genome.fa.s7386.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007386.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019862_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  903698

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726680--726786	48	2.2	48	100	0	214	41	0	11	47	1.39
726710--726788	24	3.5	22	70	20	72	40	0	11	48	1.39
726861--726946	21	4.2	20	65	18	52	41	0	12	45	1.42
726854--726950	11	8.1	12	69	20	53	43	0	12	44	1.42
726861--726975	60	1.9	60	100	0	230	41	0	11	46	1.39
727977--728021	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
729704--729918	103	2.1	103	93	0	367	26	13	23	36	1.92
729935--730002	23	3.0	23	84	0	82	20	23	26	29	1.99
732621--732669	22	2.2	22	96	0	89	38	14	2	44	1.56
732613--732738	30	4.4	30	74	21	103	45	10	1	42	1.47
732619--732699	22	3.3	22	68	23	63	41	12	1	44	1.50
732986--733079	29	3.0	29	79	11	98	50	8	0	41	1.33
732985--733039	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
733028--733091	31	1.9	31	84	12	83	43	7	0	48	1.32
733274--733318	15	3.1	15	80	3	56	0	42	2	55	1.12
733568--733622	28	2.0	27	86	6	76	41	23	30	3	1.72
733627--733738	29	3.9	29	95	3	199	17	28	38	15	1.90
734398--734439	15	2.5	17	88	11	61	59	0	0	40	0.97
735016--735219	72	2.7	72	85	8	241	45	2	10	41	1.52
735088--735303	80	2.5	84	81	13	271	46	2	8	42	1.46
735132--735303	90	1.9	90	88	3	258	47	2	8	41	1.47
739445--739469	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741568--741618	23	2.2	23	100	0	102	25	7	52	13	1.67
744895--744958	24	2.7	24	80	0	65	21	10	15	51	1.74
749254--749409	65	2.4	65	86	1	206	28	23	17	30	1.97
751319--751358	21	1.9	21	90	10	64	55	0	7	37	1.29
753363--753405	21	2.0	21	100	0	86	32	20	9	37	1.85
756589--756744	65	2.4	64	86	5	199	26	21	20	30	1.98
767519--767567	18	2.7	18	96	0	89	24	18	16	40	1.90
775533--775632	52	2.0	49	90	9	159	33	16	24	27	1.95
778694--778742	21	2.3	21	96	0	89	51	26	18	4	1.64
786283--786322	3	13.3	3	89	0	62	2	30	0	67	1.04
786283--786321	15	2.6	15	95	0	69	2	28	0	69	1.02
790364--790459	42	2.3	41	82	10	117	38	17	14	29	1.90
790463--790823	73	4.9	73	89	1	535	40	17	10	32	1.83
792856--792888	8	4.2	8	92	3	50	9	12	0	78	0.95
797825--798059	82	3.0	76	75	16	212	32	17	19	30	1.95
797806--798354	83	6.7	82	77	10	516	33	17	19	29	1.95
799204--799255	26	2.0	26	84	3	68	59	19	1	19	1.47
799314--799373	32	1.9	31	93	3	102	58	21	3	16	1.53
799953--799991	18	2.2	18	90	4	62	64	7	15	12	1.49
800166--800217	23	2.2	24	82	3	61	11	48	7	32	1.68
800179--800229	20	2.5	20	83	3	57	15	45	5	33	1.71
802392--802448	24	2.4	24	85	5	71	59	1	1	36	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803307--803364	23	2.8	21	80	16	68	29	0	0	70	0.87
806597--806874	135	2.1	135	97	1	531	28	7	2	62	1.35
806973--807075	14	7.4	14	70	10	50	12	6	5	74	1.19
806963--807027	21	3.1	21	78	10	71	10	4	7	76	1.13
807007--807070	14	4.5	15	75	11	55	10	9	4	75	1.19
816476--816575	50	2.0	49	96	1	182	30	14	21	35	1.92
817283--817345	6	10.8	6	77	13	53	84	1	12	1	0.78
817284--817344	5	12.8	5	78	15	51	83	1	13	1	0.79
817384--817430	14	3.3	14	85	5	58	78	2	19	0	0.85
818291--818517	124	1.8	124	89	1	357	32	22	17	28	1.96
818415--818696	107	2.6	109	83	2	354	32	23	17	26	1.96
818526--819114	244	2.4	241	83	4	772	34	22	16	26	1.95
821021--821068	21	2.3	22	86	13	66	8	4	10	77	1.12
821021--821068	20	2.3	21	86	13	64	8	4	10	77	1.12
821039--821086	23	2.1	22	81	11	53	8	6	8	77	1.14
827467--827511	21	2.1	21	95	0	81	51	20	11	17	1.75
827644--827688	21	2.1	21	95	0	81	51	20	11	17	1.75
827433--827786	177	2.0	177	100	0	708	33	22	14	29	1.94
829811--829855	21	2.1	21	91	0	72	51	22	11	15	1.75
836044--836114	36	2.0	36	89	8	110	18	30	29	21	1.97
836538--836610	23	3.2	22	70	14	67	41	6	19	32	1.78
836522--836624	46	2.3	46	91	5	167	43	5	17	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836773--836862	38	2.4	38	88	0	135	23	23	27	25	2.00
842981--843032	21	2.5	21	96	0	95	9	34	28	26	1.88
843455--843529	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
843437--843541	46	2.3	46	95	1	185	42	6	18	32	1.76
843703--843785	38	2.2	38	86	4	114	21	26	27	24	1.99
848001--848107	56	1.9	55	84	9	144	30	22	19	27	1.98
848088--848136	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
852614--852863	88	2.8	89	83	2	317	29	19	19	32	1.96
853341--853438	19	5.4	19	68	18	64	52	0	5	42	1.23
853338--853488	71	2.1	72	89	4	227	52	0	5	42	1.24
853376--853489	19	6.3	18	71	12	83	50	0	7	42	1.29
853519--853550	3	10.7	3	93	0	55	34	0	3	62	1.11
853391--853517	51	2.3	54	84	11	154	49	0	7	43	1.30
854097--854148	13	3.2	18	70	27	53	57	32	0	9	1.31
854097--854154	31	1.9	30	92	3	98	58	32	0	8	1.28
858055--858121	24	2.8	24	65	17	57	26	14	14	43	1.85
863244--863273	16	1.9	15	93	6	51	33	6	20	40	1.78
863704--863766	29	2.1	29	82	2	72	53	4	12	28	1.58
873443--873474	11	2.9	11	95	0	55	15	9	6	68	1.36
874481--874532	26	2.1	23	82	10	59	63	0	15	21	1.31
877684--877721	19	2.0	19	89	0	58	47	0	44	7	1.32
877992--878125	32	4.1	34	84	8	163	29	13	2	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878000--878125	66	2.0	65	84	7	168	29	13	3	53	1.55
879100--879149	5	9.8	5	84	4	64	16	4	2	78	1.00
879109--879149	16	2.7	15	85	7	55	19	4	0	75	0.98
879105--879150	21	2.2	21	92	0	74	17	4	0	78	0.91
890654--890708	23	2.4	23	90	6	85	78	1	12	7	1.04
890668--890703	16	2.1	18	90	10	58	77	2	11	8	1.08
893103--893233	34	3.9	33	87	4	167	25	13	3	57	1.53
893685--893794	54	2.0	54	100	0	220	28	23	7	40	1.81

Tables:   1   2   3

The End!