genome.fa.s7105.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007105.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018568_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  286207

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1134--1328	93	2.1	91	94	2	336	44	21	12	22	1.85
4253--4289	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
7846--7886	14	2.9	14	85	0	55	36	26	9	26	1.88
13155--13197	12	3.2	12	77	22	50	51	0	0	48	1.00
13155--13233	28	2.7	28	84	9	88	51	2	1	44	1.23
13236--13297	21	2.9	21	75	15	65	45	4	4	45	1.46
13192--13367	88	2.0	89	82	5	214	48	5	5	40	1.49
13279--13329	15	3.3	15	71	15	50	52	3	1	41	1.31
13311--13410	22	4.7	21	75	14	71	50	9	6	35	1.59
13439--13496	22	2.6	22	80	15	66	44	5	8	41	1.57
13445--13498	24	2.2	25	80	9	67	46	5	7	40	1.55
13423--13553	57	2.3	55	85	5	174	41	8	8	41	1.65
13476--13509	13	2.5	13	90	4	50	41	2	8	47	1.50
13516--13591	39	2.0	38	82	5	91	40	10	9	39	1.72
13629--13668	7	5.7	7	87	0	53	22	0	35	42	1.54
13617--13666	21	2.4	21	90	6	75	26	0	32	42	1.56
13791--13845	20	2.8	20	76	13	60	52	3	9	34	1.50
13808--13871	33	1.9	33	84	6	85	50	3	6	40	1.43
13795--13865	27	2.7	27	82	2	90	52	4	5	38	1.45
13874--13936	24	2.6	24	80	12	67	44	7	7	39	1.63
13920--13969	22	2.3	22	82	6	57	38	6	10	46	1.62
13943--13967	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13953--14023	9	8.7	9	73	17	57	35	1	9	53	1.43
13931--14005	32	2.4	32	86	8	109	37	2	9	50	1.49
14110--14285	24	7.6	23	67	17	80	46	5	2	45	1.41
14139--14184	15	3.1	15	82	14	60	47	6	0	45	1.28
14227--14271	20	2.1	22	88	8	67	48	6	0	44	1.29
14326--14399	2	36.5	2	86	8	105	47	0	2	50	1.15
14303--14390	20	4.6	20	84	6	78	43	1	6	48	1.37
14486--15205	216	3.3	214	91	1	1161	29	11	9	50	1.68
23547--23631	23	3.9	22	77	13	77	25	29	27	17	1.98
35132--35347	29	7.6	28	83	2	216	48	17	5	29	1.68
35149--35347	57	3.5	56	86	2	245	48	16	5	30	1.67
35361--35409	18	2.8	17	87	3	71	14	20	44	20	1.86
41586--41637	24	2.2	24	89	0	77	42	19	9	28	1.82
42222--42386	29	5.7	29	86	1	188	49	18	4	27	1.68
42222--42387	57	2.9	58	85	3	210	48	18	4	27	1.68
42222--42386	86	1.9	86	82	0	204	49	18	4	27	1.68
42387--42422	14	2.6	15	87	12	51	30	27	27	13	1.94
42411--42455	18	2.6	17	78	3	54	20	22	37	20	1.94
44946--45275	163	2.0	167	97	2	632	34	18	25	21	1.96
49518--49561	23	1.9	23	85	0	61	45	0	2	52	1.13
51779--51850	25	3.0	25	87	4	103	61	1	5	31	1.28
59467--59774	170	1.8	171	92	0	528	36	23	16	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62902--63220	34	9.3	33	76	17	221	44	2	6	46	1.43
62902--63220	67	4.6	69	74	16	245	44	2	6	46	1.43
63219--63259	15	2.9	14	83	16	50	26	2	0	70	0.99
63211--63255	17	2.6	16	86	10	54	31	2	0	66	1.04
63211--63255	18	2.4	19	85	7	56	31	2	0	66	1.04
63226--63273	21	2.3	21	79	13	55	22	4	0	72	1.01
66333--66377	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
69760--70621	84	10.4	83	81	4	872	30	25	20	23	1.98
69751--70493	165	4.5	165	87	1	974	30	25	20	23	1.98
71259--71556	34	8.6	34	74	16	238	45	2	6	45	1.44
71291--71583	72	4.2	73	73	20	207	45	2	5	47	1.39
71290--71587	34	8.7	33	71	14	153	44	2	5	47	1.38
71564--71600	7	5.6	7	90	3	51	35	0	0	64	0.94
71564--71616	12	4.2	13	78	9	56	32	1	0	66	1.03
71558--71627	10	6.7	11	72	19	53	27	2	0	70	1.02
71564--71634	21	3.2	22	80	13	67	28	2	0	69	1.03
