genome.fa.s7373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007373.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019789_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  561090

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11202--11419	93	2.3	94	84	6	273	32	16	24	25	1.96
11859--12159	45	6.7	45	82	3	329	39	9	21	29	1.85
11857--12159	135	2.2	133	84	4	367	39	9	21	29	1.85
18211--18257	20	2.6	18	80	16	53	31	14	29	23	1.95
18646--18947	45	6.7	45	83	0	363	38	11	21	28	1.88
18707--18986	90	3.1	89	81	9	309	39	10	20	30	1.85
18646--18986	135	2.5	135	81	2	373	38	10	21	29	1.86
23469--23506	6	6.3	6	82	11	51	81	2	15	0	0.80
23530--23573	5	8.8	5	83	16	56	79	0	20	0	0.73
23535--23571	19	2.0	18	94	5	65	78	0	21	0	0.75
23530--23575	11	4.0	11	86	10	65	78	0	21	0	0.76
23753--23788	14	2.6	15	83	16	51	16	38	0	44	1.48
28126--28391	44	6.0	45	88	2	360	39	7	21	30	1.82
28108--28391	89	3.2	90	84	6	370	39	7	21	30	1.82
28126--28379	133	1.9	135	90	3	406	39	8	21	30	1.83
28801--28868	25	2.7	26	81	4	75	25	13	16	45	1.83
30661--30694	13	2.6	13	85	0	50	41	17	23	17	1.90
31167--31308	47	3.1	47	90	2	225	33	19	6	40	1.76
33986--34031	22	2.0	23	83	4	58	47	0	17	34	1.48
35775--35862	30	2.9	29	81	8	95	31	19	20	28	1.97
36888--36942	23	2.6	20	78	15	65	20	27	25	27	1.99
36898--36941	23	1.9	23	95	0	79	20	31	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45405--45454	25	2.0	26	88	4	75	44	12	8	36	1.71
46022--46089	24	2.8	24	86	0	91	52	17	10	19	1.72
47340--47375	17	2.1	18	89	5	56	33	19	8	38	1.82
47485--47516	12	2.7	12	100	0	64	34	15	25	25	1.95
48650--48748	44	2.2	45	92	3	164	42	8	22	27	1.81
49015--49043	14	2.0	15	93	6	51	10	0	27	62	1.28
50066--50110	19	2.4	19	96	0	81	37	26	15	20	1.92
52479--52517	17	2.3	17	90	0	60	35	15	7	41	1.76
55793--56063	66	4.0	67	75	11	246	24	10	35	28	1.89
57025--57066	17	2.5	17	77	11	50	59	0	11	28	1.33
63202--63260	23	2.6	22	72	17	57	62	5	10	22	1.46
63738--63785	24	2.0	24	95	0	87	37	16	18	27	1.92
67618--67662	23	2.0	23	86	0	63	55	4	8	31	1.51
69921--69969	24	2.0	24	88	0	71	38	26	12	22	1.89
71511--71543	17	1.9	17	93	0	57	57	12	0	30	1.35
79440--79482	18	2.3	18	88	4	59	81	0	6	11	0.87
79447--79482	10	3.7	10	96	3	65	83	0	5	11	0.80
92724--92805	21	3.9	21	95	0	146	20	6	20	52	1.68
92849--92912	27	2.4	27	94	0	110	39	1	23	35	1.64
92979--93276	42	7.0	42	79	4	260	24	23	19	33	1.97
93002--93251	83	3.0	85	83	7	285	24	23	19	32	1.97
92986--93251	42	6.3	43	81	3	263	24	23	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93605--93670	29	2.2	30	92	7	109	36	7	12	43	1.70
97912--97941	13	2.3	13	94	0	51	13	36	6	43	1.70
106331--106457	66	1.9	66	85	0	173	18	17	23	40	1.91
112451--112487	18	2.1	18	100	0	74	10	5	45	37	1.62
114574--114614	20	2.0	20	86	9	57	68	0	2	29	1.03
116932--116977	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
127438--127464	14	1.9	14	100	0	54	14	44	3	37	1.63
128773--128814	17	2.4	17	88	8	57	11	0	4	83	0.79
128787--128819	16	2.0	17	88	5	50	12	0	9	78	0.95
129572--129693	2	61.0	2	100	0	244	50	0	0	50	1.00
138249--138369	59	2.1	59	90	0	188	26	16	23	33	1.95
142643--142764	60	2.1	59	88	1	181	26	17	22	33	1.96
145457--145481	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
147546--147648	51	2.0	51	84	1	134	57	11	13	17	1.65
147577--147673	51	1.9	50	85	6	133	53	12	15	18	1.72
148861--149020	67	2.4	67	84	0	203	38	15	20	25	1.92
