genome.fa.s7188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007188.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018934_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283786

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159--8313	77	2.0	79	81	5	181	47	5	9	38	1.59
8286--8317	15	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
9184--9235	14	4.1	13	76	20	56	11	7	19	61	1.53
9179--9237	24	2.5	24	88	0	91	13	6	18	61	1.54
9429--9453	10	2.5	10	100	0	50	12	8	20	60	1.57
9623--9665	16	2.7	16	100	0	86	6	0	23	69	1.12
10639--10784	77	1.9	77	84	9	199	38	11	6	43	1.66
13248--13303	14	3.9	14	92	2	85	21	25	23	30	1.99
15536--15591	22	2.4	23	73	8	60	32	14	21	32	1.93
22178--22206	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22448--22543	45	2.1	46	84	5	133	25	40	12	21	1.88
25180--25248	36	1.9	36	90	0	111	40	17	11	30	1.85
25702--25785	43	1.9	44	85	2	116	30	11	22	34	1.90
25956--26025	35	2.0	34	86	2	95	17	11	10	61	1.56
31548--31844	118	2.5	118	91	2	454	31	13	24	30	1.93
33259--33459	36	5.5	36	73	2	186	30	19	12	36	1.89
33259--33482	36	6.2	36	71	3	162	32	19	12	35	1.89
33257--33482	73	3.1	73	91	3	357	32	19	12	35	1.89
34009--34106	45	2.2	45	85	5	135	23	38	13	24	1.90
35332--35364	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
35098--35345	137	1.8	137	87	5	376	38	6	8	46	1.59
38136--38217	34	2.4	34	97	0	155	36	9	19	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38159--38216	16	3.5	16	70	25	57	37	8	17	36	1.80
38256--38329	29	2.6	29	95	0	130	36	4	27	32	1.76
38583--38619	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
41368--41489	30	4.1	31	82	7	139	35	5	1	57	1.32
41427--41563	30	4.6	30	75	8	95	30	5	4	59	1.38
41635--41732	30	3.3	29	74	14	76	51	0	7	41	1.29
41663--41727	30	2.2	29	86	2	85	55	0	6	38	1.25
41736--41779	18	2.4	18	80	0	52	40	0	13	45	1.44
43901--45709	603	3.0	602	94	1	3042	27	17	16	39	1.90
46700--46734	17	1.9	18	88	11	54	62	0	25	11	1.28
46940--46987	10	4.8	10	82	10	62	0	12	2	85	0.69
50882--50923	21	2.0	20	82	13	50	21	7	0	71	1.09
52380--52444	31	2.1	32	94	2	114	36	15	1	46	1.55
53534--53579	18	2.5	20	76	23	55	67	10	0	21	1.21
57629--57674	22	2.1	22	87	0	65	39	4	10	45	1.59
59101--59204	2	57.5	2	68	22	52	44	0	1	53	1.11
59064--59205	41	3.3	42	74	16	112	42	0	2	54	1.17
59073--59192	20	5.9	20	71	15	77	43	0	2	53	1.20
59135--59229	49	2.0	49	84	12	126	37	0	1	61	1.03
60054--60096	18	2.4	18	100	0	86	32	18	30	18	1.95
80008--80040	15	2.2	15	89	10	50	51	21	0	27	1.48
80953--80984	16	2.0	16	100	0	64	25	0	6	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82124--82155	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
87087--87404	55	5.7	55	85	1	386	37	18	11	33	1.87
89299--89584	66	4.3	66	80	5	328	38	13	17	30	1.88
89307--89589	131	2.2	130	84	7	358	38	13	17	30	1.89
93976--94020	19	2.4	19	96	0	81	17	22	33	26	1.96
93939--94085	76	1.9	76	82	8	183	25	18	24	31	1.97
94583--94613	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
95201--95244	21	2.1	21	86	0	61	34	15	40	9	1.79
97552--97591	17	2.4	17	95	0	71	32	22	17	27	1.96
100628--100667	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
102612--102771	65	2.5	64	80	6	180	28	18	21	31	1.97
104463--104667	66	3.1	66	87	1	295	35	13	18	33	1.89
109254--109285	17	1.9	17	93	6	57	59	0	6	34	1.23
110619--110969	66	5.3	66	84	2	438	37	13	16	32	1.88
110620--110969	132	2.7	132	87	0	495	37	14	16	32	1.88
115792--115856	24	2.7	24	95	0	112	15	6	44	33	1.71
