genome.fa.s6907.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006907.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017647_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  557747

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243--2290	26	1.9	24	84	16	62	16	6	8	68	1.35
4855--4884	15	1.9	16	93	6	53	26	10	13	50	1.73
6575--6624	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
11116--11182	34	1.9	35	85	8	93	47	19	10	22	1.79
11348--11402	23	2.4	23	78	0	65	30	21	10	36	1.88
13679--15132	727	2.0	727	97	0	2721	34	12	18	35	1.88
15464--15517	24	2.2	24	96	0	99	31	16	20	31	1.95
16300--16392	47	2.0	47	97	0	177	36	10	16	36	1.83
16752--16878	32	4.0	31	82	4	128	25	18	24	30	1.98
16771--16880	32	3.5	31	82	3	130	26	18	24	30	1.98
16839--16905	30	2.2	31	83	2	82	19	19	26	34	1.96
21059--21117	30	1.9	31	86	3	84	23	20	20	35	1.96
25253--25305	21	2.5	21	75	6	63	20	24	18	35	1.95
25295--25346	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
25333--25444	41	2.8	39	87	6	136	31	26	17	24	1.97
25335--25449	20	5.7	20	84	6	133	31	26	18	24	1.97
25335--25452	40	2.9	39	86	7	157	32	25	17	24	1.97
25928--25986	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
26123--26177	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
27870--27936	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
27925--27981	14	3.7	14	72	20	51	49	24	15	10	1.76
27909--27986	33	2.4	33	97	0	147	44	23	19	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909--27967	19	3.4	19	73	22	74	47	20	18	13	1.82
28000--28056	14	3.7	14	72	20	51	12	15	21	50	1.76
27993--28072	33	2.4	33	93	0	133	13	18	20	47	1.82
28012--28072	19	3.5	19	72	21	69	16	19	18	45	1.85
28069--28131	20	3.2	20	97	0	117	17	30	23	28	1.97
28069--28151	40	2.1	40	84	4	105	19	25	25	30	1.98
28499--28559	21	2.9	21	78	7	79	22	40	13	22	1.89
28496--28586	41	2.2	42	86	2	130	23	39	15	21	1.91
29997--30035	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
30175--30220	14	2.8	17	75	25	53	45	19	21	13	1.84
30233--30274	20	2.1	20	100	0	84	16	19	23	40	1.91
30880--30956	21	3.7	21	100	0	154	14	15	24	45	1.83
30820--30976	20	7.7	20	87	4	122	21	17	25	35	1.95
30965--31016	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
31007--31058	21	2.5	22	78	6	63	34	21	26	17	1.95
32875--34075	598	2.0	598	99	0	2384	28	18	17	35	1.94
35591--35631	21	1.9	22	95	5	75	21	17	19	41	1.90
37164--37202	14	3.0	13	82	10	53	58	2	0	38	1.12
38611--38710	3	32.7	3	81	7	112	60	0	2	38	1.09
38960--39841	113	7.8	113	95	1	1482	29	20	12	37	1.89
40248--40302	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
41838--41911	35	2.1	34	80	9	78	32	21	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43001--43152	47	3.0	51	85	9	231	34	21	17	26	1.95
48216--48268	14	3.7	15	80	14	58	50	5	15	28	1.66
50487--50525	14	3.0	13	82	10	53	58	2	0	38	1.12
51510--51539	13	2.3	13	94	0	51	0	10	6	83	0.81
51937--52033	3	31.7	3	82	8	115	60	0	2	37	1.08
52207--52300	31	3.0	31	76	14	95	39	23	17	20	1.92
55980--56022	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
58422--58469	21	2.3	21	96	0	87	22	12	33	31	1.91
68107--68152	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
68339--68393	27	2.1	26	83	12	69	76	1	3	18	1.02
68651--68689	15	2.7	15	84	4	53	69	2	5	23	1.21
69045--69148	37	2.8	37	86	0	136	31	12	13	42	1.81
69692--70804	105	10.6	105	91	1	1698	22	17	26	33	1.96
71304--71342	17	2.2	18	86	9	53	2	10	5	82	0.93
81744--81782	2	20.0	2	89	5	62	53	0	0	46	1.00
