genome.fa.s7084.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007084.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  192361

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4100--4157	28	2.0	30	90	10	93	74	3	12	10	1.19
4115--4168	18	2.9	18	78	10	65	79	1	11	7	1.00
4138--4197	30	2.0	30	83	6	77	78	0	15	6	0.95
4138--4167	9	3.3	9	90	0	51	80	0	16	3	0.85
4173--4242	29	2.5	29	76	15	67	71	1	8	18	1.19
5544--5624	31	2.8	29	80	14	87	50	8	2	38	1.46
5591--5653	29	2.1	29	82	8	74	46	7	7	38	1.63
5654--5980	37	8.9	38	82	7	331	45	6	1	46	1.37
5654--5980	74	4.5	75	85	6	388	45	6	1	46	1.37
9002--9276	94	2.9	92	80	5	282	32	16	13	38	1.87
9004--9417	47	9.1	47	71	15	253	31	18	12	36	1.89
9206--9358	82	1.9	82	88	2	236	30	18	11	39	1.85
9294--9442	47	3.2	45	70	12	104	32	20	11	36	1.88
16161--16209	15	3.3	15	91	0	80	44	0	55	0	0.99
16174--16224	12	3.9	13	82	7	52	41	0	54	3	1.19
16170--16232	15	4.4	15	73	18	53	41	0	52	6	1.27
17351--17414	6	10.7	6	96	0	92	56	0	9	34	1.32
18750--18799	25	2.0	25	84	0	64	38	18	10	34	1.84
19668--19731	30	2.2	30	83	5	87	60	7	12	18	1.55
19668--19746	30	2.7	28	75	12	79	60	7	12	18	1.55
19738--19811	31	2.3	34	86	9	102	62	2	12	22	1.42
19954--19992	15	2.6	15	88	8	53	33	0	23	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24603--24642	19	2.1	19	100	0	80	37	15	5	42	1.68
27125--27256	66	2.0	66	83	0	165	21	26	8	43	1.80
31380--31432	21	2.3	24	84	12	67	54	20	3	20	1.60
31540--31603	33	1.9	33	83	0	83	45	21	9	23	1.81
33032--33061	14	2.1	14	93	0	51	26	0	23	50	1.50
33137--33199	11	5.9	11	69	14	51	38	1	3	57	1.24
33429--33482	20	2.8	19	80	2	63	31	14	14	38	1.87
36190--36237	20	2.4	20	96	0	87	25	25	14	35	1.94
38146--38187	15	2.9	15	82	10	52	52	0	2	45	1.13
38203--38328	60	2.1	60	85	2	164	29	17	18	34	1.94
38704--38732	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
40478--40510	10	3.7	9	88	11	50	57	0	0	42	0.98
41670--41718	22	2.2	22	82	7	55	38	0	2	59	1.09
47232--47280	25	2.0	25	100	0	98	28	16	8	46	1.75
48804--48879	35	2.1	37	85	7	102	48	1	2	47	1.24
57663--57755	31	3.1	31	60	6	73	35	13	15	35	1.87
59013--59538	188	2.8	187	81	7	571	28	18	17	35	1.93
67118--67180	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
70983--71022	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
78484--78518	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
79145--79175	16	1.9	16	93	0	53	19	0	3	77	0.90
89315--89346	11	2.9	11	95	0	55	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89334--89386	24	2.2	25	83	10	65	41	0	0	58	0.98
89326--89376	20	2.6	19	81	9	59	37	0	0	62	0.95
90874--90937	21	3.1	21	75	4	76	17	18	26	37	1.93
91067--91106	6	6.7	6	100	0	80	32	50	17	0	1.47
91614--91646	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
91734--91849	22	5.4	22	80	8	132	40	25	17	17	1.90
91712--91849	63	2.2	63	89	2	206	41	23	15	18	1.90
91819--91913	20	4.6	20	73	5	82	42	23	18	15	1.89
91841--91938	41	2.4	41	91	0	169	38	23	18	19	1.93
91819--91942	21	6.0	21	71	8	92	40	24	17	17	1.91
96102--96133	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
99909--99944	17	2.0	19	89	10	58	25	13	0	61	1.33
103464--103548	7	13.7	6	83	12	77	82	0	16	1	0.73
103463--103545	14	5.9	14	77	19	93	81	0	16	1	0.75
104270--104494	114	2.0	114	92	0	378	32	14	22	31	1.94
105237--105302	20	3.3	20	66	16	55	43	10	22	22	1.84
105236--105526	101	2.7	107	85	7	382	36	14	21	27	1.92
105325--105758	236	1.8	234	90	1	699	36	14	20	27	1.92
