
16148--16176	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
16497--16562	28	2.4	28	87	5	89	16	1	27	54	1.51
16484--16562	14	5.6	14	74	5	70	16	1	29	53	1.51
16484--16562	7	11.3	7	71	5	52	16	1	29	53	1.51
16632--16703	20	3.5	20	81	7	83	38	6	5	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16696--16754	23	2.4	25	81	15	79	54	0	3	42	1.17
17037--17079	20	2.2	20	87	8	61	16	0	30	53	1.43
17346--17374	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
17695--17739	14	3.2	14	100	0	90	20	0	26	53	1.46
17823--17893	2	35.0	2	84	8	90	45	1	4	49	1.30
17356--19005	577	2.9	574	89	6	2488	36	8	11	43	1.72
18272--18316	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
18272--18310	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
18400--18458	19	3.0	19	90	9	84	49	5	0	45	1.24
18400--18442	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
19611--19683	20	3.5	21	75	12	71	38	8	5	47	1.56
19616--19654	11	3.5	11	80	13	53	41	2	5	51	1.38
20020--20053	13	2.5	13	90	4	50	14	0	35	50	1.44
20645--20689	14	3.2	14	100	0	90	20	0	26	53	1.46
20782--20829	2	24.0	2	87	8	71	47	2	2	47	1.25
20781--20824	23	1.9	23	95	0	79	47	0	2	50	1.13
20784--20829	21	2.2	21	92	0	74	47	2	2	47	1.26
21080--21117	20	1.9	20	94	0	67	23	18	13	44	1.85
21308--21397	2	47.0	2	84	8	125	47	1	2	48	1.21
21426--21465	12	3.5	12	77	22	50	52	0	0	47	1.00
21771--21822	14	3.8	14	79	5	61	19	0	30	50	1.48
21908--21974	23	3.0	22	85	10	82	40	7	8	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20315--21968	577	3.0	540	78	15	1663	35	8	11	43	1.72
22418--22478	7	8.7	7	81	0	68	26	0	27	45	1.54
22418--22478	21	2.9	21	85	0	77	26	0	27	45	1.54
22555--22620	2	32.0	2	78	6	69	45	1	4	48	1.32
22774--22803	13	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00
22774--22807	14	2.4	14	90	9	52	47	0	0	52	1.00
23110--23156	13	3.6	13	77	11	51	14	0	31	53	1.42
23255--23288	9	3.9	9	84	7	52	38	0	5	55	1.24
23257--23318	17	3.3	18	80	12	72	40	6	6	46	1.55
23332--23379	25	1.9	25	83	8	62	52	2	4	41	1.32
23947--23974	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
24288--24332	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
24288--24326	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
24415--24525	2	58.0	2	80	12	117	45	0	6	48	1.28
23957--27252	615	5.4	603	74	18	2488	36	8	11	43	1.72
24903--24947	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
24903--24941	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
25023--25097	2	38.0	2	97	2	143	49	0	0	50	1.00
25467--25509	20	2.2	20	87	8	61	16	0	30	53	1.43
25646--25675	15	2.0	15	93	0	51	43	0	10	46	1.37
26080--26145	7	9.7	7	86	3	91	25	0	27	46	1.53
26749--26823	21	3.4	21	70	14	53	14	1	28	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26906--26967	2	31.0	2	84	12	83	46	3	1	48	1.28
26900--26986	17	4.9	19	76	19	64	42	5	4	47	1.48
25153--27014	656	2.9	636	79	13	1996	36	8	11	43	1.72
26989--27041	23	2.3	21	79	17	61	56	0	1	41	1.10
27006--27052	24	1.9	25	83	12	62	53	2	4	40	1.32
27313--27355	2	20.0	2	81	13	50	48	4	2	44	1.36
27517--27545	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
27866--27910	7	6.4	7	78	0	54	20	0	31	48	1.49
27866--27904	14	2.8	14	96	0	69	23	0	28	48	1.51
27994--28101	2	54.0	2	85	7	139	45	0	4	49	1.29

Tables:   1   2