genome.fa.s6640.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006640.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016353_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  182799

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3996--4121	52	2.4	51	86	7	164	32	12	14	40	1.83
5461--5570	55	2.0	56	87	5	161	46	8	18	27	1.77
6154--6196	21	2.0	21	81	0	50	60	0	9	30	1.28
6319--6355	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
6911--7572	45	14.7	45	92	0	1018	21	22	12	43	1.85
7825--7919	47	2.0	47	95	0	172	42	11	6	40	1.67
8648--8680	14	2.4	14	85	5	50	69	0	6	24	1.10
10084--10160	4	18.8	4	73	15	50	76	7	1	14	1.06
10084--10158	29	2.6	29	82	2	96	77	8	1	13	1.05
10234--10272	18	2.1	19	90	4	62	79	7	0	12	0.93
10230--10302	35	2.1	35	82	10	87	73	10	1	13	1.15
11221--11278	25	2.3	26	82	14	68	79	10	0	10	0.94
11226--11275	14	3.1	15	76	23	57	80	8	0	12	0.92
11656--11741	19	4.4	19	67	16	52	67	10	3	18	1.34
12036--12334	155	1.9	155	86	6	426	32	5	34	27	1.79
12931--13056	8	16.0	8	74	14	86	31	2	7	58	1.38
12939--13045	23	4.5	24	73	21	100	32	2	6	57	1.39
12961--13142	10	19.3	10	70	25	57	35	2	7	54	1.40
12931--13061	15	8.9	14	75	19	74	32	2	6	58	1.37
13041--13119	20	4.1	19	72	9	70	35	2	6	55	1.39
13009--13139	15	7.0	20	76	17	67	34	1	8	55	1.39
12918--13133	87	2.5	85	82	13	228	33	2	6	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13018--13139	20	5.9	20	72	14	65	34	1	8	55	1.39
13078--13161	20	4.8	18	68	16	52	34	4	7	53	1.49
13174--13319	73	2.0	72	88	6	217	38	4	6	51	1.46
13188--13319	22	5.7	23	68	22	80	36	4	6	53	1.46
13355--13382	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15847--15897	15	3.7	14	82	17	63	29	0	0	70	0.87
15831--15895	19	3.4	19	77	12	53	33	0	0	66	0.92
15853--15894	22	1.9	22	85	9	59	28	0	0	71	0.86
22156--22225	22	3.3	22	69	15	74	27	17	21	34	1.95
22154--22252	42	2.4	42	94	0	171	24	17	23	35	1.95
21893--22541	299	2.2	299	88	2	939	31	15	18	34	1.92
22192--22745	259	2.1	257	86	2	745	31	16	17	35	1.92
22905--22947	15	2.9	15	82	6	52	30	0	2	67	1.03
22905--22963	24	2.4	24	81	15	68	28	0	1	69	0.98
22885--22967	19	4.4	19	72	23	61	31	1	1	66	1.07
25314--25807	45	10.7	45	85	6	621	22	21	11	44	1.83
25620--25731	57	2.0	57	90	0	179	25	18	11	44	1.83
25577--25763	102	1.8	102	89	0	293	24	18	11	45	1.82
25691--25760	21	3.2	20	67	25	52	21	20	11	47	1.81
25532--25807	147	1.9	147	87	1	410	23	18	10	46	1.81
27020--27076	30	1.9	30	92	0	96	40	7	7	45	1.58
27100--28046	80	11.7	80	79	13	794	53	13	0	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27163--27208	22	2.0	22	87	4	65	54	15	0	30	1.41
27163--28145	54	18.1	54	74	14	701	53	13	0	33	1.41
27216--27289	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
27324--27366	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
27326--27374	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
27378--27420	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
27380--27428	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
27292--28190	188	4.8	187	83	10	1121	52	12	0	34	1.40
27434--27508	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
27512--27554	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
27514--27562	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
27566--27608	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
27568--27616	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
27622--27696	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