71577--71640	31	2.0	31	82	14	76	23	4	0	71	1.04
80360--80443	41	2.0	41	97	0	159	42	2	10	44	1.52
88186--88236	20	2.5	20	96	0	93	19	21	11	47	1.81
88428--88502	40	1.9	40	86	5	109	25	10	6	57	1.57
94753--94806	22	2.4	23	90	3	83	16	29	27	25	1.97
101384--101443	21	2.8	21	94	2	102	28	15	18	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111837--111876	19	2.1	19	100	0	80	30	10	22	37	1.87
111899--111932	6	5.8	6	96	3	61	0	35	0	64	0.94
112260--112882	182	3.4	181	85	3	779	44	11	16	27	1.82
114357--116176	201	9.0	198	79	6	1909	37	16	14	31	1.89
114357--116173	405	4.5	405	94	1	2972	37	16	14	31	1.89
115933--115978	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
116606--117816	604	2.0	604	97	0	2298	27	18	18	35	1.94
119936--120302	200	1.8	202	83	5	485	37	13	17	31	1.89
120406--120572	87	1.9	86	90	3	264	31	13	12	43	1.81
120490--120534	23	2.0	23	86	0	63	35	20	8	35	1.84
127033--127113	33	2.5	33	88	4	112	27	16	9	46	1.78
127550--127587	20	1.9	19	94	5	67	39	0	13	47	1.42
127634--127695	24	2.6	24	82	5	72	48	4	6	40	1.50
127663--127795	36	3.6	35	75	13	115	49	4	6	39	1.50
127663--127818	75	2.0	79	84	8	205	48	4	6	40	1.49
127786--127847	22	2.7	24	75	10	65	43	1	3	51	1.27
129139--129192	25	2.2	25	82	0	63	20	18	0	61	1.35
129313--129366	22	2.5	23	82	8	60	20	7	0	72	1.08
131902--131960	16	3.7	16	86	0	82	20	28	11	38	1.88
132153--132218	22	2.8	24	84	11	73	56	1	3	39	1.24
132239--132284	22	2.0	23	91	4	76	43	2	4	50	1.34
132402--132493	29	3.4	28	73	16	77	45	1	1	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132463--132504	21	2.0	22	85	4	59	47	0	0	52	1.00
132477--132535	28	2.2	27	83	16	79	49	0	1	49	1.11
132492--132544	20	2.7	19	73	18	54	49	0	1	49	1.12
132539--132583	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
132652--132723	21	3.1	21	72	25	65	54	0	0	45	0.99
132679--132751	21	3.8	19	73	21	64	50	0	2	46	1.15
132894--132932	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
132906--132957	15	3.5	15	89	5	79	36	19	7	36	1.80
135487--135526	21	1.9	21	85	10	55	37	2	7	52	1.43
135601--135850	18	14.1	18	69	15	164	42	6	7	44	1.58
135611--135728	33	3.8	33	74	17	135	42	7	7	42	1.62
135612--135873	51	4.9	56	74	17	252	42	6	7	43	1.59
135645--135693	25	2.0	25	87	0	71	40	8	8	42	1.64
135720--135874	33	4.5	33	82	10	195	42	6	6	44	1.55
135895--135964	34	2.0	36	86	5	99	42	2	5	48	1.41
135918--135988	2	34.0	2	73	18	56	47	2	4	45	1.36
135918--135988	20	3.5	20	80	5	81	47	2	4	45	1.36
135952--136072	51	2.4	51	92	0	206	45	5	9	38	1.62
136005--136320	168	1.9	162	91	6	519	41	7	9	41	1.66
136067--136347	150	1.9	144	82	11	347	42	7	9	40	1.65
136069--136308	18	12.7	18	74	21	163	40	8	9	41	1.68
136309--136382	20	3.5	20	77	16	85	52	1	6	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136292--136358	33	2.1	32	91	2	107	50	4	5	38	1.47
136219--136380	45	3.1	51	82	14	149	45	5	8	40	1.58
136309--136369	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
136322--136371	13	3.8	13	77	17	59	54	2	6	38	1.37
136338--136406	29	2.4	29	80	11	79	53	0	7	39	1.29
136405--136475	7	9.9	7	87	3	97	46	36	0	16	1.48
136470--136531	22	2.8	23	88	9	69	51	6	0	41	1.27
136654--136722	27	2.5	28	81	9	79	39	7	5	47	1.55
136707--136737	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
136762--137363	217	2.8	215	91	2	928	29	11	8	50	1.68

Tables:   1   2