genome.fa.s6592.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016171_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276073

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8933--9016	43	2.0	43	85	4	116	41	21	11	25	1.87
10045--10211	63	2.7	63	91	1	264	20	28	8	43	1.81
12086--12155	21	3.3	21	79	0	77	24	30	24	21	1.99
12116--12170	21	2.6	21	82	5	58	25	34	21	18	1.96
15314--15344	15	2.1	15	93	0	53	45	16	6	32	1.72
23395--23426	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
28163--28208	17	2.7	17	79	0	65	43	10	2	43	1.51
33893--33922	14	2.1	14	93	0	51	30	20	36	13	1.90
35818--35926	55	2.0	54	89	1	164	33	33	20	12	1.90
41587--41696	55	2.0	55	91	3	177	33	31	21	12	1.91
44228--44270	17	2.5	17	96	0	77	32	20	27	18	1.96
50571--50614	17	2.6	17	100	0	88	27	20	31	20	1.97
54932--54978	23	2.0	23	100	0	94	21	12	8	57	1.62
60428--60464	19	1.9	19	88	0	56	24	35	27	13	1.93
60428--60470	19	2.3	19	84	8	52	20	32	32	13	1.92
68581--68875	55	5.4	54	82	4	236	35	18	10	35	1.85
68622--69278	55	11.9	56	83	5	414	36	18	10	34	1.86
68622--69243	110	5.7	110	88	2	734	35	18	10	34	1.86
68620--69266	165	3.9	165	84	3	714	36	18	10	34	1.86
68633--69243	219	2.8	220	85	2	737	36	18	10	34	1.85
69642--69682	19	2.2	19	86	0	55	26	17	17	39	1.91
74867--75297	55	7.8	55	85	5	266	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74879--75302	110	3.9	109	87	2	519	35	18	10	35	1.86
74928--75302	55	6.8	55	90	0	536	35	18	11	34	1.87
75278--75326	24	2.0	24	100	0	98	34	12	12	40	1.80
75223--75381	79	2.0	79	95	0	282	33	16	13	35	1.88
75168--75436	134	2.0	134	95	0	484	33	18	12	35	1.88
75113--75460	189	1.8	189	94	0	615	34	18	12	35	1.87
75304--75482	55	3.3	55	90	0	268	36	16	11	35	1.85
75510--75547	19	2.1	18	90	5	58	44	23	5	26	1.74
75825--75881	22	2.7	20	86	7	78	29	24	14	31	1.94
75825--75896	19	3.6	19	78	12	72	29	20	15	34	1.93
77736--77794	19	3.1	19	76	9	66	30	18	23	27	1.98
78062--78398	2	187.0	2	68	23	171	42	2	3	52	1.29
78073--78385	5	61.0	5	69	18	141	42	2	2	52	1.27
78062--78378	7	46.0	7	72	17	197	42	2	2	52	1.27
83820--83862	20	2.0	21	91	8	70	37	23	9	30	1.86
90149--90182	16	2.1	17	89	10	54	23	0	5	70	1.09
93887--93924	18	2.1	18	95	0	67	34	7	28	28	1.85
94853--94968	28	3.9	29	73	18	80	47	0	2	49	1.21
95037--95119	19	4.2	20	72	13	66	45	1	2	50	1.22
95132--95185	26	2.2	24	83	12	65	53	1	0	44	1.11
95136--95230	32	3.1	31	82	14	108	53	1	1	44	1.14
95173--95224	22	2.3	22	86	3	68	51	0	1	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95186--95229	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
98259--98364	17	6.1	17	72	8	70	37	15	8	38	1.77
99470--99509	14	2.9	14	100	0	80	42	7	0	50	1.30
107379--107405	8	3.4	8	100	0	54	40	11	11	37	1.76
107814--107892	14	5.6	14	73	5	70	50	25	1	22	1.56
107813--107866	28	1.9	28	88	0	81	51	25	1	20	1.57
108757--108787	15	2.1	15	100	0	62	41	0	25	32	1.56
111635--111674	20	2.0	20	95	0	71	22	22	15	40	1.91
114349--114397	17	2.6	19	81	18	66	10	30	0	59	1.31
114356--114398	17	2.5	17	100	0	86	9	32	0	58	1.30
116808--116858	18	2.5	21	81	12	63	21	15	29	33	1.94
119217--119241	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
119717--119749	16	2.1	16	94	0	57	39	12	6	42	1.67
122915--122973	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
122980--123043	2	32.0	2	96	0	65	39	0	50	10	1.38
123839--124329	182	2.7	181	88	3	770	42	13	15	28	1.84
124200--124439	110	2.2	112	92	3	396	42	14	15	27	1.85
