genome.fa.s7068.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007068.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018390_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  617230

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 277 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3590--3620	13	2.4	13	88	0	53	25	12	16	45	1.83
5078--5164	35	2.5	35	96	0	156	59	0	0	40	0.97
5116--5180	2	35.5	2	78	17	61	55	0	0	44	0.99
7816--8366	141	3.9	141	89	0	800	34	17	22	25	1.96
11752--11786	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
13410--13629	64	3.5	64	80	6	218	34	20	18	27	1.96
14350--14670	103	3.1	103	95	0	570	26	13	22	37	1.91
14689--14754	23	2.9	23	86	0	78	22	22	24	30	1.99
16858--16898	18	2.3	18	86	0	55	51	2	17	29	1.58
18059--18130	24	3.0	24	83	0	90	19	13	18	48	1.81
21213--21242	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
21986--22071	30	2.9	30	71	13	77	56	11	5	25	1.57
24936--25291	55	6.6	55	83	6	406	28	25	17	28	1.97
24938--25291	106	3.3	106	85	2	431	28	25	17	28	1.97
25308--25417	37	3.0	37	90	2	168	22	20	20	37	1.95
26610--26695	45	1.9	45	83	9	113	13	29	17	39	1.88
26712--26865	7	21.6	7	75	20	108	8	14	0	77	0.99
26711--26907	8	25.6	8	71	23	106	8	15	0	76	1.02
26713--26907	37	4.8	39	70	21	120	8	15	0	75	1.02
26705--26909	45	4.6	44	76	16	185	8	15	0	76	1.02
26702--26888	84	2.2	87	84	11	244	7	14	0	77	0.97
26692--26888	76	2.5	75	81	12	202	7	15	0	77	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26709--26901	32	5.9	32	74	20	118	8	15	0	76	1.01
33937--34098	64	2.5	64	79	7	177	33	19	20	27	1.96
40853--41014	64	2.5	64	80	5	184	33	19	20	26	1.96
45815--45845	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
48066--48107	22	1.9	22	95	0	75	38	9	7	45	1.64
48072--48119	22	2.2	22	84	0	60	31	14	10	43	1.79
49579--49614	15	2.4	15	90	0	54	33	2	16	47	1.61
49632--49672	14	2.9	14	88	0	55	29	14	19	36	1.92
49821--49881	21	2.9	21	79	13	72	45	0	1	52	1.10
49956--50018	23	2.7	23	85	5	72	47	0	1	50	1.10
49978--50018	12	3.4	12	81	18	50	46	0	0	53	1.00
49994--50046	20	2.7	20	75	16	56	49	1	0	49	1.12
50002--50079	29	2.8	28	76	16	90	52	1	0	46	1.08
50115--50176	21	2.9	22	79	9	67	58	0	0	41	0.98
50098--50178	30	2.5	33	79	16	91	51	0	1	46	1.08
50360--50467	42	2.6	41	88	1	153	50	15	13	20	1.78
50797--50839	17	2.6	17	89	10	63	13	20	27	37	1.91
55551--55636	31	2.9	29	77	8	77	31	9	5	53	1.56
59044--59099	29	2.0	27	86	6	76	51	17	12	17	1.75
66998--67059	28	2.2	28	97	0	115	16	20	12	50	1.78
69036--69155	60	2.0	60	100	0	240	10	21	23	45	1.82
69593--70148	276	2.0	276	99	0	1103	29	19	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80583--81000	144	2.9	139	82	7	477	39	5	6	47	1.54
80583--81011	143	3.0	141	80	9	453	39	6	6	47	1.55
94630--95092	176	2.6	176	94	0	809	37	11	26	25	1.90
100838--100898	29	2.1	29	100	0	122	11	22	13	52	1.72
109186--109224	20	2.0	20	89	0	60	35	17	10	35	1.84
114933--114985	3	17.3	3	96	3	97	66	1	32	0	1.03
118048--118085	18	2.1	18	90	0	58	50	0	18	31	1.47
123758--123792	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
131704--131749	20	2.5	18	83	16	67	0	41	0	58	0.98
132368--132400	15	2.2	15	100	0	66	18	30	0	51	1.46
132526--132552	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
137162--138092	54	17.5	54	83	7	968	23	23	18	34	1.96
139387--139443	9	6.2	9	80	10	53	10	14	0	75	1.05
148749--148824	25	3.0	25	90	0	125	35	28	7	27	1.85
153690--154023	169	2.0	172	98	1	647	23	23	18	33	1.97
158650--158696	19	2.5	19	86	3	60	38	2	2	57	1.23
158845--158901	27	2.1	28	83	9	73	54	7	1	36	1.38
