genome.fa.s7351.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007351.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019699_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  256012

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5269--5457	40	4.8	40	89	1	272	23	14	26	34	1.93
5290--5440	79	1.9	79	93	0	257	24	14	25	35	1.94
11656--11684	8	3.8	8	95	4	51	51	0	6	41	1.28
11710--11806	36	2.6	37	73	20	96	41	8	5	45	1.56
11895--11924	15	2.0	15	100	0	60	13	40	0	46	1.43
12412--12492	32	2.5	32	92	6	137	22	19	22	35	1.96
24569--24623	4	13.0	4	79	11	56	70	0	1	27	0.97
24567--24613	22	2.1	22	84	7	60	74	0	2	23	0.93
24565--24616	26	2.0	25	85	10	70	75	0	1	23	0.91
24571--24640	9	7.3	9	71	16	52	65	0	1	32	1.01
24653--24698	15	3.1	15	87	12	60	54	6	2	36	1.39
24655--24702	8	6.4	8	81	18	59	50	8	2	39	1.44
24655--24702	23	2.1	22	88	11	71	50	8	2	39	1.44
26244--26293	20	2.4	20	86	6	73	46	14	10	30	1.77
27482--27527	20	2.3	20	82	10	60	34	23	2	39	1.67
34150--34189	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
36419--36455	18	2.1	18	100	0	74	29	0	16	54	1.43
38317--38379	30	2.1	30	85	2	83	28	17	6	47	1.72
39562--40011	149	3.0	149	98	0	855	40	22	13	24	1.89
40998--41027	15	2.0	15	93	0	51	50	6	13	30	1.67
42565--42643	3	26.3	3	85	10	108	65	2	1	30	1.13
46329--46366	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46523--46646	59	2.1	59	90	0	194	29	19	23	28	1.98
53727--53911	59	3.1	59	93	0	307	27	17	23	30	1.97
55804--55850	13	3.7	13	75	13	53	19	10	4	65	1.39
61388--61442	26	2.1	26	83	6	67	16	12	3	67	1.36
64830--64861	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
65356--65415	31	1.9	32	96	3	113	33	1	20	45	1.61
77368--77593	66	3.4	66	83	3	303	36	14	15	33	1.89
89469--89562	29	3.3	27	73	15	73	19	19	19	42	1.89
92680--92727	24	2.0	24	100	0	96	50	12	4	33	1.59
93343--93376	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
93558--93673	59	2.0	59	91	0	187	28	16	24	31	1.96
93550--93685	59	2.3	58	84	5	182	26	17	23	32	1.97
98381--98426	20	2.3	20	85	3	58	39	0	23	36	1.55
98673--98809	3	45.7	3	94	0	238	35	1	0	63	1.04
99283--99331	18	2.7	18	84	9	55	77	8	12	2	1.07
100913--100963	18	2.9	17	72	18	50	25	0	1	72	0.95
111553--111626	13	5.8	13	75	19	59	77	0	18	4	0.93
111560--111626	12	5.4	12	76	16	57	77	0	17	4	0.93
111553--111625	28	2.7	29	81	8	82	76	0	19	4	0.94
111553--111637	28	3.1	25	77	17	73	76	0	20	3	0.93
111965--112006	18	2.5	16	82	14	57	33	4	7	54	1.49
111971--112006	18	2.0	18	94	0	63	30	5	8	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113526--114072	113	4.8	113	93	1	920	37	13	20	28	1.91
113526--114072	226	2.4	226	97	1	1017	37	13	20	28	1.91
114322--114461	3	46.7	3	95	0	253	35	0	0	64	0.99
114935--114983	18	2.7	18	84	9	55	77	8	12	2	1.07
129384--129664	139	2.0	139	97	0	526	35	19	13	31	1.91
130759--130798	20	2.1	19	90	4	62	22	0	2	75	0.93
132427--132457	15	2.1	15	93	0	53	67	6	9	16	1.39
146695--146742	18	2.7	18	93	0	87	33	10	20	35	1.87
147172--147422	54	4.7	53	83	5	263	31	11	17	38	1.87
147155--147422	108	2.5	108	83	2	315	30	11	19	38	1.87
162090--162239	45	3.3	46	91	6	238	35	10	24	30	1.89
173927--174311	139	2.8	138	79	5	391	45	14	12	28	1.81
174339--174385	23	2.0	23	95	0	85	57	4	6	31	1.43
174594--174649	29	1.9	29	82	7	69	62	3	12	21	1.45
177437--177651	20	10.8	19	70	13	112	31	21	10	36	1.87
177437--177626	60	3.2	59	76	10	181	31	21	10	37	1.87
