genome.fa.s6902.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006902.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017627_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  195944

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 135 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3370--3531	65	2.5	64	88	2	245	29	16	23	30	1.96
3542--3580	20	2.0	20	94	0	69	17	15	35	30	1.91
3373--3579	65	3.2	65	82	11	223	27	16	24	31	1.96
6769--6811	18	2.3	19	76	15	54	30	18	13	37	1.90
9159--9203	16	2.8	16	83	9	56	44	0	4	51	1.21
14250--14303	24	2.2	24	96	0	99	61	20	0	18	1.35
18798--18845	3	16.3	3	87	12	73	29	0	0	70	0.87
19513--19572	25	2.6	23	77	15	61	20	3	1	75	1.04
19517--19575	30	2.0	30	90	6	93	20	5	1	72	1.12
19614--19664	17	3.2	15	78	13	57	37	0	1	60	1.08
23635--24367	124	5.9	124	90	0	1110	32	24	16	26	1.96
24152--24553	66	6.3	66	67	15	256	34	23	16	25	1.96
24279--24396	34	3.5	34	68	15	93	35	23	17	22	1.95
24028--24647	313	2.0	314	88	0	938	33	24	16	25	1.96
24313--24428	32	3.6	32	68	11	92	33	24	18	24	1.97
24341--24646	124	2.5	124	89	0	459	34	24	16	24	1.95
25585--25622	3	12.7	3	89	10	60	28	0	0	71	0.87
25577--25623	12	3.8	13	89	10	73	27	0	0	72	0.85
26287--26348	14	4.3	15	79	18	69	20	3	0	75	0.94
26297--26393	28	3.7	26	73	17	78	21	4	0	74	0.99
26267--26355	35	2.5	36	75	12	85	21	3	1	74	1.03
26307--26362	16	3.7	15	76	23	55	23	5	0	71	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26366--26395	9	3.4	9	90	9	53	10	0	0	90	0.47
26267--26394	14	9.3	14	66	16	61	21	3	0	75	1.00
26399--26449	25	2.1	25	92	3	86	31	3	3	60	1.33
27692--27716	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28029--28065	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
28543--28577	14	2.8	12	84	16	52	57	5	5	31	1.46
28654--28727	36	2.1	34	85	11	98	44	1	10	43	1.47
28653--28729	34	2.3	31	78	22	77	45	1	10	42	1.46
28725--28763	20	1.9	21	89	5	62	41	5	2	51	1.38
28755--28789	18	1.9	18	94	0	61	22	5	0	71	1.07
29496--29538	18	2.4	18	96	0	77	23	4	0	72	1.04
29600--29658	13	4.3	13	75	16	50	16	0	1	81	0.78
29609--29659	17	2.9	17	91	2	75	15	0	1	82	0.76
29600--29659	25	2.4	26	86	10	81	16	0	1	81	0.77
29726--29784	28	2.1	27	84	9	75	27	1	1	69	1.07
29747--29805	31	1.9	31	85	0	82	27	1	3	67	1.16
29726--29784	13	4.3	13	74	21	50	27	1	1	69	1.07
32573--32605	16	2.1	16	100	0	66	27	24	18	30	1.98
33969--34071	53	1.9	53	96	0	188	48	8	30	12	1.71
41090--41139	25	2.0	25	84	0	64	46	0	6	48	1.27
42884--42936	3	17.0	3	80	7	61	58	0	1	39	1.09
43091--43431	45	7.6	45	94	0	585	32	19	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44092--44147	22	2.5	23	88	5	87	41	14	10	33	1.80
48169--48198	15	2.0	15	93	0	51	23	26	13	36	1.92
49602--49635	8	4.2	8	88	0	50	67	5	11	14	1.39
49602--49635	16	2.1	16	94	0	59	67	5	11	14	1.39
49821--49906	43	2.0	43	90	0	136	34	24	10	30	1.89
51302--51336	18	2.1	18	89	10	56	77	5	0	17	0.96
54618--55019	139	2.9	140	81	6	498	23	20	18	36	1.95
55459--56316	90	9.5	90	89	1	1265	35	21	17	25	1.95
55459--56316	179	4.8	178	89	2	1225	35	21	17	25	1.95
55459--56316	269	3.2	267	88	2	1272	35	21	17	25	1.95
63591--63621	14	2.3	14	94	5	55	67	3	6	22	1.28
68406--68470	23	2.8	24	74	9	71	26	23	7	43	1.80
70349--70402	25	2.2	25	90	6	83	7	29	9	53	1.60
76175--76236	26	2.3	26	86	5	79	33	30	0	35	1.58
76818--76872	23	2.4	23	93	6	94	20	36	7	36	1.80
