genome.fa.s731.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000731.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001418_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166303

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332--2385	17	3.4	16	82	12	67	79	1	11	7	1.00
3517--3870	46	7.9	42	74	17	295	28	21	19	30	1.98
3604--3896	48	6.3	48	81	9	331	26	22	18	31	1.97
3517--3853	182	1.9	182	92	2	570	27	21	18	31	1.97
4127--4167	3	13.7	3	85	10	57	34	0	2	63	1.08
4127--4176	12	4.2	12	82	14	50	34	2	2	62	1.18
7822--7892	20	3.7	19	75	18	67	26	4	0	69	1.07
7864--7911	12	3.8	12	78	10	51	33	4	0	62	1.14
8022--8113	26	3.6	25	70	12	71	25	5	0	69	1.09
8195--8228	17	1.9	17	88	5	50	14	8	0	76	1.01
8263--8307	19	2.5	17	82	13	54	20	2	2	75	1.01
10213--10263	27	1.9	26	84	11	68	29	15	5	49	1.68
12509--12775	110	2.5	106	79	7	304	32	22	19	24	1.97
14119--14201	20	4.3	18	72	14	60	36	3	0	60	1.14
14146--14193	2	24.5	2	85	12	64	43	4	0	52	1.20
14128--14195	14	4.4	15	76	18	68	41	2	0	55	1.15
14217--14276	17	3.2	17	70	20	57	30	5	1	63	1.25
14295--14327	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
14216--14299	39	2.2	39	89	6	129	27	4	1	66	1.19
14348--14428	36	2.2	36	85	10	103	22	3	6	67	1.29
14466--14500	18	2.0	18	88	5	54	14	14	0	71	1.15
14562--14587	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14543--14624	19	4.2	20	74	22	57	15	3	4	75	1.11
14552--14621	9	7.3	9	73	17	52	14	2	5	77	1.07
14573--14621	19	2.5	19	87	9	64	12	4	6	77	1.09
14562--14624	20	3.0	21	71	19	60	14	3	4	77	1.05
15087--15168	40	2.0	40	100	0	164	39	9	23	28	1.86
15349--15393	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
20432--20477	23	2.0	24	86	4	67	71	0	0	28	0.86
20417--20481	32	2.0	32	82	5	78	66	0	1	32	1.01
24399--24635	95	2.5	93	84	4	287	40	10	13	35	1.79
26893--26949	3	18.7	3	79	16	55	33	3	0	63	1.12
28692--28754	6	9.8	6	79	19	65	22	3	0	74	0.96
28710--28754	19	2.5	18	85	7	65	17	4	0	77	0.92
28959--29004	19	2.4	18	82	10	56	56	4	4	34	1.39
29317--29345	14	2.1	14	93	6	51	41	0	6	51	1.28
29600--29704	37	2.8	37	77	0	120	41	12	13	32	1.81
30125--30178	22	2.5	22	77	17	58	33	5	0	61	1.19
30195--30235	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
30314--30372	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
30468--30503	18	1.9	19	88	5	56	30	5	0	63	1.17
30540--30582	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
30580--30664	16	5.1	16	68	22	50	18	10	0	70	1.15
34587--35123	183	2.9	183	94	0	914	27	20	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36260--36376	36	3.1	36	70	4	99	27	18	15	38	1.91
36219--36393	72	2.4	75	83	8	209	26	18	13	41	1.87
36235--36430	72	2.7	72	80	10	177	26	17	15	40	1.89
36487--36561	39	1.9	39	83	5	98	26	22	13	37	1.91
36679--36754	36	2.1	36	87	4	109	21	21	15	42	1.89
36464--36779	102	3.1	103	89	2	485	30	20	11	37	1.88
36954--37583	105	6.0	105	88	3	853	33	25	17	22	1.96
38126--38230	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
38992--39027	18	1.9	19	88	5	56	30	5	0	63	1.17
39091--39136	4	11.8	4	84	13	60	17	2	0	80	0.81
40155--40218	31	2.1	31	93	0	110	32	1	7	57	1.37
40458--40506	25	1.9	26	88	12	75	51	0	4	44	1.20
40458--40538	26	3.1	25	78	18	69	50	3	3	41	1.38
40467--40534	25	2.7	25	82	11	68	54	4	4	36	1.41
46591--46620	15	1.9	16	93	6	53	66	10	6	16	1.41
