genome.fa.s6894.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006894.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017596_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  213556

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4101--4152	23	2.2	23	82	3	59	36	7	13	42	1.73
4415--4495	40	2.2	36	79	16	87	55	4	7	32	1.49
6438--6468	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
6709--6781	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
7355--7515	64	2.5	65	85	6	195	28	20	18	32	1.96
13622--13687	17	3.7	17	82	11	87	31	33	16	18	1.93
13617--13690	37	2.0	36	94	2	130	29	29	17	22	1.97
17293--17359	23	2.9	23	78	14	75	22	2	10	64	1.39
18988--19055	35	1.9	35	100	0	136	27	8	27	35	1.87
20686--20720	16	2.2	16	100	0	70	40	22	8	28	1.84
25530--25606	3	25.7	3	89	0	109	64	5	0	29	1.15
25704--25803	29	3.2	29	67	20	83	24	18	5	53	1.64
25674--25805	66	2.0	66	98	0	255	25	19	3	51	1.63
26458--26536	39	2.0	39	100	0	158	41	10	22	25	1.85
30716--30776	22	2.8	22	80	9	63	39	22	0	37	1.55
30728--30776	22	2.2	23	85	10	66	42	22	0	34	1.54
30997--31055	31	1.9	31	89	0	91	38	16	16	27	1.91
31000--31066	31	2.2	31	83	0	80	37	19	11	31	1.88
31731--31787	30	1.9	30	88	0	87	35	8	10	45	1.70
34262--34482	105	2.1	105	87	1	318	19	27	19	34	1.96
35517--35659	73	2.0	73	90	2	225	45	6	3	44	1.48
35607--35682	38	2.0	40	86	5	111	55	2	1	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36830--36898	21	3.4	21	73	15	56	40	1	1	56	1.17
37511--37546	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
37902--37941	18	2.2	18	86	8	55	12	30	12	45	1.79
38077--38110	18	1.9	17	88	5	50	11	26	8	52	1.67
38228--38591	195	1.9	194	83	4	482	22	23	17	35	1.95
38185--40521	489	4.8	489	89	2	3509	22	23	18	35	1.96
40681--40714	18	1.9	17	88	5	50	11	26	8	52	1.67
40850--41945	339	3.2	336	81	5	1233	25	23	14	35	1.94
41674--42220	294	1.9	294	85	3	760	22	25	15	36	1.94
42130--42766	321	2.0	321	84	1	839	23	24	16	35	1.95
43112--45042	276	7.1	275	88	3	2737	20	25	16	37	1.93
45467--45658	39	4.9	40	82	4	187	24	31	16	27	1.96
45467--45668	78	2.6	78	78	6	212	25	31	16	26	1.96
49879--49915	14	2.6	14	95	4	65	8	21	8	62	1.49
52490--52542	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
52587--52615	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
52621--52800	35	5.1	36	72	14	140	48	3	4	43	1.41
52602--52891	70	4.2	69	79	12	254	44	4	5	45	1.46
52601--52933	36	9.5	36	72	14	207	44	4	5	45	1.46
54262--54299	20	1.9	20	84	10	51	28	2	0	68	1.03
54384--54418	3	12.3	3	88	11	56	31	0	0	68	0.90
54378--54412	17	2.1	18	84	15	56	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54381--54420	11	3.6	11	87	9	55	30	0	0	70	0.88
54381--54418	14	2.7	14	91	0	67	31	0	0	68	0.90
54384--54418	17	2.1	17	94	0	61	31	0	0	68	0.90
55264--55363	30	3.3	30	66	19	82	39	3	24	34	1.70
55264--55493	61	3.8	60	82	6	270	41	4	20	32	1.73
56307--56331	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
60746--60770	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
66699--67289	275	2.2	274	86	4	807	33	17	12	36	1.88
67249--67351	46	2.2	46	79	5	109	31	19	14	34	1.92
76684--76720	14	2.6	14	95	0	65	18	8	40	32	1.80
78180--78217	20	2.0	19	90	10	60	50	10	21	18	1.76
78726--78839	20	5.7	20	80	7	97	32	24	16	26	1.96
78727--78839	40	2.8	40	75	16	117	31	24	16	26	1.96
79006--79049	22	2.0	22	90	0	70	20	47	15	15	1.82
79314--79356	20	2.2	20	91	0	68	9	18	20	51	1.74