27704--27777	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
27974--28022	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
28026--28068	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
28028--28076	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
28080--28122	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
28082--28130	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
28125--28205	15	5.5	15	95	1	146	54	0	0	45	0.99
34190--34257	29	2.3	29	97	0	127	23	25	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34282--34418	64	2.2	64	86	4	188	35	16	20	27	1.94
35816--36128	149	2.1	148	95	2	576	27	15	21	34	1.94
36096--36140	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
37480--38274	45	17.7	45	91	0	1248	20	21	12	44	1.85
40219--40254	3	11.7	3	88	5	54	63	0	0	36	0.94
41821--41847	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
41814--41861	12	3.8	12	78	13	51	37	4	2	56	1.30
42543--42658	57	2.0	57	88	0	169	49	10	15	25	1.76
42553--42671	57	2.1	57	85	3	159	52	10	12	24	1.71
44815--44884	36	2.0	36	94	2	124	35	0	11	52	1.37
44888--44957	23	3.2	23	75	20	78	41	14	0	44	1.45
44949--45019	3	24.0	3	97	2	135	33	0	0	66	0.92
45010--45060	17	2.9	18	80	16	70	41	11	0	47	1.40
47122--47212	44	2.1	44	100	0	182	48	13	13	25	1.78
52531--52575	22	2.0	22	91	0	72	28	17	24	28	1.97
56314--56382	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97
58038--58075	20	1.9	20	94	0	67	26	21	21	31	1.98
66424--66498	37	2.1	36	89	2	114	53	14	8	24	1.68
68944--68984	22	1.9	21	90	5	64	19	0	19	60	1.36
69689--69714	7	3.7	7	100	0	52	46	53	0	0	1.00
70020--70119	7	14.1	7	77	2	92	19	1	34	46	1.57
70027--70087	22	2.8	22	85	2	79	21	1	31	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70027--70108	43	1.9	43	84	0	110	20	1	30	47	1.58
70374--70404	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
71210--71244	12	3.0	12	87	8	54	57	0	0	42	0.99
75704--75747	3	15.0	3	86	13	65	68	0	0	31	0.90
75963--76736	112	6.9	112	91	1	1196	31	19	12	35	1.90
75963--76736	336	2.3	337	94	2	1328	31	19	12	35	1.90
77431--77660	114	2.0	114	90	1	363	30	21	13	33	1.92
79026--79116	1	91.0	1	68	0	56	1	14	0	84	0.68
79025--79116	6	15.8	6	79	15	97	1	15	0	83	0.70
79026--79119	29	3.3	28	81	14	113	1	14	0	84	0.69
79025--79113	35	2.6	34	87	8	126	1	15	0	83	0.71
79025--79116	20	4.5	20	76	16	91	1	15	0	83	0.70
86448--86479	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
90345--90383	18	2.2	18	86	9	53	46	0	5	48	1.24
91859--91911	3	18.0	3	88	11	83	67	0	0	32	0.91
100569--100791	118	1.9	117	81	6	272	44	8	8	37	1.66
102333--102406	3	23.7	3	81	8	76	62	0	0	37	0.96
102513--102617	47	2.3	45	91	3	165	38	20	20	20	1.94
102548--103504	76	12.6	76	94	0	1655	34	21	19	24	1.96
104329--104398	22	3.2	22	91	0	122	41	15	11	31	1.83
106585--106799	114	1.9	114	89	0	331	31	20	14	33	1.93
108955--109000	13	3.7	13	78	21	62	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108948--109001	12	4.6	12	82	11	67	0	18	0	81	0.69
108948--109000	24	2.2	24	93	6	90	0	16	0	83	0.66
108959--108998	20	1.9	22	90	10	66	0	17	0	82	0.67
114190--114227	14	2.6	15	83	4	51	73	0	2	23	0.95
114732--114954	118	1.9	117	80	4	261	45	8	7	38	1.63
116486--116551	3	21.7	3	84	9	89	63	0	0	36	0.95
116486--116551	20	3.4	20	84	12	93	63	0	0	36	0.95
117537--117746	65	3.2	64	79	12	232	26	19	23	30	1.98
118811--118875	21	3.1	21	91	4	96	35	12	41	10	1.78
120425--120500	22	3.5	22	76	5	82	25	23	25	26	2.00

Tables:   1   2