genome.fa.s737.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  278038

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320--489	73	2.3	73	94	1	295	41	25	18	14	1.88
301--463	20	8.5	20	81	8	160	41	25	17	14	1.88
363--480	34	3.3	34	75	15	139	38	26	20	14	1.91
825--890	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
1078--1130	20	2.7	20	96	0	97	22	20	18	37	1.94
1127--1172	21	2.2	21	88	7	67	41	17	23	17	1.90
4406--4456	21	2.4	21	96	0	93	41	3	35	19	1.70
4985--5045	25	2.4	26	91	2	97	26	24	19	29	1.99
18127--18237	40	2.8	40	81	4	125	31	19	11	36	1.88
18155--18217	20	3.2	20	70	20	60	26	20	14	38	1.91
18168--18238	20	3.6	19	68	22	56	30	18	12	38	1.88
19175--19228	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
21498--21533	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
21995--22162	64	2.6	64	95	0	291	54	16	1	27	1.53
23504--23601	21	4.7	21	81	0	106	23	18	35	22	1.95
23504--23597	42	2.2	42	88	0	143	22	19	36	22	1.95
23894--24016	63	2.0	63	83	3	158	30	33	14	21	1.94
23894--24053	63	2.5	62	80	7	155	29	33	14	22	1.93
24007--24056	21	2.4	21	82	0	64	32	30	14	24	1.94
25658--25700	20	2.2	19	87	4	59	13	18	20	46	1.83
25674--25712	20	2.0	20	84	0	51	20	12	17	48	1.80
26201--26238	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26272--26310	20	2.0	20	94	0	69	23	20	23	33	1.97
26316--26356	21	2.0	21	85	4	57	39	17	19	24	1.92
26321--26364	20	2.1	21	83	4	54	31	20	18	29	1.96
30652--30682	15	2.1	15	93	0	53	16	38	19	25	1.92
35158--35406	21	12.0	21	72	13	185	21	18	24	35	1.96
35184--35403	42	5.3	41	94	1	361	20	18	24	36	1.95
36022--36199	83	2.2	82	95	3	322	35	24	19	20	1.95
36047--36224	21	8.6	21	75	13	163	34	25	19	19	1.96
36022--36199	42	4.3	42	95	2	326	35	24	19	20	1.95
36233--36285	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
38920--39530	262	2.4	258	82	10	691	30	9	17	42	1.81
39392--39417	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39840--39887	18	2.8	17	71	6	51	29	27	6	37	1.81
42506--42583	35	2.2	35	90	0	120	32	5	16	46	1.69
43277--43304	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
49081--49124	22	2.0	22	86	0	61	43	13	20	22	1.87
52669--52726	29	2.0	29	100	0	116	41	13	20	24	1.89
56791--56825	18	1.9	18	100	0	70	28	34	5	31	1.81
58845--58964	57	2.1	57	82	3	143	31	18	20	30	1.96
59024--59094	28	2.5	28	93	0	124	30	23	18	26	1.97
61168--61206	20	2.1	18	85	9	51	48	0	2	48	1.15
63408--63485	21	3.7	22	77	16	85	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63421--63466	13	3.5	13	76	23	51	39	0	0	60	0.97
63383--63477	27	3.6	27	77	16	83	40	0	0	60	0.97
69921--69971	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
69921--70239	20	15.6	20	78	8	140	38	19	23	19	1.94
70025--70239	104	2.1	103	88	0	313	35	18	25	20	1.95
70046--70237	40	4.7	40	83	5	222	35	17	25	21	1.95
70066--70228	83	2.0	84	88	1	247	35	17	25	20	1.95
70230--70267	20	1.9	20	88	0	58	47	18	21	13	1.82
70345--70382	6	6.5	6	96	3	69	31	52	15	0	1.43
70631--70669	21	1.9	20	84	5	51	51	2	0	46	1.14
71061--71121	6	10.5	6	92	7	108	0	16	50	32	1.45
71196--71239	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
71226--71523	20	14.6	20	77	7	134	17	24	19	38	1.92
71228--71398	40	4.2	40	82	4	207	19	27	16	36	1.93
71226--71419	63	3.1	63	85	2	250	19	27	17	36	1.94
71473--71523	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