115787--115817	15	2.1	15	100	0	62	12	6	48	32	1.67
119444--119523	21	3.7	21	77	12	90	23	11	22	42	1.86
119444--119529	44	2.0	44	90	0	136	24	11	23	40	1.87
119926--120001	21	3.5	21	87	7	116	19	10	25	44	1.82
128401--128444	10	4.3	10	77	5	52	84	2	2	11	0.81
128401--128444	21	2.1	21	86	0	61	84	2	2	11	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128474--128759	38	7.8	37	75	13	236	40	6	3	48	1.48
128546--128763	75	3.0	72	78	10	181	38	6	4	49	1.50
129472--129530	23	2.6	23	73	10	57	18	25	23	32	1.97
129779--129812	16	2.0	17	88	11	52	47	2	23	26	1.66
133079--133136	20	2.9	20	97	0	107	32	20	22	24	1.98
134886--134953	23	3.0	23	86	0	100	17	26	26	29	1.98
136760--136806	16	2.9	16	83	3	58	70	2	2	25	1.10
137544--137592	21	2.3	22	79	10	57	6	22	36	34	1.79
137951--137982	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
138022--138100	37	2.1	38	85	2	106	46	10	2	40	1.51
138013--138278	144	1.9	143	81	7	324	42	7	3	46	1.47
138142--138213	34	2.2	32	87	7	99	45	4	0	50	1.21
138022--138292	38	7.3	38	76	10	233	43	6	3	46	1.46
138570--138630	23	2.8	22	80	9	72	18	9	27	44	1.81
138800--138846	24	2.0	23	95	4	85	34	0	19	46	1.50
146232--146293	23	2.8	22	83	9	74	24	9	24	41	1.84
148564--148603	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
149758--149789	12	2.7	12	100	0	64	6	25	0	68	1.12
159263--159314	24	2.2	24	86	6	70	61	13	11	13	1.57
158987--159600	317	1.9	317	94	1	1097	36	12	18	32	1.88
165170--165218	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
165164--165328	64	2.6	62	73	11	154	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173100--173309	65	3.3	63	78	9	219	27	18	22	31	1.97
174585--174636	18	2.9	18	88	0	77	13	9	40	36	1.77
174864--174910	18	2.6	19	83	12	55	80	2	2	14	0.89
174956--175225	139	1.9	139	82	8	336	41	7	4	47	1.49
174956--175235	38	7.9	36	74	16	221	40	6	3	48	1.48
187325--187363	5	7.6	5	88	5	60	61	0	2	35	1.10
187325--187363	16	2.5	15	91	4	60	61	0	2	35	1.10
188529--188800	38	7.3	38	82	7	276	44	6	2	46	1.43
188529--188801	74	3.7	72	81	10	304	43	6	2	46	1.43
188723--188747	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
188848--188907	24	2.4	25	86	10	88	26	1	26	45	1.63
189056--189131	21	3.5	21	71	13	64	21	7	25	46	1.78
189520--189573	21	2.5	22	85	11	67	20	12	27	38	1.89
189520--189595	18	3.7	21	77	17	79	21	14	23	40	1.90
189563--189609	17	2.7	17	90	3	67	19	14	21	44	1.86
208724--208768	24	2.0	24	86	8	67	57	0	17	24	1.40
210139--210198	30	2.0	31	83	3	77	55	10	6	28	1.58
212821--212845	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
215956--216001	20	2.3	20	88	3	67	36	26	0	36	1.57
217438--217472	9	3.7	9	85	14	52	51	2	2	42	1.31
221594--221696	36	2.9	36	81	5	127	50	21	7	20	1.73
224663--224689	14	1.9	14	100	0	54	14	22	11	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230417--230515	49	2.0	49	98	0	189	24	17	15	43	1.87
231252--232320	537	2.0	540	97	0	2036	26	23	15	35	1.94
233727--233798	30	2.4	30	80	11	76	5	8	23	62	1.45
241692--241775	36	2.3	36	87	4	116	20	26	25	28	1.99
244442--244487	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
244448--244488	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
246776--246815	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
246810--246908	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
246894--246948	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
247344--247399	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80

Tables:   1   2