genome.fa.s7495.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007495.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020730_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426237

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9730--9792	26	2.4	26	78	19	69	9	15	4	69	1.32
10962--11098	35	4.1	32	82	10	91	31	2	35	30	1.73
11014--11078	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
11000--11098	36	2.8	36	89	4	141	29	4	34	32	1.76
26904--26952	23	2.1	24	81	11	57	63	0	22	14	1.30
27171--27203	17	1.9	17	88	11	50	0	18	3	78	0.87
27546--27622	33	2.3	33	82	8	86	31	1	36	31	1.66
27608--27693	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
27593--27694	36	2.9	36	94	1	170	26	4	36	32	1.78
36526--36568	22	2.0	22	100	0	86	32	6	32	27	1.84
39799--39902	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
47604--47648	19	2.4	19	100	0	90	35	28	24	11	1.90
57613--57690	36	2.2	36	92	0	129	32	34	3	29	1.76
58156--58202	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
61739--61819	36	2.2	36	88	0	126	29	33	4	32	1.79
63434--63511	35	2.2	35	79	0	84	29	37	2	30	1.71
67810--67886	35	2.2	35	83	2	91	29	35	2	32	1.71
67818--67886	35	1.9	36	85	2	95	30	31	2	34	1.73
69336--69421	41	2.1	41	97	0	163	30	17	18	33	1.94
74651--74680	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
80501--80675	90	2.0	89	90	1	278	35	10	8	45	1.69
84875--84926	19	2.6	21	84	6	72	48	5	11	34	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87109--87160	19	2.6	21	84	6	72	46	5	13	34	1.67
90264--90343	18	4.7	16	73	25	67	3	16	6	73	1.18
90278--90324	13	3.8	12	79	17	51	2	19	2	76	0.99
90284--90341	19	3.2	17	79	15	55	1	17	5	75	1.06
91052--91103	19	2.6	21	84	6	72	46	5	13	34	1.67
94645--94696	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
107559--107663	36	2.9	35	90	4	149	28	4	36	30	1.78
108003--108053	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
111750--111854	36	2.9	35	92	1	165	26	4	38	30	1.77
112194--112244	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
113910--113951	21	2.0	21	95	4	77	42	7	9	40	1.65
114609--114668	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
119763--119806	22	2.0	23	86	4	63	6	18	2	72	1.17
126994--127098	36	2.9	35	92	1	165	26	4	38	30	1.77
127862--127901	18	2.2	18	95	0	71	22	30	17	30	1.97
127869--127910	18	2.3	18	95	0	75	23	23	28	23	2.00
131091--131130	15	2.8	14	81	7	53	0	17	2	80	0.83
131521--131625	36	2.9	35	91	4	158	27	4	37	30	1.77
144856--144926	35	2.0	37	91	5	119	33	4	32	29	1.77
148591--148634	6	7.2	6	82	12	54	2	18	0	79	0.83
152835--152906	20	3.6	20	90	3	110	45	5	12	36	1.65
153795--153854	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159951--159999	17	2.8	17	87	3	62	79	0	14	6	0.91
159951--160008	5	11.6	5	77	14	57	79	0	15	5	0.90
167283--167321	20	1.9	21	84	5	53	30	0	41	28	1.57
167659--167709	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
168619--168678	30	2.0	31	83	3	77	55	10	8	26	1.61
170986--171037	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
174407--174462	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
174407--174462	18	3.1	18	82	17	71	0	19	1	78	0.84
175189--175240	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
177191--177288	17	5.9	17	69	23	75	3	16	2	78	0.97
177191--177250	8	7.2	8	80	3	57	3	16	0	80	0.85
177173--177251	32	2.5	30	78	13	77	6	16	2	74	1.13
177190--177285	24	3.9	23	78	10	93	4	15	2	78	1.00
177224--177284	25	2.4	25	76	7	61	1	14	3	80	0.92
