genome.fa.s7027.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018191_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263012

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219--2264	21	2.1	21	88	4	65	21	19	0	58	1.39
2226--2265	21	1.9	21	100	0	80	22	15	0	62	1.32
2406--2463	29	2.0	28	83	6	71	44	3	25	25	1.70
3301--3330	7	4.3	7	91	0	51	46	36	0	16	1.47
3572--3622	14	3.6	14	83	0	57	47	29	1	21	1.62
3576--3622	21	2.2	21	88	0	67	44	29	2	23	1.65
3301--4003	291	2.5	285	84	8	941	38	24	6	30	1.82
4181--4221	21	2.0	21	90	9	66	58	4	2	34	1.32
4181--4228	21	2.4	19	83	16	62	58	4	2	35	1.29
4279--4368	33	2.7	31	75	16	83	61	6	1	31	1.29
5755--5784	15	1.9	16	93	6	53	76	10	0	13	1.01
7751--7799	16	3.5	14	82	15	57	38	0	0	61	0.96
7767--7793	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7809--7927	39	3.1	39	74	12	111	36	15	1	47	1.55
9621--9660	11	3.6	11	100	0	80	10	67	15	7	1.41
10730--10783	18	3.1	18	76	15	67	27	3	1	66	1.19
10719--10783	18	3.8	17	75	15	62	30	3	1	64	1.18
13558--13655	49	2.0	49	97	0	187	24	25	12	37	1.90
18569--18613	22	2.0	22	100	0	90	33	13	17	35	1.89
20043--20135	41	2.3	41	86	3	116	35	10	11	41	1.77
20072--20137	20	3.2	20	66	19	55	30	10	15	43	1.80
20057--20139	41	2.0	41	95	0	148	30	13	13	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35275--35320	10	5.1	10	80	20	57	39	0	0	60	0.97
37900--37970	18	3.6	18	70	23	52	0	21	7	71	1.09
38413--38499	3	29.0	3	83	4	113	62	0	3	34	1.12
38418--38512	12	8.8	11	77	21	55	63	0	5	31	1.17
38747--39201	119	3.9	118	93	2	731	27	20	14	38	1.91
39916--40318	50	8.1	50	99	0	770	38	24	13	23	1.91
41448--41521	29	2.6	27	77	12	76	0	21	0	78	0.75
41457--41508	17	2.9	17	86	11	61	0	19	0	80	0.71
46261--46574	157	2.0	157	100	0	628	28	19	14	38	1.90
51134--51356	110	2.0	112	98	1	432	32	21	17	27	1.96
53925--53994	18	3.6	18	68	20	50	0	21	7	71	1.09
54427--54516	3	30.0	3	78	6	85	63	0	3	33	1.11
56605--56631	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
61759--61787	12	2.4	12	100	0	58	34	27	13	24	1.93
65842--65946	51	2.0	53	88	3	160	35	13	3	47	1.61
78816--78864	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
87317--87527	51	4.2	53	82	10	246	36	19	12	32	1.89
90522--90555	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
90914--90951	17	2.1	18	85	9	51	28	0	7	63	1.23
91110--91147	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
91265--92286	338	3.0	338	93	1	1753	41	15	13	29	1.86
98990--99027	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111332--111392	23	2.7	23	86	0	95	31	27	24	16	1.96
112569--112611	20	2.2	20	86	0	59	32	16	20	30	1.95
113543--113640	21	4.7	21	74	13	94	22	19	33	24	1.97
113542--113640	42	2.4	41	83	10	112	22	19	34	24	1.96
113709--113771	30	2.1	29	82	11	74	50	11	6	31	1.63
120576--121681	555	2.0	554	88	2	1657	25	16	23	34	1.95
138872--138908	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
145820--145871	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
145860--145913	20	2.7	20	91	0	90	31	22	18	27	1.97
146546--146690	19	8.1	19	76	16	148	11	23	20	44	1.84
146587--146642	14	3.6	14	74	21	58	8	25	23	42	1.82
146568--146665	33	3.0	33	96	0	178	10	24	22	42	1.84
146546--146690	52	2.8	52	78	13	163	11	23	20	44	1.84
148779--148981	42	4.8	42	77	2	167	23	35	17	23	1.95
148776--148951	84	2.1	84	95	0	316	22	37	17	23	1.94
150337--150363	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
