genome.fa.s6865.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006865.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017464_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  189683

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363--1389	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
1754--1835	43	1.9	43	84	0	110	31	31	14	21	1.94
1874--2077	110	1.9	110	85	0	282	34	21	19	25	1.96
1874--2112	110	2.2	108	82	4	277	33	22	17	26	1.96
2879--2940	2	32.0	2	83	6	65	41	1	0	56	1.09
2885--2940	13	4.5	13	84	4	71	41	0	0	58	0.98
2885--2943	19	3.1	19	83	7	75	40	0	0	59	0.97
4296--4362	27	2.5	28	85	4	77	22	8	2	65	1.34
4327--4367	21	1.9	22	90	5	66	26	2	4	65	1.25
5137--5163	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
5506--5564	29	2.0	30	83	3	75	28	6	15	49	1.70
8519--8580	2	31.0	2	96	0	115	0	48	0	51	1.00
9554--9661	53	2.0	53	94	0	189	28	15	5	50	1.67
10301--10342	22	2.0	21	86	9	59	33	7	0	59	1.25
13607--13666	31	1.9	32	89	3	95	60	6	10	23	1.52
13738--13787	18	2.8	17	79	8	55	72	4	14	10	1.26
23239--23294	2	28.5	2	81	16	64	53	1	1	42	1.21
23373--23480	21	5.1	21	69	16	55	60	2	4	32	1.32
23415--23478	2	32.5	2	78	20	64	53	1	3	42	1.26
23169--23537	191	2.0	180	89	6	560	59	3	6	30	1.39
25146--25590	105	4.3	105	89	7	716	22	19	25	32	1.97
25320--25475	43	3.4	43	71	13	141	20	19	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180--25585	199	2.0	198	95	0	740	23	18	26	32	1.97
25284--25432	43	3.1	51	67	15	136	23	18	27	30	1.97
25284--25584	94	3.1	93	89	7	433	22	18	26	32	1.97
37040--37090	2	25.5	2	81	15	61	52	1	1	43	1.23
37042--37110	8	8.4	8	76	17	52	59	1	1	37	1.15
37040--37106	12	5.1	12	80	16	62	58	1	1	38	1.17
37088--37112	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
37227--37277	2	25.5	2	84	15	70	50	1	1	45	1.24
36984--37349	187	2.0	178	90	6	574	60	3	5	30	1.36
37275--37317	4	10.8	4	92	0	59	79	0	2	18	0.85
38785--38829	15	3.0	15	93	0	81	51	0	0	48	1.00
38815--39374	54	10.8	54	83	11	660	34	0	13	51	1.44
38865--39004	22	5.7	22	70	19	82	35	0	12	52	1.39
38861--39374	156	3.3	150	85	7	696	34	0	14	51	1.44
39016--39155	22	5.7	22	69	19	91	32	0	15	52	1.43
39100--39173	22	3.2	22	67	14	67	28	0	18	52	1.46
39198--39364	22	7.0	22	75	16	145	34	0	14	51	1.42
39070--39311	76	3.2	76	84	9	327	33	0	14	51	1.46
39389--39447	31	1.9	31	89	0	91	42	8	8	40	1.66
39657--39714	30	1.9	30	85	0	80	24	15	20	39	1.91
52016--52056	17	2.4	17	95	0	73	26	19	19	34	1.96
55740--55787	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56263--56335	23	3.2	23	90	0	119	39	21	4	34	1.73
56752--56824	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
55861--58655	489	5.7	489	95	2	4928	39	10	7	41	1.68
57242--57314	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
57726--57798	23	3.2	23	90	0	110	39	21	5	32	1.77
58214--58286	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
58310--58370	22	2.8	22	92	0	95	39	9	6	44	1.64
61153--62271	183	6.1	183	92	2	1833	33	15	14	36	1.88
61153--62271	363	3.1	363	93	2	1888	33	15	14	36	1.88
63485--63590	12	8.8	12	88	0	122	21	33	7	37	1.82
63481--63573	6	15.5	6	85	0	96	23	33	6	36	1.81
65054--66230	200	5.9	200	94	1	2011	31	16	14	36	1.90
66337--66396	19	3.2	18	88	2	57	51	11	1	35	1.48
66349--66396	19	2.5	19	96	0	87	54	10	2	33	1.46
68193--68261	33	2.1	33	88	0	102	23	46	0	30	1.53
68292--68356	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