106071--106140	3	24.0	3	77	13	67	31	0	0	68	0.90
106065--106122	13	4.2	14	71	10	57	29	0	0	70	0.87
106071--106153	24	3.4	24	83	6	96	34	0	0	65	0.93
106065--106143	41	2.0	40	85	7	106	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106092--106143	21	2.5	21	87	3	79	34	0	0	65	0.93
109099--109156	19	3.2	19	75	20	70	43	0	0	56	0.99
109114--109174	21	2.9	21	80	11	72	44	0	0	55	0.99
109769--109832	10	6.1	10	77	12	58	21	3	3	71	1.13
109769--109832	21	3.0	20	72	18	58	21	3	3	71	1.13
109771--109835	31	2.1	31	83	11	80	20	3	3	73	1.10
110221--110261	20	2.0	20	85	9	55	68	7	4	19	1.32
111504--111561	2	29.0	2	96	0	107	50	1	48	0	1.11
111828--111905	21	3.7	21	84	6	113	28	26	21	23	1.99
111911--111986	21	3.6	21	76	10	75	25	21	22	31	1.98
112076--112100	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
112693--112779	21	4.2	20	76	11	61	33	19	22	24	1.97
112693--112761	21	3.3	20	75	13	68	31	20	23	24	1.98
112724--112779	21	2.8	20	78	5	67	35	19	21	23	1.96
113916--113949	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
114468--114626	78	2.0	79	86	3	223	42	6	8	42	1.61
118308--118391	3	28.3	3	95	2	134	34	3	0	61	1.13
118423--118466	22	2.0	22	95	0	79	40	29	18	11	1.85
119307--119354	20	2.4	20	96	0	87	22	16	33	27	1.96
119251--119413	75	2.2	75	92	0	272	28	18	24	28	1.98
123251--123412	64	2.5	64	83	4	211	27	16	27	29	1.97
123361--123410	19	2.7	19	87	6	77	26	16	36	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130739--130901	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
130849--130899	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
130743--130950	65	3.2	65	81	12	207	26	17	25	29	1.97
132686--132723	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
133749--133800	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
134278--134317	21	1.9	21	85	10	55	57	0	0	42	0.98
138565--138604	18	2.2	18	86	8	55	20	5	0	75	0.99
142185--142217	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
143188--143272	31	2.7	32	83	7	111	22	18	22	36	1.95
143433--143476	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
146788--146867	38	2.1	39	84	9	103	50	3	1	45	1.28
148257--148289	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
148355--148429	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
148359--148423	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
149179--149224	14	3.3	14	93	0	74	52	23	15	8	1.70
149159--149209	24	2.1	24	89	7	77	56	17	11	13	1.66
149650--149679	15	2.0	15	100	0	60	60	20	0	20	1.37
151497--151539	20	2.3	19	84	11	61	23	32	9	34	1.87
151502--151539	20	1.9	20	94	0	67	23	31	10	34	1.89
154596--154650	24	2.2	24	83	9	65	47	0	7	45	1.30
158639--158666	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
159166--159203	19	2.0	19	100	0	76	31	36	21	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159218--159288	32	2.2	32	92	0	115	30	30	29	8	1.87
159276--159370	29	3.3	29	95	0	163	13	30	32	23	1.93
159391--159505	49	2.4	49	88	8	177	20	37	19	22	1.94
159717--159755	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
160174--160227	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
160170--160234	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
160204--160252	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
160864--160973	30	3.7	30	90	0	175	10	19	46	23	1.81
160980--161091	29	3.9	29	97	0	206	8	27	43	20	1.80
168771--168865	44	2.2	44	85	7	133	27	24	22	26	2.00

Tables:   1   2