genome.fa.s7494.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007494.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020729_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265578

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778--854	12	6.5	11	89	4	64	70	0	0	29	0.88
797--866	3	23.3	3	91	5	115	67	0	0	32	0.91
1430--1665	117	2.0	116	86	7	327	37	7	25	28	1.84
2454--2509	28	2.0	28	92	0	94	26	26	19	26	1.99
2957--3166	42	4.9	43	85	4	264	38	20	20	20	1.94
6137--6191	2	27.5	2	89	7	85	47	3	0	49	1.19
9325--9406	34	2.4	32	75	16	76	7	18	0	74	1.04
10183--10295	41	2.8	40	77	6	111	34	19	20	25	1.96
9988--10794	239	3.2	255	84	5	1004	33	17	16	31	1.93
10588--10619	15	2.0	17	88	11	50	37	6	6	50	1.53
10320--10896	239	2.4	237	86	2	778	34	16	15	32	1.91
10693--10789	42	2.3	42	82	1	115	31	21	23	22	1.98
12510--12549	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
12547--12577	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
26127--26299	47	3.8	46	87	6	239	40	6	20	32	1.78
26799--26829	7	4.4	7	95	0	53	19	32	12	35	1.90
26988--27069	41	2.0	41	97	0	155	36	8	14	40	1.77
29557--29641	31	2.7	31	76	8	82	12	27	31	28	1.93
35204--35446	26	9.0	28	80	13	210	46	1	7	44	1.40
35207--35455	27	9.3	26	79	14	165	46	1	8	43	1.42
35286--35368	2	42.0	2	89	7	125	48	0	2	49	1.14
35361--35446	31	2.9	31	83	13	110	46	1	9	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35399--35465	31	2.2	31	83	5	82	50	1	8	38	1.43
35448--35551	38	2.9	35	78	17	115	50	0	5	43	1.26
35461--35551	37	2.4	38	77	15	109	50	0	5	43	1.25
37606--37668	2	31.5	2	96	0	117	47	0	0	52	1.00
38392--38431	17	2.2	19	86	8	57	37	0	5	57	1.21
45328--45367	20	2.0	20	90	4	64	37	0	7	55	1.29
45533--45718	74	2.5	74	86	5	250	29	28	18	23	1.98
51194--51275	21	3.9	21	77	7	78	24	26	15	32	1.95
51238--51295	23	2.6	22	86	7	82	25	27	13	32	1.94
52801--55944	55	57.1	55	88	1	4476	29	21	19	30	1.97
56253--56420	28	6.3	28	80	14	205	47	1	9	41	1.44
56335--56371	2	17.5	2	89	10	56	48	0	5	45	1.25
56358--56420	29	2.2	28	94	2	108	47	1	9	41	1.45
56282--56442	74	2.2	72	87	8	225	47	0	8	42	1.38
56412--56453	22	2.0	22	90	4	68	50	0	2	47	1.14
56396--56504	51	2.1	53	81	13	129	48	0	6	44	1.28
58597--58643	2	23.5	2	95	0	85	46	0	0	53	1.00
59712--59945	69	3.4	69	77	1	245	25	26	19	28	1.98
60141--60355	76	2.8	75	85	3	288	40	16	13	29	1.87
60332--60380	25	2.0	25	92	8	82	40	20	6	32	1.77
60256--60455	101	2.0	101	86	2	276	39	18	12	29	1.87
60357--60733	76	5.0	76	83	2	418	41	18	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60183--60541	177	2.0	177	99	0	709	40	17	12	30	1.86
60141--60618	253	1.9	253	86	1	690	39	17	13	29	1.87
70985--71828	134	6.3	134	80	5	844	32	21	15	30	1.94
70985--71828	268	3.1	266	82	3	942	32	21	15	30	1.94
70985--71830	404	2.1	402	81	4	974	32	21	15	30	1.94
71996--72035	3	13.3	3	89	10	64	32	2	0	65	1.06
72581--72632	27	2.0	25	81	7	59	69	1	23	5	1.20
75909--75959	22	2.3	22	100	0	102	45	7	29	17	1.77
81643--81676	5	6.8	5	100	0	68	20	0	0	79	0.73
82752--82808	28	2.0	28	89	0	87	28	3	26	42	1.72
83977--84001	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
88003--88187	29	6.3	29	74	6	86	44	24	5	25	1.74
88019--88187	88	1.9	88	92	0	284	45	24	5	24	1.74
88216--88261	18	2.6	18	100	0	92	8	21	52	17	1.71
95563--95749	29	6.3	29	75	3	113	43	23	5	27	1.77
