genome.fa.s6907.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006907.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017647_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  557747

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168058--168105	20	2.3	21	82	7	62	25	0	16	58	1.38
168267--168317	23	2.2	23	83	16	61	21	1	7	68	1.25
170037--170135	45	2.4	39	74	18	99	33	13	17	36	1.88
170051--170154	45	2.3	45	89	1	154	27	11	20	40	1.87
176600--176761	7	22.4	7	70	15	82	76	0	16	6	1.03
176598--176767	8	21.1	8	70	15	66	75	0	16	7	1.04
176622--176727	13	8.5	12	67	21	58	76	0	14	8	1.06
176644--176767	63	1.9	66	84	11	168	75	0	16	7	1.01
176617--176761	36	4.0	34	71	22	68	76	0	15	6	1.03
176764--176849	45	1.9	45	85	4	120	39	18	27	13	1.89
178102--178460	55	6.5	54	84	4	350	25	15	27	31	1.96
178096--178438	165	2.1	165	79	9	387	25	15	26	32	1.96
180150--180191	21	2.1	21	86	8	61	26	0	16	57	1.40
180144--180191	20	2.3	21	82	7	62	25	0	16	58	1.38
180354--180404	22	2.3	22	80	19	61	23	1	7	66	1.28
181822--182804	492	2.0	491	98	0	1885	39	11	15	33	1.83
183840--183972	21	6.3	21	91	0	203	17	22	35	24	1.95
197770--197808	18	2.2	18	100	0	78	38	28	23	10	1.87
207522--207669	60	2.5	60	81	0	152	45	2	18	33	1.64
208499--208573	35	2.2	35	90	2	116	40	21	1	37	1.62
208970--209217	130	1.9	130	94	0	433	35	15	13	35	1.86
209144--209190	23	2.1	21	84	7	58	31	14	19	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208984--209248	130	2.0	129	82	4	318	39	13	13	33	1.84
209545--209607	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
209687--209720	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
211868--211900	17	2.0	17	88	5	50	36	3	3	57	1.29
213032--213106	34	2.2	35	87	2	107	40	21	1	37	1.62
213503--213750	130	1.9	130	99	0	487	35	15	13	35	1.87
213517--213781	130	2.0	129	86	4	372	38	13	13	33	1.85
214077--214139	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
214219--214252	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
214974--215071	21	4.8	20	75	10	81	38	21	18	21	1.93
215038--215231	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
215038--215231	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
215610--215680	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
215760--215835	20	3.8	20	83	1	98	44	18	23	13	1.85
215759--215835	40	1.9	41	94	2	138	44	18	24	12	1.85
215772--215877	19	5.7	19	74	14	78	46	21	21	10	1.81
215873--216000	19	7.1	19	71	19	78	10	25	19	44	1.83
215895--215951	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
215878--216000	33	3.5	33	85	10	156	10	24	19	45	1.82
215936--216000	21	3.1	21	84	4	96	10	26	16	46	1.80
215935--215998	20	3.2	20	84	4	92	12	25	17	45	1.83
217694--218160	93	5.1	93	98	1	904	22	12	19	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217694--218160	184	2.5	186	98	1	904	22	12	19	45	1.84
218208--218336	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
218244--218336	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
218208--218336	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
218332--218450	19	6.8	19	75	18	123	10	20	22	47	1.80
218354--218410	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
218337--218429	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
218401--218457	19	2.9	19	87	7	80	10	17	24	47	1.79
220388--220423	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
220530--220645	19	6.6	19	80	17	144	44	18	23	13	1.85
220530--220645	53	2.2	53	96	1	216	44	18	23	13	1.85
220652--220804	33	4.5	33	73	13	157	14	22	17	45	1.84
