genome.fa.s7072.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018415_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  290543

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594--2620	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
7984--8082	42	2.4	42	94	0	171	13	25	23	38	1.91
10322--10355	16	2.1	16	100	0	68	44	14	17	23	1.86
10596--10621	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12490--12517	14	2.0	14	100	0	56	35	35	7	21	1.81
14005--14060	23	2.4	23	100	0	112	39	10	5	44	1.62
16029--16080	23	2.3	23	90	6	79	3	23	48	25	1.68
16029--16080	11	4.5	12	78	9	54	3	23	48	25	1.68
16465--17416	335	2.8	333	80	7	973	36	17	15	30	1.91
18071--18132	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
18395--18446	21	2.4	21	78	9	52	44	5	1	48	1.38
25679--26037	181	2.0	176	93	2	610	43	18	11	26	1.85
28502--28531	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
31419--31457	12	2.9	14	85	14	64	51	7	0	41	1.31
32137--32349	15	14.3	15	91	2	313	22	22	10	45	1.82
32137--32349	59	3.6	60	90	1	322	22	22	10	45	1.82
33511--33628	56	2.1	56	98	1	229	63	6	11	18	1.48
36861--36958	42	2.3	42	87	0	151	11	27	24	36	1.89
42985--43172	92	2.0	93	96	3	353	40	18	8	32	1.80
45380--45533	81	1.9	82	90	5	249	41	20	22	16	1.90
47261--47303	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
62856--62987	36	3.8	35	78	17	141	43	11	3	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66235--66332	42	2.3	42	91	0	160	12	27	23	36	1.90
78533--78622	15	6.0	15	93	0	144	23	18	10	47	1.79
79993--80162	60	2.9	58	78	9	182	35	20	2	41	1.65
80325--80471	60	2.5	60	82	2	179	38	4	22	34	1.75
86985--87011	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
87656--87720	15	4.3	15	84	0	85	23	20	7	49	1.74
87656--87720	30	2.2	30	88	0	103	23	20	7	49	1.74
89036--89142	33	3.1	33	74	13	90	44	9	2	42	1.51
89051--89169	38	3.3	37	76	15	140	45	10	4	39	1.59
92342--92439	42	2.3	42	85	0	142	11	27	25	35	1.90
97423--97478	8	7.2	8	76	13	55	32	0	0	67	0.91
97432--97485	27	2.0	27	85	7	74	33	0	1	64	1.04
98683--98732	23	2.2	22	82	10	57	56	2	0	42	1.11
101245--103435	557	3.9	554	83	5	2648	31	18	11	37	1.87
103716--103743	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
105421--105472	20	2.7	19	85	8	61	17	5	7	69	1.33
108291--108431	56	2.5	56	90	0	219	38	16	19	26	1.92
110770--110806	13	2.7	14	87	4	58	72	0	0	27	0.84
111686--111731	7	6.6	7	100	0	92	0	13	0	86	0.56
112245--112279	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
112687--112729	16	2.4	19	81	14	56	23	2	2	72	1.08
115664--115730	34	1.9	34	82	14	84	46	19	13	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116578--116625	12	4.0	12	97	0	87	39	25	10	25	1.87
116579--116629	4	12.8	4	82	0	66	41	25	7	25	1.82
119084--119118	18	1.9	18	94	0	61	45	17	5	31	1.71
122955--122989	12	2.8	12	95	4	61	31	0	2	65	1.07
127369--127402	18	1.9	17	88	5	50	32	0	5	61	1.20
130139--130197	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
134819--134877	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
143640--143677	12	3.2	12	92	0	67	23	13	18	44	1.85
143629--143677	24	2.0	24	92	0	80	22	16	16	44	1.86
150211--150253	17	2.5	17	81	7	52	62	2	0	34	1.08
151131--151259	67	1.9	67	100	0	258	32	13	13	39	1.85
153798--153835	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
153798--153848	20	2.8	18	88	11	61	39	9	27	23	1.86
157191--157321	42	3.1	42	84	0	172	32	16	20	30	1.94
