genome.fa.s6981.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  188633

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5969--6018	25	2.0	25	92	0	82	14	10	36	40	1.79
6051--6089	3	13.3	3	84	15	55	66	2	0	30	1.05
6277--6634	130	2.8	129	78	4	382	23	16	32	27	1.96
6634--6873	66	3.6	65	86	2	302	38	12	21	27	1.90
6767--7045	36	8.3	36	68	21	185	39	13	20	26	1.90
6774--6957	102	1.8	101	89	3	289	40	13	20	26	1.89
6708--7038	167	2.0	164	83	7	418	38	13	20	26	1.90
6767--6992	101	2.2	102	82	5	244	39	14	20	25	1.90
6876--7024	65	2.3	65	85	5	196	40	14	21	24	1.90
6876--7059	64	2.8	65	80	11	225	40	14	21	23	1.89
7196--7268	35	2.1	35	86	0	101	46	10	13	28	1.77
8503--8544	13	3.3	13	78	15	52	0	11	7	80	0.88
8489--8559	22	3.1	23	76	11	74	1	16	7	74	1.10
8503--8545	12	3.3	13	90	9	70	0	11	6	81	0.87
11686--11733	25	1.9	25	95	0	87	12	0	41	45	1.42
11762--11804	3	14.3	3	80	9	52	62	2	2	32	1.20
15071--15132	27	2.3	27	91	0	97	19	20	24	35	1.96
15071--15140	27	2.6	27	86	4	79	20	20	24	35	1.96
17869--18001	30	4.4	29	77	2	95	60	6	12	20	1.53
20141--20364	65	3.5	63	74	10	184	41	12	16	29	1.85
20686--20808	36	3.4	36	83	4	149	34	14	20	30	1.92
26309--26394	30	2.9	30	85	0	109	60	5	13	19	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26274--26388	60	1.9	59	82	1	140	62	6	13	18	1.50
28382--28430	25	2.0	25	84	4	64	34	2	12	51	1.51
34301--34330	14	2.1	14	100	0	60	30	13	23	33	1.93
34808--34867	10	6.0	10	88	5	86	80	0	11	8	0.92
34808--34867	19	3.0	20	90	7	95	80	0	11	8	0.92
34790--34885	19	4.6	21	79	15	85	78	0	13	8	0.97
34808--34885	29	2.6	29	86	8	95	79	0	12	7	0.93
35516--35572	28	2.0	28	82	0	69	43	33	1	21	1.63
37203--37261	26	2.3	26	96	0	109	25	15	30	28	1.96
42474--42508	6	6.0	6	86	6	54	14	0	2	82	0.77
42474--42507	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
42772--42838	3	22.3	3	85	11	93	37	0	0	62	0.95
44549--44594	22	2.1	22	91	0	74	28	15	6	50	1.69
51383--51506	16	7.4	17	77	13	91	80	0	7	12	0.89
51466--51537	1	72.0	1	74	0	63	87	1	5	5	0.72
51384--51536	9	18.9	8	79	11	111	81	0	8	9	0.92
51381--51537	17	9.6	17	76	12	107	80	0	8	10	0.93
51400--51526	8	15.9	8	79	12	79	81	0	9	9	0.89
51443--51537	11	8.5	11	77	11	70	84	1	7	7	0.83
51381--51516	9	14.1	9	79	15	112	80	0	8	11	0.91
51381--51543	18	8.9	18	81	11	129	80	0	7	11	0.94
52823--53102	55	5.1	55	91	1	465	28	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52823--53105	108	2.6	110	92	2	489	28	14	28	28	1.96
53098--53546	52	8.6	52	93	0	754	28	16	25	29	1.97
53804--53881	3	25.7	3	89	7	104	38	0	0	61	0.96
57529--57563	6	6.0	6	86	6	54	14	0	2	82	0.77
57529--57562	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
57828--57893	3	22.3	3	84	9	91	36	0	1	62	1.05
59602--59647	22	2.1	22	91	0	74	28	15	6	50	1.69
64648--64680	13	2.5	13	100	0	66	36	9	21	33	1.85
64761--64795	6	6.0	6	86	6	54	14	0	2	82	0.77
64761--64794	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
65796--65928	6	22.2	6	100	0	266	50	16	16	16	1.79
67009--67078	31	2.3	31	87	0	95	34	22	8	34	1.85
69064--69161	31	3.2	31	82	5	117	31	9	30	28	1.88
71377--71465	31	2.9	30	88	1	124	33	8	28	29	1.87
88398--88604	95	2.3	90	80	10	244	33	25	19	22	1.97
88432--88606	95	1.8	95	90	2	280	34	24	20	21	1.96
90501--90539	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