150534--150660	33	3.9	32	81	8	166	16	22	18	43	1.88
150527--150659	66	2.0	66	92	0	221	18	21	18	42	1.90
152948--152972	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
153146--153199	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
154183--154232	19	2.5	20	96	3	93	32	28	24	16	1.96
154258--154322	19	3.7	19	86	13	95	13	21	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154328--154366	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
154449--154482	14	2.4	14	90	0	50	47	20	0	32	1.51
156317--156361	20	2.3	20	84	3	56	35	24	22	17	1.95
156326--156363	20	1.9	20	94	0	67	34	18	26	21	1.96
156371--156428	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
156355--156433	32	2.4	33	93	2	133	46	21	18	12	1.82
156462--156519	14	3.9	14	77	16	62	12	17	24	46	1.81
156445--156536	32	2.8	33	91	3	159	14	18	21	45	1.84
156520--156574	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
157056--157100	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
158313--158353	20	2.0	20	85	0	55	48	21	17	12	1.79
158321--158369	20	2.5	20	89	0	71	36	26	18	18	1.94
158630--158673	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
158902--158934	16	2.1	16	100	0	66	24	18	24	33	1.97
158841--158951	20	5.7	19	71	15	75	23	18	23	35	1.96
159076--159126	19	2.7	19	96	0	93	21	21	31	25	1.98
159647--159736	29	3.0	31	80	6	112	37	0	6	55	1.26
159649--159737	21	4.4	20	66	17	58	37	0	6	56	1.26
172517--172563	24	1.9	25	82	4	60	31	19	8	40	1.81
177507--177566	31	1.9	31	86	6	86	51	6	18	23	1.69
180204--180262	26	2.3	25	80	11	66	52	1	0	45	1.10
180217--180281	23	2.9	23	77	11	71	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180220--180278	22	2.6	23	83	5	75	45	0	0	54	0.99
180238--180290	27	1.9	28	85	11	74	47	0	0	52	1.00
180286--180356	33	2.3	32	86	13	96	47	0	2	49	1.16
180277--180356	33	2.6	30	84	13	94	45	0	2	52	1.14
180394--180442	23	2.2	21	78	7	53	42	2	2	53	1.24
180534--180602	24	3.1	22	73	12	61	55	1	1	42	1.18
180570--180690	52	2.3	53	77	13	126	48	0	2	47	1.20
188144--188197	23	2.4	22	84	3	63	11	22	12	53	1.70
190618--190651	16	2.1	16	88	0	50	61	0	5	32	1.20
192002--192040	17	2.3	17	95	0	69	51	0	7	41	1.31
197984--198051	36	1.9	35	85	11	95	48	1	0	50	1.10
202788--203192	20	20.5	20	81	7	434	34	25	19	20	1.96
202788--203192	39	10.2	40	89	3	434	34	25	19	20	1.96
202807--203192	79	4.9	80	87	5	457	34	26	18	20	1.96
202807--203192	59	6.5	60	83	7	425	34	26	18	20	1.96
204067--204091	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
206343--206663	19	18.4	19	79	16	360	46	18	21	14	1.84
206343--206663	32	9.2	35	80	15	293	46	18	21	14	1.84
206371--206685	159	2.0	154	92	5	517	46	17	21	14	1.84
206371--206685	51	6.0	52	90	7	505	46	17	21	14	1.84
206691--206788	19	5.6	19	78	19	115	15	24	18	41	1.89
206691--206788	37	2.8	36	79	17	125	15	24	18	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206892--206927	14	2.6	14	86	4	56	47	19	0	33	1.50
208801--208892	32	2.8	33	95	3	168	46	22	20	9	1.80
208820--208875	14	3.7	14	76	17	58	44	25	21	8	1.81
208764--208897	19	7.6	19	75	18	128	45	24	19	10	1.81
208893--209020	19	7.3	19	74	16	123	8	17	28	45	1.78
208893--208984	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
209064--209437	92	4.1	93	95	4	681	45	18	12	22	1.83
209064--209437	181	2.0	183	95	3	675	45	18	12	22	1.83
211129--211213	14	5.7	14	71	24	59	42	23	24	9	1.84
211121--211230	33	3.5	33	82	12	167	45	20	23	10	1.81

Tables:   1   2