genome.fa.s6868.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006868.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017479_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  314544

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 213 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180138--180171	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
181154--181405	125	2.0	124	87	3	364	37	6	8	46	1.61
181441--181482	22	1.9	22	85	9	59	57	7	2	33	1.39
184435--184459	13	1.9	13	100	0	50	16	24	20	40	1.91
185734--185850	31	3.8	31	94	0	207	33	26	21	18	1.97
189063--189193	60	2.2	60	83	6	167	33	16	5	44	1.71
189080--189235	60	2.6	59	81	6	154	32	21	4	41	1.73
189758--189784	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
196773--196833	26	2.3	26	100	0	122	32	21	19	26	1.97
196773--196843	26	2.4	30	77	22	96	33	23	16	25	1.96
196940--197004	11	5.6	11	72	22	53	24	23	26	26	2.00
196939--197008	23	3.0	23	82	2	95	24	24	25	25	2.00
196989--197030	17	2.4	18	80	11	52	35	28	9	26	1.88
204363--204395	12	2.8	12	100	0	66	42	15	18	24	1.88
205096--205188	30	3.0	31	89	6	136	37	22	19	20	1.94
210601--210725	31	4.0	31	92	2	198	37	24	19	19	1.94
212827--212917	14	6.5	13	72	13	65	43	32	0	23	1.54
212823--212965	28	5.1	28	76	9	98	44	30	1	24	1.63
213675--213715	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
216177--216201	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
230386--230502	60	2.0	60	91	0	189	37	17	12	31	1.88
234972--235028	23	2.7	20	77	17	60	38	22	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235036--235188	20	7.7	20	78	7	177	32	24	20	21	1.98
235017--235188	58	2.9	60	81	6	208	34	25	19	19	1.96
235572--235642	33	2.2	33	92	0	115	11	23	15	49	1.77
235734--235797	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
235721--235797	41	1.9	40	94	2	136	44	16	25	12	1.84
235722--235796	21	3.7	21	82	5	100	45	17	25	12	1.82
235781--235836	14	3.7	14	76	17	58	42	19	25	12	1.86
235848--235945	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
235870--235959	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
235853--235967	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
237214--237349	19	7.6	19	76	16	139	9	18	25	47	1.78
237237--237293	14	3.7	14	72	20	51	8	19	24	47	1.77
237218--237312	33	2.9	33	95	0	172	9	20	23	47	1.79
239267--239302	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
239408--239522	19	6.4	19	85	12	163	45	17	22	14	1.85
239426--239540	51	2.2	52	93	4	198	43	19	24	13	1.86
239547--239700	33	4.5	34	75	18	149	14	22	17	45	1.84
239569--239785	19	12.4	19	77	19	240	13	21	18	46	1.83
239547--239757	105	2.0	104	98	0	404	14	22	17	45	1.84
239588--239785	33	5.8	33	76	14	197	13	21	18	46	1.83
239547--239757	52	4.0	52	97	1	404	14	22	17	45	1.84
241303--241547	122	2.0	123	99	0	483	34	26	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242749--242958	20	10.5	20	84	2	206	19	18	24	37	1.94
242925--243022	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
242925--243022	41	2.4	41	77	6	110	21	18	23	36	1.95
245428--245470	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
246857--246919	29	2.2	29	97	0	117	36	9	4	49	1.57
250448--250521	31	2.4	31	77	4	78	20	21	20	37	1.94
250659--250713	24	2.3	24	81	6	58	45	3	3	47	1.38
258130--258191	24	2.6	25	78	14	78	35	14	3	46	1.61
258129--258196	23	3.0	23	75	12	68	39	13	2	44	1.59
258337--258411	32	2.3	32	81	0	87	32	10	24	33	1.89
258996--259116	43	2.8	43	93	0	206	33	28	15	23	1.95
258995--259138	43	3.3	43	89	0	198	31	29	15	22	1.95
259373--259464	43	2.1	43	87	0	139	32	32	16	18	1.93
259656--259745	32	2.8	30	77	12	90	32	24	17	25	1.97
259634--259869	121	1.9	122	86	2	339	32	23	17	26	1.97
259871--260439	84	6.8	84	92	0	913	30	26	19	23	1.98
260383--260496	57	2.0	57	96	0	210	32	25	20	21	1.98
260299--260580	141	2.0	141	95	2	514	31	26	19	21	1.98
260440--260854	83	5.0	83	88	3	517	31	24	19	24	1.98
260215--260661	225	2.0	224	95	2	799	31	26	19	21	1.98
260440--260854	168	2.5	167	86	2	555	31	24	19	24	1.98
267082--267195	24	4.8	24	84	5	151	27	13	20	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267093--267155	12	5.2	12	72	14	58	26	12	22	38	1.90
269686--269770	28	3.1	28	84	6	120	48	3	3	44	1.37
269729--269869	39	3.6	39	84	0	201	49	2	4	43	1.33
269742--269886	78	1.9	77	92	4	247	49	2	4	44	1.33
269846--269892	25	1.9	24	82	4	58	44	0	4	51	1.21
271168--271212	21	2.3	19	88	7	63	20	2	0	77	0.87
274495--274566	20	3.5	20	74	20	69	51	1	5	41	1.34
277107--277132	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
277336--277448	53	2.1	53	95	0	199	29	21	20	29	1.98
277832--277888	21	2.7	21	86	0	87	28	24	26	21	1.99
278084--278138	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
278124--278222	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
278217--278256	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
280549--280594	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
280548--280587	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
280746--281591	53	16.0	53	89	0	1282	20	25	18	34	1.96
281190--281274	28	3.1	28	62	27	65	24	24	17	32	1.97
281592--281673	37	2.2	37	82	8	96	18	18	18	45	1.86
282836--282888	21	2.5	21	96	0	97	3	11	0	84	0.73
282836--282891	10	5.4	10	89	8	85	3	10	0	85	0.71
282837--282905	18	4.1	17	76	14	72	5	11	0	82	0.83
282835--282891	19	2.9	19	81	5	69	3	12	0	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294243--294292	2	26.0	2	92	8	86	50	0	0	50	1.00
297995--298045	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
300316--300354	21	1.9	21	84	5	53	35	5	5	53	1.45
308658--308705	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
311035--311094	27	2.2	27	79	5	68	61	1	5	31	1.27

Tables:   1   2

The End!