72729--72769	19	2.2	19	100	0	82	24	4	17	53	1.63
73593--73674	29	2.8	29	90	5	121	41	9	14	34	1.79
76546--76667	57	2.1	58	95	1	219	31	20	6	40	1.78
78409--78491	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
88952--89000	24	2.0	24	84	8	62	36	10	20	32	1.86
89258--89297	14	2.9	14	88	7	55	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89890--89933	22	2.0	23	86	13	65	59	0	4	36	1.18
91503--91535	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
93014--93058	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
93828--93983	31	5.0	31	91	1	242	20	20	22	36	1.95
98625--98667	16	2.7	17	79	13	56	27	16	16	39	1.90
98697--98730	16	2.1	16	88	5	50	32	14	17	35	1.91
99989--100028	21	1.9	21	94	0	71	30	2	17	50	1.59
109547--109579	15	2.2	15	94	0	57	6	18	66	9	1.40
111104--111158	23	2.3	24	81	9	60	60	5	1	32	1.30
114788--115369	200	2.9	204	83	7	671	37	20	18	23	1.94
116170--116201	6	5.3	6	100	0	64	0	53	15	31	1.43
120821--120976	30	5.1	30	83	13	185	47	0	1	50	1.12
120844--120976	15	8.5	15	81	11	160	47	0	1	51	1.10
120821--121002	52	3.9	46	75	15	178	46	0	3	50	1.20
120970--121042	22	3.3	22	72	16	62	28	0	16	54	1.42
121026--121625	32	20.7	32	73	21	531	34	0	11	53	1.40
121059--121101	22	2.0	22	95	0	77	34	2	13	48	1.56
121031--121593	54	9.9	54	83	10	671	34	0	11	53	1.40
121158--121485	90	3.7	88	79	14	395	32	0	12	54	1.39
121086--121539	122	3.9	118	90	5	633	34	0	11	54	1.37
121411--121453	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
121550--121603	14	3.6	14	72	18	54	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121605--121647	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
121493--121657	86	1.9	86	93	2	287	36	0	8	55	1.31
121171--121657	122	4.2	114	77	13	251	34	0	11	54	1.36
121842--121895	21	2.6	21	91	2	83	24	24	31	20	1.98
121839--121906	20	3.3	21	87	4	95	25	25	30	19	1.98
124232--124281	23	2.2	23	88	0	73	38	6	22	34	1.78
124375--124870	198	2.5	198	83	6	578	30	15	15	38	1.89
128029--128608	201	2.9	198	80	5	697	31	14	16	37	1.88
129656--129690	12	2.9	12	91	0	52	25	31	2	40	1.70
130830--130882	15	3.5	15	92	0	88	32	3	47	16	1.65
131299--132169	198	4.4	198	86	5	1179	31	14	16	37	1.89
131299--132169	394	2.2	392	87	5	1218	31	14	16	37	1.89
133932--133962	15	2.0	16	93	6	55	6	38	0	54	1.26
134298--134328	15	2.1	15	93	0	53	16	51	12	19	1.76
134721--134932	102	2.1	102	92	3	356	27	22	15	34	1.94
136604--137250	182	3.6	182	86	0	875	27	15	13	44	1.83
138272--138299	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
141142--141179	20	1.9	19	89	5	58	34	15	23	26	1.95
141349--141379	16	1.9	16	100	0	62	25	12	19	41	1.87
147907--148256	131	2.7	132	86	2	515	37	16	21	24	1.93
149181--149256	40	1.9	40	100	0	152	35	9	34	21	1.85
154555--154631	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154508--154631	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
154594--154735	70	2.0	71	95	4	261	28	26	21	23	1.99
155576--155633	5	10.8	5	78	14	62	6	22	51	18	1.70
155569--155633	22	3.0	22	100	0	130	9	23	49	18	1.76
155630--155720	9	9.7	9	77	7	83	28	29	26	15	1.96
155632--155720	19	4.7	19	81	9	101	29	30	24	15	1.96
162859--162955	19	5.1	19	80	10	108	27	29	25	16	1.97
162857--162954	9	10.3	9	73	11	63	27	29	27	15	1.96
162901--162975	29	2.5	31	85	8	111	29	24	26	20	1.99
164588--164636	17	2.9	17	100	0	98	10	22	48	18	1.77

Tables:   1   2