genome.fa.s6927.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006927.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017771_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  330415

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909--965	20	2.8	20	86	0	78	38	12	17	31	1.87
2056--2141	32	2.7	32	80	7	77	41	12	17	27	1.86
2095--2176	32	2.6	32	84	0	92	36	14	19	29	1.92
9107--9268	83	2.0	83	88	4	247	46	8	4	40	1.53
9379--9576	99	2.0	98	91	2	317	42	7	7	43	1.59
12441--12512	32	2.2	33	90	5	119	33	20	6	38	1.80
13274--13306	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
16495--16533	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
16709--16760	23	2.3	24	74	12	65	15	21	42	21	1.89
24793--24833	18	2.3	18	100	0	82	29	34	21	14	1.93
30047--30079	16	2.1	16	100	0	66	18	42	18	21	1.89
31082--31116	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
34179--34298	50	2.4	50	85	0	168	32	14	11	41	1.81
34872--34986	34	3.4	34	74	14	101	48	4	2	44	1.36
34894--35007	35	3.3	33	69	22	83	50	4	3	41	1.39
34894--35035	69	2.1	68	79	9	146	51	7	2	38	1.44
35348--35386	14	2.8	13	81	11	51	51	5	2	41	1.38
35503--35556	28	1.9	28	85	7	74	44	1	0	53	1.11
35481--35542	22	2.8	21	78	9	61	46	3	0	50	1.17
35659--35703	23	2.0	23	86	0	63	46	0	2	51	1.13
35660--35710	23	2.2	23	82	0	57	49	0	1	49	1.12
35651--35732	34	2.4	35	76	13	91	42	0	3	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35825--35935	31	3.6	31	79	7	93	52	0	1	45	1.17
35865--35935	32	2.2	33	85	7	92	53	0	2	43	1.15
48594--48635	20	2.1	20	95	0	75	35	16	19	28	1.93
55978--56003	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60294--60354	2	30.0	2	83	9	79	49	3	1	45	1.28
63917--63958	3	13.3	3	85	9	57	35	0	0	64	0.94
77165--77625	55	8.6	55	79	8	387	32	14	23	30	1.94
77342--77602	51	5.0	51	74	11	201	31	13	25	29	1.94
77294--77625	158	2.1	159	82	7	397	31	14	24	30	1.94
77824--77870	3	15.3	3	78	12	51	34	0	2	63	1.06
79560--79610	21	2.4	22	96	3	95	54	11	7	25	1.63
88084--88415	166	2.0	166	96	0	610	27	24	16	31	1.96
92209--92682	180	2.6	180	88	2	682	42	13	16	27	1.86
92603--92649	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
94872--94915	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
94949--95014	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
96799--96847	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
96966--98137	199	5.9	199	94	0	2006	37	14	17	30	1.90
99599--99728	6	21.7	6	79	0	89	37	8	32	21	1.84
99599--99716	36	3.3	36	92	0	191	38	9	32	20	1.84
99616--99729	6	19.0	6	80	0	93	36	7	32	22	1.83
99599--99728	12	10.8	12	85	0	143	37	8	32	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100925--100958	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
101320--101392	23	3.2	23	86	0	92	35	4	20	39	1.72
101641--101685	21	2.1	22	83	4	56	62	11	4	22	1.46
101741--101813	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
102172--102244	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
101112--102578	431	3.4	422	94	3	2557	41	7	12	39	1.70
102493--102537	20	2.2	21	84	4	56	62	11	4	22	1.46
105205--105269	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
105555--105627	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
105984--106056	23	3.2	23	84	0	92	32	4	23	39	1.74
106415--106487	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
105269--106652	429	3.2	430	97	0	2607	39	7	12	40	1.71
107469--107811	57	6.0	57	90	0	506	35	29	19	15	1.93
109153--109197	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