47750--47801	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
47770--47888	24	5.0	24	88	6	161	40	19	17	22	1.91
47806--47906	48	2.1	48	87	3	141	41	19	15	22	1.90
50359--50420	7	8.4	7	86	10	88	25	25	33	14	1.94
50350--50423	15	4.8	15	93	3	121	24	27	33	14	1.94
50432--50465	13	2.5	13	95	4	59	11	23	47	17	1.81
53614--53643	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53728--53776	25	2.0	25	87	0	71	51	6	6	36	1.52
56594--56812	42	5.1	43	77	7	187	31	20	23	24	1.98
56594--56797	86	2.4	85	81	3	232	31	19	23	25	1.98
56633--56812	43	4.2	42	79	8	168	33	18	23	23	1.97
57473--57539	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
59334--59388	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
68839--68908	3	23.0	3	82	8	88	64	0	1	34	1.03
71502--71755	44	5.8	44	75	1	195	35	16	17	30	1.92
71502--71751	132	1.9	132	80	0	293	35	16	17	31	1.92
71851--71899	20	2.5	20	86	0	71	20	16	32	30	1.94
76900--76958	19	3.4	19	71	22	65	15	5	35	44	1.68
76888--76962	33	2.3	33	95	0	132	17	6	32	44	1.75
76900--76951	14	3.4	14	72	23	50	15	5	34	44	1.70
76888--76964	19	4.7	16	71	24	54	16	6	31	45	1.73
78277--78341	9	7.1	9	74	19	55	64	0	0	35	0.94
78294--78363	7	10.3	7	80	13	76	57	0	0	42	0.99
78294--78363	19	3.4	21	81	14	76	57	0	0	42	0.99
78284--78379	33	3.0	31	79	10	95	58	1	0	40	1.05
78334--78407	21	3.6	21	77	10	73	50	2	2	44	1.30
78334--78424	19	4.6	20	73	17	66	50	3	2	43	1.30
78331--78467	20	6.8	21	68	21	71	49	4	2	43	1.34
78331--78467	61	2.2	62	81	13	158	49	4	2	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79732--79774	23	2.0	21	86	9	59	44	4	20	30	1.72
80215--80250	17	2.2	16	90	5	54	0	38	0	61	0.96
81368--81419	2	26.5	2	96	3	97	50	0	0	50	1.00
87489--87518	8	3.8	8	90	0	51	53	10	10	26	1.66
91795--91838	19	2.2	21	84	15	67	56	4	2	36	1.32
91790--91840	20	2.7	19	82	14	70	54	3	1	39	1.30
93127--93189	21	3.0	21	100	0	126	42	28	4	23	1.74
94382--95277	446	2.0	442	91	3	1467	30	16	18	34	1.93
101075--101109	16	2.2	16	100	0	70	45	14	17	22	1.84
108009--108047	20	2.0	20	94	0	69	35	17	15	30	1.91
111026--111050	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
115252--115281	16	1.9	16	93	6	53	20	16	0	63	1.31
116326--116373	13	3.5	13	83	8	51	64	27	0	8	1.22
116337--116382	13	3.5	13	84	3	56	58	26	0	15	1.37
118279--118317	20	2.0	20	89	0	60	25	17	30	25	1.97
122478--122514	20	1.9	20	88	5	58	27	10	2	59	1.44
124256--124281	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
134846--134870	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
135688--135731	20	2.2	20	83	0	52	20	22	25	31	1.98
135807--135920	21	5.4	21	95	0	210	33	26	14	26	1.94
138124--138255	41	3.2	41	66	19	119	23	28	31	16	1.96
138210--138320	55	2.0	55	100	0	222	27	21	34	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138356--138424	15	4.9	15	68	20	58	24	30	31	13	1.93
138334--138426	41	2.3	41	100	0	186	23	31	30	15	1.95
138448--138557	29	3.8	29	100	0	220	16	30	29	23	1.96
138563--138622	23	2.6	23	100	0	120	25	45	6	23	1.77
138733--138784	25	2.1	25	92	0	86	28	9	32	28	1.89
138846--138903	4	14.0	4	75	7	53	63	0	34	1	1.04
138845--138876	17	1.9	16	93	6	55	62	0	37	0	0.95
138846--138903	25	2.3	25	96	0	107	63	0	34	1	1.04
139107--139197	45	2.0	47	87	8	134	41	0	12	46	1.41
141557--141589	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66

Tables:   1   2