220674--220889	19	12.4	19	75	20	231	14	21	18	46	1.84
220693--220903	33	6.2	33	75	15	216	13	21	18	45	1.84
220693--220911	85	2.6	86	82	8	277	14	21	18	46	1.84
220652--220889	104	2.3	104	92	2	372	14	21	18	45	1.84
220652--220862	52	4.0	52	98	0	404	14	22	17	45	1.84
223163--223187	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
223362--223408	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
224089--224298	20	10.5	20	84	5	228	20	18	25	36	1.95
224270--224361	21	4.5	20	77	9	80	20	15	21	42	1.89
224285--224383	21	4.8	20	76	6	90	22	17	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224285--224383	42	2.4	41	80	8	121	22	17	22	38	1.93
225623--225692	32	2.2	33	85	10	92	35	1	1	61	1.14
225631--225673	20	2.2	19	84	12	52	37	0	0	62	0.95
225643--225681	21	1.9	20	84	5	51	38	0	2	58	1.12
225635--225685	20	2.4	21	74	12	50	37	0	1	60	1.08
226195--226223	15	1.9	15	100	0	58	13	27	34	24	1.93
228388--228420	16	2.1	16	94	0	57	57	21	12	9	1.62
228490--228559	16	4.4	16	92	0	122	57	24	11	7	1.59
229300--229361	10	5.4	10	73	26	52	56	22	11	9	1.63
229307--229362	14	4.3	13	76	21	55	55	23	12	8	1.65
229287--229361	24	3.1	24	90	3	107	57	20	10	12	1.64
230193--230276	37	2.2	38	89	6	127	39	2	11	46	1.54
236549--236610	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
237693--237739	23	2.0	23	100	0	94	42	0	25	31	1.55
252123--252178	23	2.4	23	87	0	76	16	51	19	12	1.75
257721--257827	43	2.5	43	89	3	153	22	46	17	13	1.82
259367--259434	24	2.8	24	80	4	66	25	11	16	47	1.80
259396--259441	24	1.9	24	90	0	74	28	10	17	43	1.82
259542--259615	30	2.4	30	82	8	96	13	20	29	36	1.91
260083--260134	26	2.0	26	81	11	61	30	13	13	42	1.83
262300--262356	27	2.1	28	90	3	89	40	19	14	26	1.89
263177--263240	24	2.7	24	82	4	76	23	9	15	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263200--263260	24	2.5	24	86	0	77	24	13	14	47	1.80
263419--263484	32	2.1	31	86	8	89	13	27	28	30	1.94
265306--265337	15	2.1	15	94	0	55	28	15	12	43	1.83
268903--268956	18	2.9	18	71	17	56	55	1	7	35	1.39
270733--270802	30	2.3	30	85	4	88	40	4	8	47	1.54
273350--273501	76	2.0	76	98	0	295	21	9	21	48	1.78
276716--276827	35	3.2	35	87	0	152	41	22	0	35	1.60
278163--278274	35	3.2	35	88	0	161	34	0	23	41	1.61
279454--279512	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
285761--285787	14	1.9	14	100	0	54	14	14	14	55	1.70
287111--287153	18	2.4	19	76	11	54	44	6	27	20	1.77
287147--287213	27	2.5	27	85	4	91	43	22	10	23	1.84
288246--288323	39	2.0	39	87	9	115	19	21	21	37	1.95
288565--288610	14	3.0	16	75	18	53	34	6	6	52	1.53
291661--291776	39	2.9	39	85	3	153	42	25	5	26	1.76
291681--291776	39	2.5	39	89	1	158	41	26	6	26	1.79
296703--296792	32	2.8	32	78	6	85	24	30	23	22	1.99
301320--301367	21	2.4	20	80	10	53	35	0	2	62	1.07
301312--301364	20	2.5	21	75	12	54	37	0	1	60	1.08
305102--305131	15	2.0	15	93	0	51	40	10	26	23	1.86
309089--309120	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
309089--309119	13	2.4	13	100	0	62	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310872--310912	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
312121--312211	45	2.0	46	93	2	157	26	19	26	27	1.99
314898--314998	44	2.3	43	75	11	98	25	21	25	26	2.00
320128--320169	21	2.0	22	90	4	68	30	23	28	16	1.96
323500--323625	65	1.9	65	82	3	155	31	15	20	32	1.93
327144--327226	3	26.7	3	73	9	60	40	0	2	56	1.12
327153--327215	6	10.2	6	86	6	72	41	0	1	57	1.08
330958--330990	14	2.4	14	90	10	50	36	0	3	60	1.12
333554--333780	78	2.9	78	88	6	327	43	5	9	41	1.60
338211--338253	22	2.0	22	81	9	52	27	11	11	48	1.74

Tables:   1   2   3