159255--159291	6	5.7	7	87	12	53	43	0	56	0	0.99
159850--159889	21	1.9	21	90	10	64	25	5	0	70	1.08
159906--159963	23	2.6	23	88	2	82	15	15	13	55	1.70
160647--160688	15	2.9	14	86	6	66	42	16	4	35	1.69
163073--163202	58	2.2	59	82	8	167	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163104--163216	59	1.9	59	83	3	147	33	14	14	38	1.86
163835--163875	18	2.2	19	95	4	75	7	4	4	82	0.93
173509--173552	16	2.8	16	78	0	52	43	0	6	50	1.29
174378--174412	18	1.9	18	88	11	54	14	0	22	62	1.31
178276--178304	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
183516--183571	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
186309--186334	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
191785--191909	62	2.0	62	90	0	196	38	16	11	33	1.85
192361--192444	41	2.0	41	95	0	150	38	4	14	42	1.66
205008--205076	13	5.3	13	82	0	93	15	42	20	21	1.89
207578--207649	24	3.0	24	77	0	72	18	12	16	52	1.74
207578--207647	12	5.8	12	72	12	54	17	12	17	52	1.74
209789--209860	36	2.0	36	86	7	103	41	34	12	11	1.78
214503--214543	14	3.0	14	86	10	50	85	0	7	7	0.75
214506--214548	15	2.8	15	82	10	52	86	0	6	6	0.72
214502--214548	13	3.6	13	77	16	53	82	0	8	8	0.83
215773--215934	37	4.4	37	84	0	191	41	17	18	22	1.90
216222--216295	27	2.7	26	78	12	69	37	1	4	56	1.27
226363--226568	109	1.9	109	91	0	340	30	16	17	34	1.93
250122--250146	12	2.1	12	100	0	50	28	8	24	40	1.83
252520--252553	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
252717--252788	24	3.0	24	87	0	108	50	16	12	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252719--252788	12	5.8	12	76	6	61	50	17	12	20	1.78
252715--252825	48	2.3	48	86	6	145	47	15	15	21	1.82
252718--252825	24	4.5	24	76	11	105	47	15	15	21	1.83
255394--255490	29	3.3	29	78	8	99	47	22	9	20	1.78
255393--255535	58	2.5	58	78	4	137	41	23	7	27	1.81
255436--255535	29	3.4	29	85	0	110	37	24	6	33	1.80
256482--256513	10	3.1	10	91	8	55	18	31	31	18	1.95
256968--257019	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
257005--257136	41	3.2	41	78	6	133	34	25	16	23	1.95
257008--257122	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
257312--257353	22	1.9	22	95	0	75	21	42	16	19	1.89
257597--257660	20	3.2	20	84	4	76	14	18	23	43	1.86
258979--259023	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
259559--259616	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
259543--259633	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
259505--259638	19	7.6	19	71	18	74	42	23	20	13	1.87
259664--259767	19	5.4	19	83	4	111	14	21	24	40	1.90
259675--259748	39	1.9	38	88	2	112	14	24	22	37	1.92
261757--261812	14	3.6	14	74	21	58	46	17	21	14	1.84
261766--261815	14	3.0	17	75	24	61	48	18	22	12	1.80
261738--261815	33	2.4	33	88	0	111	42	20	23	14	1.88
261834--261891	20	2.9	20	85	10	82	15	18	24	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262948--263001	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
265491--265621	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
265491--265617	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
265492--265624	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
265617--265659	20	2.2	20	83	4	52	16	16	23	44	1.86
265800--265836	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
267121--267187	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
267121--267243	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
269271--269369	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
269246--269430	19	10.1	19	78	14	183	43	22	22	11	1.86

Tables:   1   2   3