162425--162463	20	2.0	20	89	0	60	33	7	2	56	1.41
168517--168547	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
170549--170596	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
170708--170776	2	34.5	2	89	0	93	50	4	1	43	1.30
172203--172235	17	1.9	17	93	0	57	48	6	6	39	1.53
172592--172629	12	3.2	12	77	7	51	50	0	0	50	1.00
173049--173137	43	2.3	37	78	16	99	55	2	0	42	1.12
173030--173143	39	2.8	40	82	15	121	55	2	0	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173081--173141	21	3.2	18	71	24	54	49	3	0	47	1.18
173230--173270	21	2.0	21	95	0	73	36	24	21	17	1.94
178780--180333	140	11.2	140	85	3	2035	26	21	16	36	1.94
178782--180333	553	2.8	549	86	3	2088	26	21	16	36	1.94
181754--181784	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
181931--181969	21	1.9	20	84	5	51	58	5	2	33	1.33
182918--182967	22	2.3	23	76	13	61	60	0	4	36	1.16
183485--183521	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
183982--184229	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
184627--184702	35	2.2	35	90	4	118	36	1	22	39	1.63
192540--192605	21	3.2	21	67	16	66	40	21	13	24	1.89
192547--192616	19	3.6	19	71	7	68	40	22	11	25	1.88
201430--201498	34	2.0	34	97	0	129	39	5	23	31	1.78
202441--202518	31	2.5	32	83	6	106	50	11	2	35	1.53
203917--203975	26	2.3	26	84	0	73	45	5	5	44	1.47
203947--203988	15	2.9	15	92	3	68	47	9	4	38	1.57
204117--204176	29	2.1	29	87	0	84	40	0	28	31	1.57
204415--204465	12	4.2	12	89	0	84	25	7	25	41	1.82
204406--204461	4	14.0	4	88	0	76	26	5	23	44	1.74
204464--204489	4	6.5	4	100	0	52	0	23	50	26	1.50
204492--204548	4	14.2	4	79	0	60	17	3	26	52	1.60
204826--204879	15	3.4	15	87	12	81	50	7	1	40	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204955--205022	14	4.9	14	79	0	73	50	23	0	26	1.50
204955--205022	7	9.7	7	76	6	57	50	23	0	26	1.50
205833--205902	18	3.7	19	90	5	106	50	7	2	40	1.45
205844--205902	17	3.2	17	84	15	82	50	5	1	42	1.34
205844--205932	36	2.4	36	85	7	117	50	5	2	41	1.38
205844--205910	18	3.7	18	84	11	91	52	4	1	41	1.31
205844--205893	2	24.0	2	80	15	57	50	4	2	44	1.32
206337--206376	21	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
206379--206433	24	2.5	21	82	11	58	45	5	10	38	1.63
206392--206440	24	2.1	23	96	3	89	46	2	8	42	1.45
206434--206528	48	2.0	49	87	2	138	51	7	6	34	1.55
206525--206555	7	4.4	7	95	0	53	48	29	9	12	1.73
207055--207125	16	4.4	16	85	0	88	42	11	25	21	1.86
209799--209879	31	2.7	30	81	7	94	37	4	11	46	1.61
210772--210873	51	2.0	51	100	0	204	31	15	21	31	1.95
210774--210853	24	3.2	24	62	10	61	35	13	21	30	1.92
224807--224841	8	4.4	8	88	0	52	22	11	25	40	1.88
224839--225142	2	152.0	2	78	0	248	1	10	45	42	1.50
227478--227547	4	17.5	4	96	0	131	1	24	24	50	1.58
227636--227673	4	9.5	4	100	0	76	0	23	26	50	1.50
227671--229902	4	563.5	4	98	1	4310	25	0	25	49	1.50
227411--227726	158	2.0	158	94	0	551	17	17	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230725--230817	3	31.0	3	88	0	141	38	0	0	61	0.96
230715--230818	24	4.2	24	82	13	122	39	0	0	60	0.97
230933--230974	16	2.7	16	88	3	59	11	50	19	19	1.78
230945--230984	16	2.6	16	96	4	73	7	57	17	17	1.62
232266--232310	24	2.0	22	82	8	54	40	0	0	60	0.97
232878--232931	28	2.0	27	85	3	72	29	3	1	64	1.21
232886--232937	18	2.8	18	74	8	52	26	1	1	69	1.10
243570--243623	7	7.6	7	78	12	56	83	0	12	3	0.78
243570--243623	13	3.8	14	78	9	56	83	0	12	3	0.78
243576--243624	20	2.5	20	83	3	64	81	0	14	4	0.83

Tables:   1   2