177198--177286	8	10.9	8	75	4	79	3	14	2	79	0.95
177617--177655	20	1.9	21	84	5	53	30	0	41	28	1.57
177994--178044	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
179348--179400	20	2.9	17	83	13	54	3	15	5	75	1.13
179369--179400	17	1.9	17	93	6	57	0	15	6	78	0.95
179934--179971	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
191114--191153	11	3.6	11	86	6	55	90	7	2	0	0.55
191116--191151	9	3.9	9	85	7	54	88	8	2	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191114--191159	21	2.1	21	88	4	65	84	10	4	0	0.75
192200--192676	239	2.0	239	98	1	922	36	25	17	20	1.94
198328--198379	19	2.6	21	84	6	72	48	5	11	34	1.63
201726--201796	29	2.5	28	75	4	72	1	16	4	77	1.00
201746--201797	18	2.8	19	78	18	56	1	17	5	75	1.10
206186--206238	22	2.2	25	90	9	85	58	11	18	11	1.62
206195--206244	25	2.1	23	85	7	64	62	12	18	8	1.53
208476--208526	22	2.3	22	96	0	93	33	11	11	43	1.78
212164--212244	2	40.5	2	100	0	162	50	0	0	49	1.00
212772--212811	21	1.9	21	85	10	55	62	0	17	20	1.33
212835--212889	23	2.5	22	85	8	67	25	1	38	34	1.67
214900--214968	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
219367--219435	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
223837--223905	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
228451--228483	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
229011--229050	21	1.9	21	85	10	55	62	0	17	20	1.33
229768--229836	33	2.1	33	86	5	95	31	34	1	31	1.67
230179--230220	12	3.5	12	81	18	52	76	2	21	0	0.90
235405--235473	33	2.1	33	86	5	95	31	34	1	31	1.67
241354--241431	31	2.5	31	93	2	131	38	12	8	39	1.75
242634--242682	19	2.5	20	78	21	59	24	8	0	67	1.18
251206--251290	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251204--251307	36	2.9	36	95	1	183	30	36	3	28	1.75
254598--254649	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
255061--255104	19	2.4	17	82	14	52	22	9	0	68	1.18
264609--264643	17	2.1	17	89	5	54	77	2	20	0	0.90
265533--265584	21	2.6	20	90	6	79	44	5	13	36	1.68
273074--273115	11	3.8	11	81	6	50	69	4	11	14	1.34
275186--275254	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
279648--279716	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
283638--283679	11	3.8	11	81	6	50	69	4	11	14	1.34
289403--289447	6	7.8	6	76	18	51	0	15	2	82	0.77
289405--289453	15	3.3	15	83	11	66	0	14	2	83	0.73
289404--289453	21	2.3	22	89	6	57	0	16	2	82	0.77
292010--292060	21	2.4	21	83	9	59	27	1	35	35	1.68
295138--295191	22	2.5	22	93	0	90	38	1	35	24	1.66
295362--295413	17	2.9	17	78	16	61	40	3	5	50	1.45
300037--300130	47	2.0	47	95	0	170	46	17	19	17	1.84
302029--302077	2	25.5	2	91	8	84	48	0	0	51	1.00
303620--303681	9	6.4	9	75	12	52	77	3	14	4	1.06
306555--306601	24	2.0	23	84	12	60	34	6	4	55	1.45
308131--308182	17	3.0	18	83	8	72	76	5	9	7	1.14
308131--308200	18	4.0	17	77	14	63	77	4	11	7	1.11
308133--308208	35	2.2	35	88	4	109	76	5	11	6	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308133--308208	18	4.4	17	73	14	57	76	5	11	6	1.14
311074--311119	24	2.0	23	83	12	58	36	6	4	52	1.47
311173--311219	21	2.6	18	83	16	53	42	10	2	44	1.51
311532--311562	15	2.1	15	100	0	62	19	32	32	16	1.94
312753--312815	17	3.6	18	72	8	58	74	4	12	7	1.19
312791--312815	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
312762--312829	34	2.0	33	88	2	100	76	4	13	5	1.12
315698--315743	24	2.0	23	83	12	58	36	6	4	52	1.47
320645--320693	24	2.1	24	84	3	64	71	6	18	4	1.23
325782--325831	21	2.3	22	86	6	66	30	34	2	34	1.69

Tables:   1   2