genome.fa.s6974.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006974.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  366595

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1218--1267	3	16.3	3	80	12	57	58	0	0	42	0.98
1208--1259	13	3.6	14	77	22	54	53	0	0	46	1.00
1220--1267	16	3.0	16	81	6	62	58	0	0	41	0.98
4338--4394	26	2.2	24	79	14	60	78	0	19	1	0.83
6771--7753	489	2.0	490	96	0	1797	39	14	18	27	1.90
7948--8001	20	2.7	20	88	0	81	27	27	18	25	1.98
7829--8115	139	2.1	137	89	1	439	31	17	18	32	1.94
8077--8115	20	2.0	20	89	0	60	28	23	20	28	1.99
8187--8241	20	2.8	20	82	0	65	29	21	20	29	1.98
7948--8577	119	5.3	119	92	1	1019	33	16	18	31	1.93
8306--8360	20	2.8	20	85	0	74	29	23	20	27	1.99
8445--8677	100	2.3	99	89	2	342	33	16	18	30	1.93
8659--8771	20	5.7	20	80	2	138	28	24	15	30	1.96
8644--8771	40	3.2	40	88	2	186	28	24	15	31	1.96
8920--9014	3	32.7	3	87	6	142	35	2	0	62	1.07
11774--11855	23	3.5	23	90	3	110	24	29	19	26	1.98
15107--15142	19	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
17829--17857	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
18475--18511	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
19998--20022	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23131--23207	29	2.6	29	91	2	118	44	14	9	32	1.76
23154--23215	29	2.1	29	87	0	88	51	16	8	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23267--23347	29	2.8	29	85	12	112	48	11	6	34	1.64
23402--23469	28	2.4	28	87	5	91	48	13	5	32	1.66
23414--23470	28	2.0	29	93	3	98	47	14	5	33	1.66
23550--23613	29	2.2	29	85	0	83	46	14	4	34	1.65
23106--23747	267	2.4	271	82	6	766	43	12	9	34	1.76
23102--23760	137	4.8	137	79	6	696	43	12	9	34	1.75
23693--23750	29	2.0	29	93	0	98	50	12	6	31	1.66
25719--25746	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29445--29493	23	2.1	23	88	0	71	4	14	42	38	1.64
41056--41147	23	4.0	23	84	1	112	58	18	10	11	1.62
48237--48262	6	4.3	6	100	0	52	15	69	0	15	1.20
59603--59673	35	2.0	35	91	0	115	29	23	7	39	1.81
61901--61976	32	2.4	30	79	12	89	59	10	14	15	1.61
65039--65067	12	2.4	12	100	0	58	51	17	17	13	1.76
65122--65150	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
65172--65509	37	9.1	35	84	7	363	42	0	7	49	1.36
65175--65501	111	2.9	109	87	5	437	43	0	7	48	1.36
65506--65587	4	21.8	4	81	16	63	23	1	1	74	0.96
65524--65582	3	20.7	3	79	19	56	23	1	0	74	0.91
65513--65587	24	3.2	23	80	19	93	24	1	0	74	0.89
65507--65592	32	2.6	32	82	10	95	22	2	1	74	1.00
65505--65569	25	2.6	25	75	18	64	21	0	1	76	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66802--66847	3	15.3	3	82	8	58	26	0	0	73	0.83
66804--66847	13	3.4	13	87	9	63	25	0	0	75	0.81
66790--66847	24	2.3	23	80	13	62	25	3	0	70	1.03
66802--66866	6	10.8	6	78	6	60	21	3	1	73	1.05
69538--69578	14	2.9	14	100	0	82	51	21	4	21	1.67
72202--73122	84	11.2	83	76	4	817	30	23	19	26	1.98
72202--73122	248	3.7	247	89	1	1299	30	23	19	26	1.98
72202--73145	332	2.9	328	79	5	893	30	23	19	25	1.98
73782--74069	113	2.5	113	86	3	375	44	1	6	48	1.36
73711--74069	38	9.7	37	80	6	349	43	1	6	47	1.40
74071--74160	6	12.1	8	76	23	51	25	2	1	71	1.05
74088--74170	3	26.7	3	80	18	75	26	3	0	69	1.04
76229--76279	21	2.4	21	96	0	93	33	23	25	17	1.96
76382--76452	17	3.9	17	71	20	63	39	9	14	36	1.79
76420--76453	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
76438--76499	27	2.4	26	89	7	92	37	16	17	29	1.92
95388--95416	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
