genome.fa.s6856.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006856.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017446_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1184065

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14--385	157	2.4	158	82	8	454	36	11	20	31	1.89
13--386	79	4.7	81	84	5	437	35	11	20	31	1.89
1886--2211	163	2.0	163	88	3	487	23	27	15	34	1.94
16721--16758	18	2.1	18	100	0	76	52	5	26	15	1.64
22067--22172	53	1.9	54	84	7	142	32	16	6	44	1.74
30433--30487	22	2.6	23	86	11	73	29	16	27	27	1.97
30413--30487	20	3.8	20	77	19	77	29	14	32	24	1.95
30356--30577	94	2.4	95	86	1	304	33	14	26	25	1.95
30978--31411	135	3.2	135	90	0	679	39	11	17	31	1.85
30978--31411	45	9.6	45	88	0	607	39	11	17	31	1.85
32827--32867	10	4.1	10	83	0	55	29	0	2	68	1.03
32910--32942	14	2.3	15	90	10	52	21	3	9	66	1.33
33286--33314	14	2.1	14	93	6	51	37	20	6	34	1.80
34952--35003	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
35808--36281	181	2.6	178	77	6	488	40	9	10	38	1.73
36703--36764	22	2.8	22	77	17	65	50	3	3	43	1.34
37697--37736	18	2.3	18	86	4	55	35	2	20	42	1.65
56258--56315	29	2.0	29	80	12	66	48	0	13	37	1.43
60268--60372	54	1.9	54	84	3	140	38	17	18	26	1.92
61227--61282	24	2.5	21	81	15	76	35	17	10	35	1.85
61228--61275	24	2.0	24	100	0	96	37	16	8	37	1.79
67427--67546	54	2.2	54	81	7	129	37	20	15	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71052--71082	13	2.3	14	94	5	55	83	0	6	9	0.79
90584--90666	24	3.5	24	90	3	114	39	19	18	22	1.92
93109--93151	17	2.5	17	88	0	59	25	25	34	13	1.93
95364--95470	24	4.5	24	88	2	144	33	21	19	25	1.97
112306--112340	17	2.1	17	88	0	52	45	0	31	22	1.53
112602--112636	18	1.9	18	88	11	54	2	17	0	80	0.84
113396--113448	19	2.6	20	88	8	72	39	5	13	41	1.68
117834--117922	40	2.2	40	91	0	142	12	16	8	61	1.55
117971--117996	11	2.4	11	100	0	52	15	38	7	38	1.76
126114--126290	90	2.0	89	90	1	282	45	6	10	37	1.64
134180--134212	17	1.9	17	93	0	57	45	3	15	36	1.61
138133--138171	20	2.0	20	89	0	60	17	7	23	51	1.71
138172--138279	45	2.4	44	95	4	198	37	5	24	32	1.78
143427--143483	22	2.7	21	78	10	62	71	5	15	7	1.25
145773--145987	69	3.1	70	84	5	208	37	18	21	21	1.94
161947--161985	21	1.9	20	89	5	60	69	0	20	10	1.17
166872--166910	16	2.4	16	91	0	60	20	38	7	33	1.81
180976--181012	19	1.9	19	88	0	56	24	13	0	62	1.31
181187--181222	13	2.8	13	86	0	54	80	0	13	5	0.88
186911--186949	20	2.0	20	94	0	69	30	23	23	23	1.99
188072--188116	23	2.0	23	95	0	81	57	15	13	13	1.65
203742--203817	18	4.1	18	78	11	73	39	0	1	59	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203742--203784	3	14.3	3	90	0	68	39	0	0	60	0.97
208001--208048	21	2.3	21	85	0	60	20	12	6	60	1.54
212692--213157	93	5.0	93	95	0	747	30	13	20	35	1.91
213060--213326	114	2.3	115	94	1	457	30	13	19	35	1.91
214504--214675	76	2.3	75	79	7	195	32	16	22	28	1.96
215551--215662	54	2.1	54	87	0	161	38	15	23	23	1.92
216016--216070	22	2.5	22	90	0	92	36	10	12	40	1.79
216747--217737	76	13.0	76	97	0	1797	21	21	21	34	1.97
217895--217975	3	26.3	3	85	5	99	38	0	1	60	1.05
221786--222005	94	2.3	95	86	5	320	34	16	25	24	1.95
222407--222977	47	12.1	47	88	1	813	43	13	21	22	1.87
222407--222977	95	6.1	94	88	1	813	43	13	21	22	1.87
222657--222695	20	2.0	20	89	0	60	41	15	28	15	1.87
227128--227306	64	2.8	63	80	8	200	30	17	22	29	1.97
227148--227334	64	2.9	64	77	7	168	29	17	21	31	1.96
