genome.fa.s739.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000739.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  225954

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483--2530	20	2.3	20	92	3	78	39	14	10	35	1.80
8840--8959	42	2.9	42	91	2	179	19	15	16	49	1.80
9150--9193	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
9133--9309	29	6.3	30	67	26	95	46	0	1	51	1.12
9312--9356	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
9395--9465	33	2.3	32	81	15	87	49	5	0	45	1.26
9664--9697	14	2.4	14	90	0	50	38	20	17	23	1.93
9699--9742	15	3.0	15	76	6	54	31	18	6	43	1.76
10315--10349	3	11.7	3	87	0	52	65	0	31	2	1.07
11210--11251	21	2.0	21	90	4	68	33	2	0	64	1.07
17290--17362	35	2.1	35	100	0	146	27	28	13	30	1.94
18204--18243	21	1.9	21	84	0	53	37	10	2	50	1.50
29646--29678	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
30083--30117	18	1.9	18	94	0	61	25	22	22	28	1.99
31082--31176	31	3.1	31	78	3	102	34	20	17	27	1.95
32369--32471	45	2.3	44	85	6	127	29	15	16	38	1.89
35726--35797	30	2.4	31	83	2	83	36	26	18	19	1.94
35756--35850	31	3.1	31	78	3	102	34	20	17	27	1.95
37021--37072	20	2.7	19	90	3	77	28	28	17	25	1.97
38161--38245	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
41553--41586	12	2.8	12	90	4	50	64	5	2	26	1.30
43037--43098	31	2.0	31	81	3	72	41	4	9	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43639--43669	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
47083--47150	27	2.6	27	93	4	113	30	10	16	42	1.81
50848--50915	27	2.6	27	93	4	113	32	11	14	41	1.82
53989--54089	31	3.2	31	76	5	105	36	2	8	51	1.49
54006--54047	22	1.9	22	85	9	59	33	2	11	52	1.51
54645--54669	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
57072--57269	40	4.9	40	86	9	269	20	19	24	34	1.96
57072--57269	81	2.4	80	87	9	269	20	19	24	34	1.96
57214--57309	21	4.6	21	79	6	88	17	18	27	36	1.94
57422--57448	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
58093--58161	20	3.4	20	74	4	66	43	24	17	14	1.86
58086--58186	41	2.5	41	91	0	175	39	24	16	18	1.91
58113--58182	21	3.4	21	74	4	79	38	27	14	20	1.91
58219--58324	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
58226--58328	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
58226--58332	21	5.2	21	69	4	92	38	27	18	15	1.91
58086--58356	142	1.9	142	91	1	445	35	22	21	20	1.96
59039--59214	41	4.4	39	72	9	129	39	24	18	18	1.92
59161--59390	20	11.5	20	82	5	205	37	24	17	19	1.93
60072--60118	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
60293--60317	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
62598--62871	19	15.4	19	81	15	354	47	17	20	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62626--62890	52	5.0	52	89	8	351	46	16	22	14	1.84
62899--62943	19	2.4	19	96	0	81	17	20	17	44	1.87
62908--62951	19	2.3	19	92	0	70	18	20	15	45	1.85
63050--63086	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
65054--65110	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
65035--65127	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
64998--65132	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
65128--65240	19	6.5	19	74	19	120	7	17	28	46	1.74
65128--65219	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
65158--65256	19	5.4	18	76	12	80	9	18	27	45	1.79
65304--65677	93	4.1	93	97	2	702	46	18	12	21	1.83
65304--65677	185	2.0	185	96	2	700	46	18	12	21	1.83
67380--67469	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
67372--67486	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
67394--67491	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
67503--67559	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
67517--67605	19	4.9	19	72	15	80	11	23	21	43	1.84
67487--67605	33	3.4	33	88	6	157	10	22	22	44	1.82
67697--67767	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
67949--68003	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
68154--68343	20	9.4	20	79	5	195	20	19	24	36	1.95
68154--68323	60	2.8	60	84	0	232	20	19	24	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68149--68464	60	5.2	60	77	8	223	20	18	24	36	1.95
68310--68407	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
68310--68466	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
68310--68466	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
72739--72785	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
72781--72933	21	7.6	20	80	3	146	36	16	22	23	1.94
72760--73078	41	7.8	40	84	3	246	28	19	20	32	1.96
72781--73091	20	15.3	21	81	5	219	30	18	19	31	1.96
72781--72933	62	2.5	61	82	3	209	36	16	22	23	1.94
72766--73091	82	4.0	82	78	4	277	29	18	19	31	1.96
72890--73090	20	9.9	20	85	5	255	25	20	18	35	1.95
76559--76593	14	2.5	14	90	0	61	45	20	0	34	1.51
78433--78526	19	4.8	20	78	6	102	51	17	18	13	1.77
78433--78526	39	2.4	39	87	1	125	51	17	18	13	1.77
78556--78599	19	2.3	19	92	0	70	11	18	27	43	1.84
78566--78627	19	3.2	19	90	4	97	8	22	19	50	1.74
78718--79092	187	2.0	184	90	5	596	47	18	12	21	1.81
78718--79092	94	4.1	94	92	3	602	47	18	12	21	1.81
80779--80924	19	8.1	19	74	17	141	45	19	23	11	1.83
80779--80902	33	3.5	33	86	7	158	45	20	23	11	1.83
80779--80919	52	2.7	52	80	14	164	46	19	22	11	1.82
81508--81556	20	2.5	20	86	6	64	22	18	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81553--81598	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
82514--82589	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
82982--83229	130	1.9	130	91	0	406	35	14	13	35	1.86
82996--83260	130	2.0	129	80	4	291	39	13	13	33	1.84
91163--91201	19	2.0	20	85	14	55	12	7	7	71	1.29
94917--94946	11	2.6	12	94	5	53	46	3	0	50	1.18
100236--100286	25	2.2	23	82	10	59	78	1	3	15	0.99
100259--100310	20	2.7	19	82	11	61	78	5	3	11	1.05
100604--100630	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
100912--100958	7	6.4	7	77	18	51	70	0	0	29	0.88
100914--100960	13	3.8	13	78	15	55	68	0	0	31	0.90
101112--101137	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101520--101617	37	2.6	37	83	0	115	33	14	11	40	1.81
107229--107255	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
107704--107835	59	2.2	59	82	7	153	37	13	10	38	1.80
107998--108038	21	2.0	21	100	0	82	46	4	4	43	1.46
108437--108495	28	2.1	27	81	9	66	40	5	6	47	1.52
112941--113191	126	2.0	125	97	2	477	33	11	11	43	1.77
117794--118228	217	2.0	218	95	4	792	31	15	19	33	1.93
121329--121378	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
130333--130464	65	2.0	66	98	1	257	33	18	18	29	1.95
133669--133699	13	2.3	14	94	5	55	19	45	0	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134336--134389	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
136656--136689	6	5.7	6	85	0	50	61	17	2	17	1.46
138526--138596	21	3.4	21	92	0	115	18	19	38	23	1.93
138526--138617	42	2.2	40	86	3	121	19	19	36	23	1.95
139190--139286	42	2.3	42	85	0	131	18	16	35	29	1.93
148076--148249	20	8.6	20	87	3	260	38	20	20	20	1.94
148236--148282	20	2.3	20	92	0	76	31	27	19	21	1.97
149102--149155	24	2.2	24	86	0	72	24	18	16	40	1.90
151576--151644	20	3.4	21	88	7	108	34	26	21	17	1.95
151693--151788	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88

Tables:   1   2