95579--95744	90	1.8	90	90	0	269	45	22	5	27	1.74
95771--95805	18	2.0	17	94	5	61	11	22	48	17	1.79
98679--98762	29	2.9	29	94	0	150	26	14	11	47	1.78
101098--101254	77	2.0	77	93	0	269	28	13	22	36	1.92
102582--102642	30	2.0	30	93	0	104	18	6	31	44	1.75
110527--110627	49	2.1	49	88	0	148	34	10	5	48	1.63
113178--113253	26	2.9	27	78	9	77	25	14	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113790--113830	14	2.9	14	96	0	73	36	21	24	17	1.94
117324--117364	21	2.1	19	86	9	55	34	24	17	24	1.96
126039--126625	309	1.9	309	94	0	1039	29	15	13	40	1.86
128802--128839	12	3.2	12	88	7	51	57	2	15	23	1.51
137435--137495	27	2.3	26	86	8	86	36	3	22	37	1.71
138123--138147	5	5.0	5	100	0	50	20	40	20	20	1.92
138834--138892	25	2.5	24	75	8	66	50	1	10	37	1.46
141608--141672	31	2.1	30	83	8	78	32	24	9	33	1.87
146174--146241	18	4.1	18	81	18	92	29	8	5	55	1.54
146220--146274	28	2.0	28	82	7	67	29	9	3	58	1.46
146801--146849	2	24.0	2	95	4	89	48	2	0	48	1.12
147801--147841	22	1.9	22	90	5	66	58	7	2	31	1.38
149453--149498	8	6.0	8	78	16	53	69	0	0	30	0.89
149447--149493	3	16.7	3	82	12	64	65	0	0	34	0.93
149448--149493	11	4.4	11	83	10	60	67	0	0	32	0.91
149447--149496	25	2.0	25	88	7	75	66	0	0	34	0.92
149447--149505	22	2.7	22	82	10	59	67	1	0	30	1.00
149831--149942	40	2.8	40	94	0	197	25	19	33	21	1.97
149962--150047	29	3.0	29	94	0	154	47	15	15	22	1.81
150501--150561	31	1.9	31	83	9	79	44	13	11	31	1.79
150637--150858	120	1.9	118	82	7	279	42	11	14	31	1.82
150829--150899	31	2.3	30	85	2	88	40	7	9	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151119--151154	15	2.4	15	100	0	72	38	22	11	27	1.88
151444--151708	102	2.6	104	79	7	279	40	10	16	32	1.84
151747--151831	37	2.3	36	80	6	100	40	8	15	36	1.77
151895--151997	35	2.9	35	82	2	125	39	10	16	33	1.83
153571--153768	49	4.0	51	77	13	170	2	15	8	74	1.14
153596--153759	7	23.4	7	68	13	70	1	15	7	75	1.10
153572--153775	107	1.9	108	83	7	263	1	15	8	73	1.17
153596--153780	72	2.6	66	80	10	192	1	15	8	74	1.11
158440--158480	22	1.9	22	90	5	66	58	7	2	31	1.38
160157--160220	3	21.7	3	93	3	112	65	0	0	34	0.93
171924--172181	138	1.9	138	81	0	318	22	28	21	28	1.99
171924--172198	69	4.0	68	80	2	271	22	27	21	28	1.99
172330--172883	76	7.3	76	83	3	605	40	19	10	30	1.84
172371--172883	227	2.3	228	84	1	654	40	18	10	30	1.85
172328--173399	152	7.2	149	81	6	962	40	19	10	29	1.84
172831--172941	58	1.9	58	98	0	213	39	18	9	32	1.83
172756--173017	134	2.0	134	85	1	355	41	18	9	30	1.83
172884--173399	76	6.8	76	83	1	624	41	19	10	29	1.84
172598--173399	286	2.7	286	80	5	732	41	19	9	29	1.83
172523--173237	362	2.0	361	85	3	972	40	19	9	29	1.83
175062--175263	69	2.9	68	75	8	194	24	26	19	29	1.98
185613--185788	90	2.0	90	93	0	298	37	10	7	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192477--192652	90	2.0	90	93	0	298	37	10	7	44	1.66
195862--195935	5	15.0	5	77	2	51	18	9	1	70	1.22
198353--198377	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
205729--205768	21	2.0	20	85	5	53	30	12	20	37	1.89
207909--208055	77	1.9	79	83	8	194	41	8	5	44	1.59
213166--213211	8	5.8	8	78	16	51	26	2	0	71	0.97
213278--213325	17	2.7	17	83	6	60	81	6	6	6	0.99
213278--213326	18	2.8	17	84	3	53	79	6	6	8	1.05
213730--213802	36	2.0	36	100	0	146	27	13	23	35	1.92
215373--215531	39	4.1	39	72	12	139	40	18	11	30	1.85

Tables:   1   2