228358--228401	18	2.4	19	81	11	56	34	15	47	2	1.58
237162--237220	20	2.9	20	82	2	64	23	33	22	20	1.97
239898--239972	20	3.7	20	70	8	71	18	41	20	20	1.91
245284--245462	64	2.8	63	82	8	209	30	18	22	28	1.97
246961--247006	24	1.9	24	90	0	74	43	17	13	26	1.85
247407--247464	30	2.0	30	86	3	82	44	15	6	32	1.73
255192--255233	18	2.4	18	92	4	68	54	7	4	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257681--257722	18	2.4	18	92	4	68	54	7	4	33	1.49
258178--258217	5	8.2	5	83	5	55	2	17	0	80	0.83
258207--258258	22	2.2	24	90	6	81	11	15	11	61	1.57
260342--260648	59	5.2	58	87	3	384	35	10	22	31	1.87
260369--260764	118	3.3	118	84	3	370	36	10	22	30	1.88
260354--260689	177	1.9	177	85	1	458	37	10	22	29	1.88
260354--260732	177	2.1	177	82	4	435	36	10	22	29	1.88
260697--260852	60	2.6	59	89	4	240	32	12	23	31	1.92
261150--261185	14	2.6	14	100	0	72	38	25	8	27	1.84
261414--261719	44	7.0	44	95	0	522	42	6	16	33	1.74
266758--266839	29	2.8	29	83	9	94	34	14	26	24	1.94
284545--284587	15	2.9	14	80	13	50	55	0	27	16	1.41
284727--284839	35	3.2	35	81	7	140	31	2	38	27	1.71
287993--288025	17	1.9	17	93	0	57	36	0	33	30	1.58
288316--288381	26	2.6	26	87	2	89	1	15	6	77	1.04
288315--288381	13	5.2	12	76	16	64	1	14	5	77	1.03
288315--288355	6	6.7	6	83	5	55	0	14	4	80	0.87
288756--288862	35	3.0	36	83	4	146	30	2	39	27	1.71
291828--291916	29	3.0	28	75	19	83	35	15	25	22	1.94
291840--291922	29	2.8	30	83	3	105	34	16	26	21	1.95
298241--298283	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
301565--301658	2	47.0	2	92	0	116	41	0	6	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315167--315233	25	2.7	25	97	0	125	29	5	16	47	1.70
320663--320687	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
322588--322650	25	2.5	25	94	0	108	36	6	14	42	1.71
329891--329929	20	2.1	19	86	13	55	33	30	10	25	1.89
338148--338196	24	2.0	24	84	7	64	42	14	2	40	1.57
338322--338354	14	2.3	15	94	5	59	30	9	30	30	1.88
338485--338510	13	2.0	13	100	0	52	53	23	23	0	1.46
338537--338609	28	2.5	29	80	4	85	36	15	20	27	1.92
342745--342807	25	2.4	25	76	5	63	57	9	0	33	1.31
342779--342829	21	2.3	24	80	16	65	52	3	0	43	1.19
342782--342829	22	2.2	22	85	7	62	56	4	0	39	1.19
342936--343004	33	2.1	33	100	0	138	34	11	20	33	1.89
343571--344283	112	6.3	112	87	3	966	30	13	12	43	1.82
343571--344283	223	3.2	222	86	5	943	30	13	12	43	1.82
343592--344283	335	2.0	338	87	2	998	29	13	12	43	1.82
344365--344610	73	3.4	74	88	3	363	34	13	14	37	1.84
344748--345044	135	2.2	135	88	0	452	34	12	11	42	1.78
344879--345394	158	3.3	158	89	1	772	32	12	11	42	1.80
345172--345221	23	2.2	23	85	0	64	32	14	12	42	1.82
345324--345375	23	2.3	23	82	0	68	36	19	5	38	1.76
349843--349896	16	3.4	15	82	7	54	35	9	1	53	1.44
349884--349946	2	34.0	2	76	20	57	41	3	1	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349782--349937	60	2.6	60	85	8	185	35	8	3	52	1.49
352268--352321	24	2.2	24	96	0	99	33	9	14	42	1.78
355832--356095	135	2.0	135	83	4	336	32	18	15	33	1.92
359934--360177	135	1.8	135	87	1	364	31	17	14	36	1.90
361766--362010	129	1.9	129	81	2	296	29	19	15	35	1.92
365856--366097	130	1.9	129	82	4	308	31	18	14	36	1.90
367185--367245	22	2.8	22	92	0	95	34	14	19	31	1.92
367229--367355	55	2.3	55	98	0	245	37	15	18	28	1.91
380769--381623	59	14.5	59	91	0	1307	31	11	18	38	1.86
380882--380974	31	3.1	31	65	14	77	34	10	13	40	1.80

Tables:   1   2   3   4