77661--77699	15	2.7	14	84	7	51	87	2	2	7	0.73
78936--78984	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
79702--79744	22	2.0	22	86	9	61	18	16	34	30	1.93
80423--80464	21	2.0	21	95	0	75	38	7	4	50	1.51
89372--89413	19	2.2	20	91	4	68	52	7	19	21	1.69
94412--94451	18	2.2	19	90	4	64	40	17	10	32	1.83
97154--97192	20	2.0	20	84	0	51	38	15	20	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99620--99689	19	3.4	21	79	9	65	32	12	24	30	1.93
100669--100721	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
102449--102850	45	8.9	45	85	1	493	28	22	11	38	1.89
102974--103075	49	2.1	49	90	0	159	28	24	12	34	1.92
103023--103222	67	3.0	67	92	0	337	28	26	15	30	1.95
103224--103403	57	3.1	56	78	7	182	34	7	16	41	1.77
103640--103720	41	2.0	41	90	0	126	40	12	20	25	1.88
103590--103787	108	1.8	108	93	0	342	34	15	22	28	1.94
103698--103939	67	3.6	67	88	0	322	32	14	23	29	1.94
104064--104553	45	10.9	45	89	1	678	35	11	23	29	1.90
107352--107500	57	2.6	58	87	4	203	44	14	2	38	1.59
107352--107500	28	5.2	29	87	4	194	44	14	2	38	1.59
107492--107586	30	3.3	27	84	5	118	41	15	4	38	1.67
108134--108185	20	2.7	20	85	8	63	26	5	7	59	1.48
111612--111739	28	4.6	28	90	0	195	42	13	2	41	1.56
111595--111831	84	2.8	82	78	5	206	44	13	3	37	1.63
111721--111824	28	3.7	28	83	3	138	38	15	5	40	1.71
112373--112425	20	2.7	20	85	11	65	26	5	7	60	1.46
113631--113685	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
120512--120574	27	2.5	24	80	16	74	34	17	15	31	1.92
120995--121030	3	11.7	3	88	5	54	61	0	0	38	0.96
124573--124626	24	2.2	24	96	0	99	61	20	0	18	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125365--125433	24	2.9	24	88	0	102	34	14	18	31	1.91
126467--126510	21	2.1	21	83	8	54	34	18	0	47	1.49
126743--126834	23	4.0	23	84	0	121	30	26	26	17	1.97
136060--136106	3	15.3	3	87	12	69	29	0	0	70	0.88
136067--136107	13	3.2	13	93	6	66	29	0	0	70	0.87
136060--136106	19	2.5	19	96	3	87	29	0	0	70	0.88
136776--136835	25	2.6	23	77	15	61	20	3	1	75	1.04
136783--136838	30	2.0	28	86	10	78	19	5	1	73	1.12
136878--136925	11	4.0	11	80	17	51	37	0	0	62	0.95
139600--139800	95	2.1	95	93	2	341	34	15	17	31	1.92
141409--141624	66	3.4	66	67	17	193	33	24	17	24	1.96
141015--142074	124	8.6	124	91	0	1636	33	24	16	26	1.96
141015--142074	495	2.1	496	90	0	1647	33	24	16	26	1.96
143016--143068	3	17.3	3	85	14	65	28	1	0	69	0.99
143737--143796	25	2.6	23	77	15	61	20	3	1	75	1.04
143741--143799	30	2.0	30	90	6	93	20	5	1	72	1.12
143862--143888	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
144488--144532	23	2.0	21	87	8	63	51	0	0	48	1.00
144488--144530	21	2.0	21	86	4	59	51	0	0	48	1.00
146427--146602	84	2.1	83	84	9	227	30	2	11	54	1.51
147080--147122	18	2.4	18	96	0	77	23	4	0	72	1.04
147209--147315	33	3.1	31	68	31	83	22	5	0	71	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147162--147261	17	6.1	15	68	21	51	21	5	0	74	1.01
147194--147327	73	1.9	71	85	6	189	23	5	0	70	1.13
147194--147359	67	2.4	69	82	12	191	24	5	1	68	1.18
147457--147483	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
154293--154339	23	2.0	23	100	0	94	48	4	42	4	1.42
157466--157549	44	1.9	44	85	0	114	45	16	20	17	1.86
160607--160657	26	2.0	26	92	3	86	39	21	13	25	1.90
160634--160706	37	2.0	37	97	0	137	30	23	15	31	1.95
162345--162412	32	2.1	32	94	0	118	26	11	17	44	1.83
162463--162506	6	7.3	6	84	0	61	61	0	34	4	1.16

Tables:   1   2