genome.fa.s6927.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006927.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017771_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  330415

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205054--205083	13	2.3	13	94	0	51	50	6	30	13	1.67
206195--206245	14	3.6	14	97	0	93	58	9	13	17	1.61
206194--206250	14	4.1	14	93	0	87	56	12	15	15	1.68
206854--206950	20	4.7	19	75	18	88	42	6	6	45	1.54
206895--206939	17	2.6	18	82	13	58	42	6	4	46	1.50
206982--207026	24	1.9	23	86	4	63	37	6	8	46	1.61
207036--207142	28	3.9	28	75	6	94	23	0	28	46	1.58
207041--207116	7	10.9	7	71	5	55	22	0	32	44	1.53
207261--207370	42	2.6	42	92	0	184	40	12	7	39	1.71
207688--207723	15	2.4	15	90	0	54	44	2	5	47	1.41
207640--207799	77	2.1	77	86	0	221	43	5	3	48	1.42
207584--207742	17	9.6	17	68	21	81	44	5	3	46	1.42
207696--207752	17	3.4	16	75	17	53	45	1	3	49	1.29
207584--207746	2	84.0	2	67	23	73	44	5	3	46	1.42
207636--207813	77	2.3	78	82	4	216	43	5	3	48	1.41
207830--208064	18	12.2	18	70	21	122	43	3	5	46	1.45
207787--208065	98	2.9	98	96	0	506	44	4	4	46	1.45
207688--208089	13	29.5	13	67	20	112	43	4	4	48	1.43
208027--208094	25	2.6	25	81	9	73	41	0	2	55	1.15
208030--208081	19	2.9	18	83	13	63	42	0	3	53	1.19
214358--214396	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
225004--225030	13	2.1	13	100	0	54	77	0	7	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225220--225266	11	4.5	10	81	5	58	76	2	0	21	0.89
225221--225267	21	2.2	21	85	7	60	74	2	0	23	0.93
227039--227108	32	2.2	31	85	5	95	34	10	17	38	1.83
227051--227127	32	2.4	32	86	6	102	36	12	14	36	1.84
227213--227278	21	3.4	21	70	25	72	40	12	21	25	1.88
227197--227655	36	13.1	36	75	10	378	42	11	18	26	1.85
227197--227655	73	6.5	73	74	12	377	42	11	18	26	1.85
227233--227628	138	2.9	137	86	0	549	43	10	18	27	1.83
227314--227557	65	3.6	65	72	11	211	44	11	18	26	1.83
227531--227626	17	5.3	19	68	24	73	44	5	20	29	1.73
227403--227593	102	1.9	102	81	2	231	44	8	17	29	1.79
227524--227673	72	2.1	71	88	5	221	43	9	18	28	1.81
228952--229133	95	1.9	95	89	2	285	30	19	19	31	1.96
233390--233480	36	2.4	36	78	14	85	68	2	0	29	1.02
233414--233459	13	3.6	13	94	2	76	73	0	0	26	0.83
233423--233483	26	2.3	25	81	13	61	70	1	0	27	0.97
233412--233483	4	17.8	4	74	18	60	70	1	0	27	0.95
241518--241563	14	3.2	14	78	6	56	30	6	23	39	1.80
241545--241614	22	3.1	22	69	16	63	34	10	22	32	1.88
241739--241817	23	3.4	23	78	0	86	21	21	24	32	1.98
241935--242017	6	13.8	6	96	0	112	49	7	16	26	1.72
242493--242525	11	2.8	12	86	9	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242599--242645	20	2.2	22	81	11	62	53	0	0	46	1.00
242469--242717	110	2.2	113	92	6	407	40	8	7	43	1.63
242815--242886	21	3.4	21	66	21	51	68	2	2	26	1.17
244237--244298	3	20.3	3	93	6	99	64	0	0	35	0.94
244536--244594	17	3.4	17	70	25	59	15	23	11	49	1.77
244536--244602	36	1.9	34	85	8	91	19	20	14	44	1.86
245147--245210	3	20.3	3	96	3	101	64	0	0	35	0.94
245451--245509	17	3.4	17	70	25	59	15	23	11	49	1.77
245451--245517	36	1.9	34	85	8	91	19	20	14	44	1.86
245410--245734	113	2.8	115	80	12	318	24	19	16	39	1.91
245548--246105	113	4.9	113	85	6	716	28	19	15	37	1.92
245548--246110	225	2.5	227	89	3	814	28	19	15	37	1.91
246796--247249	114	4.0	114	94	0	755	31	19	16	32	1.93
247543--247591	16	2.8	17	78	12	55	48	6	8	36	1.58
247945--248081	19	7.2	19	72	21	110	0	16	0	82	0.71
247945--248068	27	4.6	27	80	6	133	0	16	0	83	0.66
247945--248070	38	3.2	38	82	11	157	0	17	0	82	0.67
247944--248097	53	2.9	53	77	13	158	1	18	0	79	0.82
247958--248068	1	111.0	1	67	0	60	0	16	0	83	0.64
247946--248095	36	4.3	35	75	16	125	2	17	0	80	0.80
247944--248093	26	5.9	24	79	16	119	2	17	0	80	0.80
247947--248082	56	2.4	58	77	15	97	0	17	0	81	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255410--255446	15	2.5	15	90	0	56	43	5	21	29	1.75
259317--259349	11	2.8	12	86	9	50	54	0	0	45	0.99
259292--259542	111	2.2	113	90	5	391	39	8	6	45	1.61
259292--259577	111	2.5	111	83	6	308	42	7	5	43	1.57
261067--261126	3	20.0	3	86	6	59	56	0	0	43	0.99
261056--261126	21	3.1	24	82	13	96	52	0	0	47	1.00
262484--262550	31	2.2	31	89	2	100	52	0	0	47	1.00
262501--262538	17	2.2	17	86	9	51	52	0	0	47	1.00
265372--265416	20	2.2	20	88	0	63	53	15	17	13	1.73
265445--265513	23	3.0	23	80	0	84	28	24	27	18	1.98
272342--272401	23	2.6	23	84	5	77	31	23	25	20	1.98
277188--277262	38	1.9	39	89	7	118	58	2	5	33	1.34
284138--284379	118	2.0	119	90	3	378	33	19	14	32	1.92
286628--287291	284	2.3	287	82	7	796	33	14	5	46	1.68
288573--288614	17	2.3	19	84	12	61	76	4	0	19	0.96
288573--288621	9	5.3	9	80	9	55	73	6	0	20	1.04
288574--288621	18	2.7	18	90	6	71	72	6	0	20	1.05
290683--290727	17	2.6	17	83	16	58	51	8	4	35	1.54
292542--292586	17	2.6	17	83	16	58	51	8	4	35	1.54
296866--296896	16	1.9	16	100	0	62	64	3	6	25	1.33
297748--297800	27	2.0	28	85	7	74	20	1	41	35	1.64
300080--300120	17	2.4	17	81	18	50	53	9	2	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304403--304431	15	1.9	15	100	0	58	62	3	6	27	1.37
305283--305335	27	2.0	28	85	7	74	20	1	41	35	1.64
307611--307651	17	2.4	17	81	18	50	53	9	2	34	1.47
309708--309733	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
311177--311208	8	4.0	8	100	0	64	12	50	0	37	1.41
315444--315622	64	2.8	64	80	9	161	23	20	24	31	1.98
322204--322243	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
325033--325079	17	2.7	17	81	18	53	55	8	2	34	1.42

Tables:   1   2

The End!