92251--92281	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
92310--92383	21	3.5	20	75	8	67	32	32	22	12	1.91
95506--95572	21	3.2	21	95	0	125	28	8	19	43	1.81
96453--96511	30	2.0	30	93	0	100	44	8	5	42	1.57
96622--96652	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99349--99385	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
112473--112509	9	4.2	9	80	19	51	81	0	10	8	0.89
112465--112519	16	3.4	17	80	16	71	76	0	14	9	1.02
112461--112536	17	4.6	17	76	22	65	76	0	13	10	1.02
112483--112542	24	2.5	24	84	12	72	76	0	15	8	1.00
113414--113764	136	2.6	136	93	0	594	34	18	22	24	1.96
113681--113856	92	1.9	92	89	2	273	40	15	20	23	1.91
114233--114257	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
118131--118162	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
120037--120094	30	1.9	30	96	0	107	46	10	3	39	1.55
123005--123047	20	2.2	20	100	0	86	18	20	0	60	1.36
124274--124307	16	2.1	16	94	0	59	5	38	14	41	1.70
128284--128349	24	2.7	24	83	6	71	77	3	7	12	1.09
128283--128377	28	3.5	26	77	16	70	72	5	8	13	1.25
129760--129843	34	2.5	35	90	3	136	33	8	16	41	1.78
129760--129854	34	2.7	34	82	10	122	33	8	16	41	1.79
129861--129929	36	1.9	36	94	5	122	43	14	20	21	1.87
129871--129952	36	2.3	35	85	4	103	46	18	15	19	1.84
130028--130111	37	2.3	36	83	2	105	40	15	20	23	1.90
130004--130278	102	2.7	100	81	6	313	39	13	19	28	1.89
130054--130424	167	2.2	167	85	2	487	38	13	18	30	1.88
130181--130329	65	2.3	65	87	2	210	38	12	19	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130012--130522	269	1.9	261	91	3	826	39	12	18	29	1.88
130220--130424	102	2.0	103	92	2	342	37	13	17	31	1.88
130294--130366	37	2.0	37	83	5	94	38	13	19	28	1.90
130244--130477	102	2.3	102	84	1	299	37	12	18	31	1.88
130452--130501	21	2.4	21	89	0	73	40	10	22	28	1.86
130516--130763	72	3.4	71	82	7	261	41	15	15	28	1.87
132232--132299	3	23.0	3	88	8	95	36	1	0	61	1.05
141233--141367	32	4.2	32	90	3	191	28	15	24	31	1.95
141233--141367	65	2.1	64	88	1	198	28	15	24	31	1.95
141464--141560	34	2.9	33	80	8	108	36	19	10	34	1.86
141891--141931	15	2.7	15	96	0	73	17	31	19	31	1.95
141906--142060	36	4.3	36	88	3	231	24	25	14	35	1.94
141960--142081	21	6.4	21	67	21	88	24	26	12	36	1.91
141996--142117	57	2.1	57	90	3	192	24	24	13	37	1.91
141973--142226	93	2.8	91	84	5	318	25	23	14	35	1.93
142053--142173	36	3.4	36	89	0	188	24	25	14	34	1.94
142143--142172	15	2.0	15	100	0	60	20	33	20	26	1.97
142159--142235	39	2.0	39	81	0	91	31	20	12	35	1.91
141884--142226	129	2.7	121	81	9	416	26	23	14	34	1.94
142257--142683	43	9.4	43	75	15	369	28	12	29	29	1.93
142309--142552	55	4.9	55	73	18	196	27	13	29	29	1.94
142257--142649	141	2.8	140	90	3	612	28	12	29	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142372--142733	184	2.0	183	91	1	582	28	13	29	28	1.94
142769--143164	87	4.5	89	91	4	601	25	19	19	35	1.96
142769--143181	180	2.3	174	88	5	618	25	19	20	34	1.96
143344--143412	12	5.9	11	82	14	77	33	1	0	65	1.02
143352--143409	3	19.7	3	86	10	84	32	1	0	65	1.03
143344--143402	17	3.3	18	86	9	86	33	1	0	64	1.04
146479--146515	20	1.9	19	89	10	58	24	32	24	18	1.97
148574--148598	12	2.1	12	100	0	50	20	8	0	72	1.10
148957--149013	2	29.0	2	80	16	57	42	3	3	50	1.36
152613--152657	20	2.2	20	92	0	72	48	17	6	26	1.72

Tables:   1   2