70583--70625	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
70588--70634	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
70555--71026	182	2.6	181	88	2	687	26	16	14	42	1.86
70555--71028	180	2.6	180	87	2	680	26	16	14	42	1.86
71805--71838	15	2.2	16	89	5	52	52	0	5	41	1.25
77968--78020	23	2.3	23	86	0	79	18	28	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81383--81499	52	2.2	52	96	0	216	27	19	21	31	1.97
81486--81534	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
81506--81715	65	3.2	64	76	8	192	27	17	23	31	1.97
83872--83913	15	2.7	16	86	13	61	2	21	0	76	0.90
83876--83912	19	1.9	19	94	0	65	2	24	0	72	0.97
85276--85435	65	2.5	65	85	5	200	26	19	23	30	1.98
85276--85485	65	3.2	64	79	13	193	26	19	23	30	1.98
86526--86569	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79
92006--92045	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
94236--94352	52	2.2	52	98	0	225	25	19	22	32	1.97
94339--94387	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
94359--94518	65	2.5	65	85	5	209	26	19	23	31	1.98
96565--96617	28	2.0	26	81	7	61	13	16	9	60	1.58
96722--96765	16	2.7	16	83	16	63	2	25	0	72	0.96
97324--97511	94	2.0	94	100	0	376	34	9	22	34	1.87
101506--101535	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
110890--110985	47	2.0	47	90	4	149	56	21	11	10	1.64
111279--111344	19	3.6	18	73	22	57	45	1	6	46	1.37
111366--111432	25	2.6	26	75	15	68	47	1	1	49	1.19
114368--114688	158	2.0	159	95	3	585	35	19	14	30	1.91
116599--116908	157	2.0	158	93	0	532	39	13	7	39	1.73
117392--117530	45	3.1	45	89	2	210	30	18	5	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119810--119835	7	3.7	7	100	0	52	0	42	0	57	0.98
121411--121915	253	2.0	253	99	0	1001	32	20	12	33	1.90
123387--123619	123	1.9	122	83	2	306	29	26	27	16	1.97
127113--127243	20	6.4	20	76	10	140	32	26	17	22	1.96
127112--127227	41	2.8	41	93	0	196	34	25	17	22	1.96
127133--127262	61	2.1	61	87	4	181	37	24	16	21	1.93
127153--127271	61	2.0	61	89	0	184	36	23	15	24	1.94
127413--127482	22	3.2	22	89	0	104	24	42	12	20	1.86
127860--127978	20	6.1	20	76	9	95	20	15	22	41	1.90
129899--129947	20	2.5	20	89	0	71	36	26	18	18	1.94
130063--130131	20	3.5	20	78	7	77	17	17	24	40	1.90
130118--130160	19	2.2	20	95	4	79	13	13	23	48	1.79
130646--130719	21	3.5	21	72	7	69	21	37	17	22	1.94
130638--130747	42	2.6	41	78	8	105	20	35	17	26	1.95
132146--132207	14	4.3	14	79	6	70	37	0	16	46	1.47
132148--132202	29	1.9	29	85	3	76	34	0	18	47	1.49
132306--132359	20	2.7	20	82	5	65	44	25	18	11	1.83
132402--132490	20	4.4	20	88	0	106	28	21	22	28	1.99
132353--132552	94	2.1	94	83	0	240	25	18	22	34	1.96
132496--132552	20	2.8	20	86	0	69	26	15	22	35	1.94
132442--132544	54	1.9	54	91	0	170	21	17	25	35	1.95
132723--132753	12	2.6	12	94	0	53	16	6	29	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134815--134847	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
135022--135075	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
135894--135962	20	3.5	20	83	0	57	27	17	27	27	1.98
135904--136046	20	7.0	21	76	10	127	25	16	25	32	1.96
135904--136046	41	3.5	41	87	2	200	25	16	25	32	1.96
135904--136045	61	2.3	61	79	7	171	26	16	25	31	1.97
136150--136195	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
136161--136197	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
146217--146410	30	6.5	29	73	14	128	20	11	8	59	1.58
146249--146381	59	2.2	60	79	12	150	20	10	9	60	1.56

Tables:   1   2