81287--81380	19	5.5	19	65	31	68	45	21	21	11	1.83
81287--81375	33	2.7	33	96	0	160	47	21	20	11	1.81
81387--81466	33	2.4	33	93	0	133	11	18	22	47	1.80
81408--81466	19	3.4	19	70	29	67	13	20	20	45	1.84
81451--81505	20	2.8	20	94	2	94	16	29	23	30	1.96
83550--83614	19	3.7	19	82	15	86	47	18	20	13	1.82
83640--83708	20	3.5	20	91	0	120	15	21	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83621--83727	40	3.0	33	76	19	106	14	24	22	38	1.92
84079--84151	20	3.7	20	94	0	128	31	20	27	20	1.97
84070--84151	40	2.0	40	90	0	128	29	19	28	23	1.98
84248--84294	22	2.1	22	96	0	85	29	31	8	29	1.87
87402--87443	20	2.2	19	91	4	66	35	19	21	23	1.96
87409--87559	19	8.6	19	65	22	80	43	19	23	13	1.86
87429--87556	33	3.8	33	85	2	175	45	18	22	13	1.84
87429--87560	67	2.0	66	90	1	210	44	18	22	13	1.85
87556--87631	19	4.3	19	79	16	83	11	18	23	46	1.82
87596--87639	19	2.3	19	88	0	61	15	20	18	45	1.85
87738--87776	14	2.8	13	88	11	60	46	17	0	35	1.49
91438--91521	19	4.6	19	80	15	106	47	19	21	11	1.81
91530--91585	14	3.6	14	74	21	58	12	21	23	42	1.86
91522--91606	33	2.5	33	94	1	143	12	22	22	42	1.87
91544--91612	20	3.8	19	70	20	67	13	21	21	43	1.86
92155--92248	20	4.7	20	82	2	125	20	20	19	40	1.92
92155--92248	41	2.3	40	87	1	125	20	20	19	40	1.92
92132--92292	20	7.9	21	74	10	120	26	19	19	34	1.96
92278--92334	20	2.7	22	73	13	66	19	17	22	40	1.91
92198--92392	82	2.4	82	78	9	193	27	18	21	32	1.97
96322--96451	48	2.7	49	96	2	244	59	19	7	13	1.58
97226--97271	23	2.0	23	83	12	58	30	0	2	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97636--97693	29	2.0	29	89	0	89	13	36	27	22	1.92
97744--97776	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
97768--97838	33	2.2	33	84	5	90	28	23	38	9	1.87
97846--97901	29	1.9	29	92	0	94	19	28	37	14	1.91
99352--99396	23	2.0	23	90	0	72	64	13	6	15	1.47
99359--99404	23	2.0	23	83	8	58	63	19	6	10	1.48
99871--99906	16	2.2	16	95	0	63	30	27	16	25	1.97
100015--100095	35	2.3	35	89	0	117	34	12	22	30	1.91
107789--107842	27	2.0	27	96	0	99	33	16	7	42	1.76
111700--111725	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
119630--119672	18	2.4	18	96	0	77	25	23	11	39	1.88
121462--121491	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
125719--125795	31	2.5	31	86	0	109	29	12	12	44	1.81
126144--126171	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
126527--126792	135	2.0	135	94	0	469	30	17	18	33	1.95
127059--127138	39	2.1	38	81	9	92	51	3	0	45	1.19
128769--128808	21	2.0	20	85	14	55	50	0	7	42	1.30
129986--130024	20	2.0	20	89	0	60	28	15	35	20	1.93
134198--134250	24	2.2	25	89	3	81	49	16	3	30	1.64
135932--135970	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
141416--141500	38	2.2	38	89	0	125	32	24	16	25	1.96
142182--142230	20	2.5	20	96	0	89	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142198--142376	20	8.8	21	79	9	135	32	20	18	27	1.96
142138--142379	41	6.0	41	70	14	137	34	20	19	26	1.96
142122--142379	61	4.2	61	72	8	193	33	20	18	27	1.96
142122--142379	122	2.1	122	82	7	301	33	20	18	27	1.96
142895--142964	20	3.5	20	88	3	106	42	24	20	12	1.86
142892--142978	20	4.4	20	85	4	97	47	24	17	11	1.80
142974--143086	19	6.1	18	75	19	99	13	23	20	43	1.86
145234--145300	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
145187--145300	42	2.7	41	81	5	104	22	35	19	21	1.96
146784--146843	19	3.4	19	69	21	58	45	20	20	15	1.86

Tables:   1   2