82085--82116	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
82293--82331	15	2.7	15	84	4	53	69	2	5	23	1.21
82688--82791	37	2.8	37	86	0	136	31	12	13	42	1.81
84086--84141	27	2.1	27	96	0	103	26	25	33	14	1.94
88965--88993	14	2.0	15	93	6	51	20	10	6	62	1.50
91642--91683	21	2.0	22	95	4	77	45	4	0	50	1.23
91648--91693	21	2.2	21	84	7	58	45	6	0	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92023--92076	24	2.2	25	80	9	67	53	0	0	46	1.00
92165--92200	17	2.1	18	89	5	56	66	13	0	19	1.24
94936--94983	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
95361--95414	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
95376--95431	23	2.4	23	90	0	85	37	19	7	35	1.79
95788--95841	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
95803--95865	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
95096--95964	428	2.0	430	99	0	1708	38	13	8	39	1.74
96014--96045	14	2.3	14	94	0	55	37	18	21	21	1.94
97116--98347	184	6.7	184	98	1	2260	33	15	15	35	1.89
100286--101708	200	7.1	200	97	0	2615	32	15	14	37	1.88
101795--101851	19	3.1	19	92	5	98	52	10	3	33	1.53
101795--101847	18	2.9	18	94	2	88	52	11	3	32	1.55
103643--103708	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
105831--105883	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
106028--106074	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
106191--106240	20	2.5	20	81	12	75	22	16	10	52	1.73
106305--106752	228	2.0	227	94	1	790	39	7	8	45	1.61
107300--107347	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
110244--110290	3	15.7	3	90	0	76	70	2	0	27	0.99
111416--111446	16	2.0	15	93	6	53	12	25	41	19	1.87
111601--111660	4	15.0	4	77	6	59	68	0	6	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111601--111660	16	3.8	16	84	6	77	68	0	6	25	1.14
111621--111667	12	3.9	12	80	5	51	65	0	2	31	1.04
111680--111844	71	2.2	75	87	7	232	52	9	0	38	1.35
111680--112007	36	9.1	36	77	11	266	48	7	2	41	1.44
111892--112061	72	2.4	72	79	8	179	47	7	3	42	1.48
112705--113406	84	8.4	84	81	5	789	24	20	24	30	1.99
112682--113406	249	2.9	249	96	0	1315	24	20	24	30	1.99
116748--116787	19	2.0	20	95	4	73	77	2	10	10	1.08
118518--118561	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
119687--119717	16	2.0	15	93	6	53	12	25	41	19	1.87
119872--119939	4	17.0	4	83	6	84	70	0	5	23	1.09
119953--120285	35	9.3	35	79	9	280	48	7	2	41	1.44
119952--120166	111	1.9	111	88	0	324	50	8	0	40	1.36
120006--120339	35	9.5	35	78	8	177	47	7	2	42	1.45
121299--121379	26	3.2	24	71	11	63	41	28	0	29	1.56
131517--131585	27	2.5	26	76	15	68	44	0	2	52	1.16
131618--131661	19	2.3	19	80	0	52	56	4	2	36	1.32
133549--133578	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
136595--136693	3	32.7	3	85	2	135	34	4	0	61	1.15
149468--149544	12	6.5	11	79	11	82	81	0	15	2	0.79
149463--149545	19	4.5	18	76	21	75	80	0	16	2	0.81
149468--149539	11	6.2	12	80	12	71	81	0	15	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149468--149544	24	3.3	22	81	18	93	81	0	15	2	0.79
149479--149528	26	1.9	26	88	8	75	82	0	14	4	0.82
149469--149546	36	2.2	36	84	9	97	80	0	16	2	0.82
150671--151096	82	5.2	82	93	0	699	30	13	20	35	1.92
150673--151096	165	2.6	165	93	1	726	30	13	20	35	1.92
151719--152484	113	6.8	113	93	2	1186	37	13	20	28	1.91
152737--152830	3	31.7	3	84	2	127	35	4	0	60	1.16
155333--155388	27	2.1	27	100	0	112	33	23	10	32	1.89
166165--166201	18	2.1	19	85	10	51	56	2	2	37	1.28
168064--168105	21	2.1	21	86	8	61	26	0	16	57	1.40

Tables:   1   2   3