124018--124621	292	2.1	294	90	1	944	43	13	16	26	1.85
124312--124765	182	2.5	181	92	1	748	42	13	16	27	1.85
125196--125243	23	2.1	23	84	7	62	43	16	0	39	1.48
130816--130857	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
134564--134607	22	2.2	20	84	12	54	25	13	11	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135096--135784	226	3.1	224	87	2	997	31	16	13	38	1.87
136335--136370	18	1.9	19	94	5	65	63	8	0	27	1.23
138671--138727	30	1.9	30	88	0	87	43	5	7	43	1.54
141741--142194	167	2.7	167	82	3	518	33	18	16	31	1.93
143119--143168	26	2.0	25	84	4	64	32	2	24	42	1.66
145242--145343	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
145735--145774	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
149965--150045	7	10.7	7	74	19	65	77	7	14	0	0.97
150687--150739	22	2.4	22	96	0	97	35	28	9	26	1.87
151156--151191	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
151628--151951	72	4.6	73	76	11	257	26	19	15	39	1.91
151670--151951	36	8.0	36	80	8	312	25	19	14	40	1.89
151726--151914	102	1.9	102	88	4	292	26	17	13	41	1.88
151690--152014	138	2.4	137	84	2	445	27	19	12	40	1.88
151909--152066	67	2.4	67	85	5	196	32	21	8	37	1.83
151900--152066	65	2.5	65	83	4	192	31	21	8	38	1.83
152683--153448	105	7.3	105	89	3	1044	34	25	17	22	1.96
153982--154083	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
154505--154538	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
154770--154817	25	2.0	25	83	4	62	18	2	2	77	0.97
154999--155028	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
156479--156543	34	1.9	34	83	0	85	26	30	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156947--156995	20	2.5	20	89	0	71	28	24	14	32	1.94
156952--157002	20	2.5	20	90	0	75	31	21	13	33	1.92
156947--157016	20	3.5	20	84	1	61	32	21	11	34	1.89
159163--159227	34	1.9	34	83	0	85	26	30	13	29	1.94
159631--159679	20	2.5	20	89	0	71	28	24	14	32	1.94
159636--159686	20	2.5	20	90	0	75	31	21	13	33	1.92
159631--159700	20	3.5	20	84	1	61	32	21	11	34	1.89
161849--161913	34	1.9	34	87	0	94	27	29	13	29	1.95
162277--162322	20	2.3	20	92	0	74	28	17	21	32	1.96
165181--165635	182	2.5	181	91	2	709	27	16	12	44	1.83
168440--170683	199	11.3	199	90	2	3348	27	15	15	41	1.87
171011--171076	18	3.7	18	84	6	71	53	12	1	33	1.47
171028--171076	19	2.7	18	90	6	73	55	10	2	32	1.45
172096--172134	18	2.2	18	95	0	69	5	41	0	53	1.23
173789--173827	18	2.2	18	86	9	53	41	5	5	48	1.47
174078--174126	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
174510--175716	182	6.6	182	88	2	1728	27	15	13	43	1.83
174510--175716	365	3.3	363	91	1	1848	27	15	13	43	1.83
174510--175716	547	2.2	546	89	1	1828	27	15	13	43	1.83
175645--175683	20	1.9	21	94	5	71	12	15	25	46	1.81
181446--181479	16	2.1	17	88	5	52	67	0	0	32	0.91
186204--186242	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192187--192211	6	4.2	6	100	0	50	16	20	16	48	1.82
193327--193365	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
194610--194655	16	3.0	16	79	17	53	41	2	0	56	1.11
199949--200028	1	80.0	1	74	0	70	87	0	12	0	0.54
199932--200051	9	13.7	9	82	12	117	80	0	15	3	0.83
199939--200031	24	3.9	23	80	10	98	84	0	15	0	0.61
199939--200031	33	2.9	31	80	14	116	84	0	15	0	0.61
201084--201226	52	2.8	52	83	6	175	39	18	22	20	1.93
203109--203160	15	2.9	18	71	23	56	51	13	15	19	1.75
203109--203160	16	3.1	16	76	18	52	51	13	15	19	1.75

Tables:   1   2