177734--177788	22	2.5	22	84	0	74	16	43	18	21	1.88
178145--178217	34	2.2	34	87	2	103	50	21	10	16	1.75
178173--178281	53	2.0	54	89	1	166	48	19	14	17	1.81
178266--178303	20	1.9	20	89	10	60	34	18	15	31	1.92
179687--179724	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
179924--180212	20	14.5	20	79	8	279	41	11	21	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179896--180208	60	5.2	60	89	1	434	40	11	21	27	1.87
180199--180313	41	2.8	40	78	8	108	26	13	23	36	1.92
181444--181475	9	3.6	9	95	0	55	81	12	0	6	0.87
183707--183825	45	2.6	45	91	0	193	32	10	10	45	1.74
186723--186999	150	1.8	150	80	6	328	39	15	24	20	1.91
188301--188528	64	3.6	63	76	7	210	32	19	19	28	1.96
189676--189802	31	4.1	31	78	6	130	31	16	19	32	1.94
189790--189861	30	2.4	30	92	0	117	23	20	25	30	1.99
193106--193235	64	2.0	64	82	5	156	34	18	18	28	1.95
194431--194557	31	4.1	31	80	6	148	30	17	20	31	1.95
194545--194616	30	2.4	30	92	0	117	23	20	25	30	1.99
196977--197278	86	3.5	86	90	0	471	31	27	20	21	1.98
197408--197574	82	2.0	82	90	2	264	30	23	20	25	1.99
197528--197750	87	2.6	87	80	3	227	39	18	17	25	1.91
198848--198885	8	4.8	8	84	12	51	84	0	15	0	0.63
199423--199452	15	1.9	16	93	6	53	6	13	20	60	1.55
199604--199738	45	3.0	45	88	0	207	33	9	11	45	1.72
199919--199948	13	2.3	13	94	0	51	23	0	0	76	0.78
208447--208510	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
208723--208751	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
209881--209934	3	16.3	3	78	17	54	70	0	1	27	0.98
209864--209934	10	7.1	10	80	12	74	73	0	2	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209868--209934	24	2.9	23	86	4	98	73	0	2	23	0.97
210070--210095	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
209941--210282	39	9.0	39	83	9	399	45	5	4	44	1.49
209941--210261	116	2.9	113	82	11	376	45	5	4	43	1.48
210147--210211	12	5.2	12	72	20	53	47	6	6	40	1.53
210047--210303	116	2.2	116	89	4	394	45	6	5	42	1.53
210905--211873	84	11.6	83	77	4	867	24	20	24	30	1.99
210906--211846	169	5.6	169	84	2	1096	24	19	24	30	1.98
218492--218568	7	10.7	7	78	15	77	77	0	1	20	0.83
218492--218568	23	3.6	21	78	18	79	77	0	1	20	0.83
218492--218568	16	4.8	16	77	19	79	77	0	1	20	0.83
218492--218568	4	20.2	4	75	17	67	77	0	1	20	0.83
218492--218570	19	4.4	19	79	16	71	77	0	1	21	0.84
218496--218570	22	3.5	22	77	15	84	77	0	1	21	0.85
218574--218783	37	5.9	36	76	18	178	45	5	4	44	1.47
218683--218745	27	2.3	27	94	0	108	47	6	3	42	1.44
218705--218783	38	2.1	38	92	0	131	45	6	5	43	1.51
218743--218811	27	2.5	27	90	2	111	46	5	5	42	1.52
218651--218866	65	3.3	65	84	10	266	44	6	4	44	1.49
218770--218842	37	1.9	38	86	5	103	43	5	6	43	1.54
218850--218895	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
219007--219057	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220746--220784	20	1.9	21	89	5	62	69	0	0	30	0.89
221956--221995	21	1.9	21	89	0	62	40	7	15	37	1.75
224868--224910	13	3.2	13	75	12	50	46	11	4	37	1.61
224873--224921	15	3.4	15	75	11	57	44	14	6	34	1.70
226284--226350	22	3.0	22	83	12	84	43	1	2	52	1.25
232347--232460	42	2.7	42	76	6	108	34	21	17	26	1.96
232455--232568	58	2.0	58	84	3	149	40	14	10	35	1.80
233265--233319	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
235898--235939	15	3.0	14	83	16	52	38	4	0	57	1.20
238319--238349	13	2.4	13	94	0	53	29	9	35	25	1.88

Tables:   1   2