155609--155633	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
157056--157124	34	2.0	34	91	0	111	30	23	17	28	1.97
157084--157250	79	2.1	79	85	0	226	30	23	19	26	1.98
157210--157287	37	2.1	37	85	4	104	34	19	17	28	1.95
157131--157363	116	2.0	116	88	1	342	31	23	20	24	1.98
157371--157979	134	4.6	134	90	1	918	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157371--157925	267	2.1	268	92	0	923	30	23	17	27	1.97
163595--163627	10	3.4	10	83	8	50	69	0	3	27	1.03
163580--163630	19	2.7	19	90	3	86	66	0	7	25	1.18
165183--165278	2	49.5	2	93	6	171	48	0	0	51	1.00
165917--166040	65	1.9	66	84	1	169	41	16	13	28	1.87
165917--166083	34	5.0	34	74	6	135	37	17	14	30	1.90
166959--167138	29	6.2	29	81	4	177	32	1	17	49	1.54
166959--167135	57	3.1	58	76	7	162	31	1	17	49	1.54
166967--167105	28	4.9	28	76	10	88	31	1	15	51	1.52
167827--167902	24	3.2	24	77	1	73	28	13	17	40	1.87
173647--173728	28	2.9	28	80	12	96	32	3	9	53	1.51
173611--173805	29	6.9	28	82	8	173	31	3	14	50	1.59
174521--174578	24	2.4	25	80	8	75	31	6	18	43	1.77
178691--178764	22	3.7	20	77	8	69	25	27	14	32	1.95
179146--179192	22	2.1	22	100	0	94	42	17	8	31	1.79
185072--185378	79	3.9	79	92	0	490	28	25	10	35	1.89
185072--185378	157	2.0	157	92	0	506	28	25	10	35	1.89
185864--185937	20	3.7	20	75	8	60	25	28	14	31	1.95
187861--188102	79	3.1	79	89	3	346	37	10	23	28	1.89
188322--188440	55	2.2	55	93	1	204	35	12	23	28	1.91
190518--190567	25	2.1	23	82	17	59	52	0	0	48	1.00
190509--190576	25	2.7	23	76	19	55	55	1	1	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192298--192653	116	3.1	116	93	0	595	27	20	20	32	1.97
192524--192585	21	3.0	21	69	9	63	20	20	24	33	1.97
192453--192843	190	2.1	190	92	0	649	29	20	19	30	1.97
192559--192727	74	2.3	74	95	0	302	30	21	19	28	1.98
192633--193197	116	4.9	116	90	1	864	27	21	20	30	1.98
192327--192956	306	2.1	306	90	0	981	28	20	19	30	1.97
193055--193117	21	2.9	23	68	15	62	17	23	23	34	1.96
193856--193910	22	2.5	22	87	0	74	40	10	12	36	1.79
194237--194390	54	2.8	53	85	5	184	25	27	12	34	1.93
197269--197341	5	14.4	5	73	18	62	2	17	0	79	0.85
197274--197312	21	1.9	21	94	5	71	2	15	0	82	0.79
197267--197341	26	2.9	26	82	11	84	4	17	0	78	0.90
197268--197326	21	2.9	21	80	14	70	3	15	0	81	0.82
197633--197662	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
197816--197850	15	2.2	17	90	10	56	0	17	0	82	0.66
202710--202758	25	2.1	23	82	17	57	51	0	2	46	1.12
205815--205852	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
209607--209683	13	5.4	13	71	19	64	16	44	22	16	1.87
209602--209661	18	3.6	18	74	21	76	18	48	21	11	1.80
209602--209667	31	2.1	31	94	0	114	18	46	21	13	1.83
209643--209702	8	7.5	8	78	21	56	16	38	23	21	1.93
209638--209683	13	3.4	13	82	11	65	15	43	23	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209656--209703	10	5.6	9	85	14	50	18	35	22	22	1.96
210971--211011	18	2.3	18	86	0	55	53	2	17	26	1.56
211934--212032	47	2.1	47	100	0	198	25	17	14	43	1.86
212155--212269	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
212206--212279	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
214393--214469	13	5.4	13	71	19	64	16	44	22	16	1.87
214388--214447	18	3.6	18	74	21	76	18	48	21	11	1.80
214388--214453	31	2.1	31	94	0	114	18	46	21	13	1.83
214429--214488	8	7.5	8	78	21	56	16	38	23	21	1.93
214424--214469	13	3.4	13	82	11	65	15	43	23	17	1.87

Tables:   1   2