110662--110976	149	2.1	149	95	1	569	27	16	20	34	1.95
110944--110988	23	2.0	23	86	0	63	24	26	24	24	2.00
115977--116023	25	1.9	25	82	4	60	61	4	10	23	1.46
118199--118239	19	2.2	18	86	8	55	34	14	0	51	1.43
126687--126719	16	2.1	16	100	0	66	39	12	6	42	1.67
127932--127963	16	2.0	16	93	0	55	40	0	18	40	1.51
147140--147170	15	2.1	15	93	0	53	25	25	6	41	1.79
149393--149573	42	4.3	42	87	0	263	26	23	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149392--149573	84	2.2	84	97	0	346	26	23	25	24	2.00
149884--149985	42	2.5	41	80	3	123	25	23	25	25	2.00
149472--150695	411	3.0	410	94	2	2143	29	21	17	31	1.96
149472--150695	205	6.0	205	93	3	2071	29	21	17	31	1.96
150089--150190	42	2.5	41	79	3	114	25	22	26	25	2.00
150298--150377	42	1.9	42	84	0	106	27	22	25	25	2.00
155536--155590	20	2.7	21	82	2	76	16	23	18	41	1.89
155535--155693	21	7.6	21	84	8	182	17	21	20	40	1.92
160412--160438	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
161284--161314	15	2.1	15	93	0	53	25	25	6	41	1.79
163424--163496	31	2.4	31	100	0	146	17	12	19	50	1.77
173019--173048	15	1.9	15	93	6	51	70	0	10	20	1.16
173418--173459	17	2.4	18	80	11	52	30	2	11	54	1.49
174543--174605	24	2.5	25	82	10	67	55	1	4	38	1.31
175635--175750	42	2.8	42	86	5	155	16	15	15	52	1.75
176108--176152	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
176467--176512	15	3.1	15	75	6	58	28	19	8	43	1.80
176466--176509	14	3.0	15	73	6	54	27	20	6	45	1.76
176646--176680	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
182918--183035	30	4.0	29	73	6	94	55	11	11	21	1.66
182973--183075	30	3.5	28	78	12	82	61	11	8	18	1.55
183011--183075	29	2.2	28	79	12	69	63	12	9	15	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183214--183568	139	2.5	140	80	11	373	21	21	21	34	1.97
183927--183952	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
184805--184844	19	2.1	19	95	0	71	15	25	32	27	1.95
184850--184905	17	3.4	16	81	13	62	17	44	23	14	1.85
191350--191428	9	8.3	9	68	10	50	17	26	26	29	1.98
191378--191426	18	2.6	19	87	3	73	20	22	28	28	1.98
191349--191431	19	4.3	19	81	7	78	19	26	26	27	1.99
191424--191476	16	3.2	17	84	5	65	20	45	20	13	1.84
192268--192526	89	2.9	89	67	16	199	24	18	22	34	1.96
193156--193387	40	5.6	40	71	18	154	25	19	33	21	1.97
193147--193398	84	3.0	84	92	1	391	24	19	33	22	1.97
193147--193357	40	5.0	43	71	13	163	25	19	33	21	1.97
193742--193848	43	2.6	41	78	11	130	20	16	32	29	1.95
193926--194052	43	3.0	43	86	4	150	20	19	30	29	1.97
193608--194171	205	2.8	201	84	6	710	22	18	27	31	1.97
194256--194408	62	2.5	63	86	7	206	28	13	22	35	1.92
194639--194698	31	1.9	31	86	6	86	31	28	10	30	1.89
194852--194910	24	2.6	23	78	10	68	47	5	15	32	1.67
194852--194910	22	2.6	22	76	12	66	47	5	15	32	1.67
199056--199176	30	4.1	30	76	11	124	55	11	10	22	1.66
199343--199645	146	2.1	145	80	3	331	23	25	19	31	1.98
200241--200291	16	3.2	16	91	0	75	19	31	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200249--200299	16	3.2	16	91	0	75	17	27	13	41	1.87
200546--200592	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
200545--200594	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
201996--202038	21	2.0	22	82	13	54	65	4	13	16	1.43
202377--202409	16	2.1	16	94	0	57	54	24	15	6	1.63
202479--202543	16	4.1	16	79	0	76	56	21	10	10	1.63
202481--202542	32	1.9	32	86	0	88	56	20	11	11	1.65
202893--202944	24	2.2	24	89	0	77	53	23	13	9	1.68
204528--204756	102	2.3	99	87	3	325	51	17	8	21	1.72
204928--205030	33	3.1	33	94	1	170	60	14	10	14	1.60

Tables:   1   2