96489--96550	31	2.0	31	100	0	124	35	3	9	51	1.51
97150--97181	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
102740--102784	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
103578--103683	3	35.7	3	90	1	160	64	0	0	34	1.00
103838--104475	119	5.4	117	94	2	1052	29	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105112--106046	52	18.0	52	97	1	1725	37	23	15	23	1.93
107188--107272	6	14.5	6	72	18	72	1	17	0	81	0.76
107188--107255	13	5.2	13	76	5	66	1	14	0	83	0.71
107188--107272	17	5.1	16	83	12	93	1	17	0	81	0.76
107187--107275	25	3.3	27	79	19	105	1	19	0	79	0.79
107188--107267	14	5.6	14	80	14	65	1	17	0	81	0.76
117842--117878	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
117869--117919	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
118619--118663	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
119549--119586	21	1.9	21	89	10	62	0	23	10	65	1.23
119764--119805	21	2.0	21	86	9	59	64	7	28	0	1.20
119765--119814	21	2.3	22	79	6	57	68	8	24	0	1.16
120731--120775	20	2.2	21	88	4	65	37	2	2	57	1.23
122368--122413	20	2.3	20	85	7	58	43	26	13	17	1.85
122938--122998	28	2.2	28	90	0	95	55	26	8	9	1.60
122938--122998	14	4.4	14	85	0	77	55	26	8	9	1.60
122952--123009	14	4.1	14	84	2	53	56	22	10	10	1.62
124978--125019	4	10.5	4	84	0	57	26	0	4	69	1.08
125165--125243	21	3.8	21	76	15	74	26	36	16	20	1.93
125163--125243	42	1.9	42	80	9	94	25	37	16	20	1.93
126608--126782	66	2.6	65	86	9	239	28	2	16	53	1.57
128232--128268	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129111--129151	18	2.3	18	95	0	73	19	2	21	56	1.54
136484--136523	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
140429--140547	24	5.0	24	85	10	136	40	17	16	25	1.90
140432--140565	48	2.8	47	79	6	144	41	17	15	25	1.88
145077--145130	24	2.2	24	90	0	81	44	18	14	22	1.86
145095--145144	24	2.1	24	81	7	57	40	20	16	24	1.91
145256--145289	12	2.8	12	95	0	59	17	0	26	55	1.42
145842--145879	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
146070--146160	40	2.3	40	86	7	123	19	17	23	39	1.92
146052--146160	20	5.4	20	73	12	82	21	16	22	39	1.92
147096--147146	18	2.9	17	75	13	50	56	3	9	29	1.49
155425--155470	22	2.1	22	95	0	83	47	13	6	32	1.68
155654--155698	20	2.2	20	92	0	72	26	24	11	37	1.89
156806--156861	19	2.9	19	97	0	103	32	30	16	21	1.95
156887--156930	20	2.2	20	100	0	88	22	31	20	25	1.98
157528--157564	17	2.2	16	95	4	65	18	2	5	72	1.15
158788--158827	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
159582--159630	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
159598--159653	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
161191--161273	20	4.1	20	75	9	87	25	15	27	31	1.96
162385--162492	24	4.6	24	75	7	78	30	21	21	26	1.98
162433--162496	24	2.7	24	82	2	85	31	26	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162429--162504	23	3.3	23	77	3	89	31	23	22	22	1.98
164046--164093	17	3.0	15	77	14	51	56	27	4	12	1.54
166093--166130	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
169934--169976	20	2.2	20	83	8	52	37	4	2	55	1.33
172359--172478	64	1.9	64	81	10	147	35	15	4	45	1.66
173110--173154	23	2.0	23	100	0	90	33	17	4	44	1.69
173112--173161	23	2.2	23	92	0	82	32	22	4	42	1.72
183693--183847	72	2.2	72	84	3	204	35	16	10	38	1.82
185808--185832	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
185833--185876	20	2.2	20	88	8	63	34	11	25	29	1.91

Tables:   1   2