genome.fa.s754.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001457_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  316703

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1081--1160	29	2.7	29	83	11	99	26	25	10	38	1.87
1792--1830	20	2.0	20	85	5	53	43	33	0	23	1.54
5554--5615	21	3.0	21	88	4	92	35	27	16	20	1.94
17716--17753	13	3.0	13	84	7	51	73	13	0	13	1.09
19948--19999	26	2.0	26	96	0	95	51	11	3	32	1.56
26652--26778	59	2.1	59	78	8	141	33	12	14	40	1.83
26985--27113	59	2.1	61	80	10	142	34	14	15	34	1.88
30985--31053	3	23.3	3	97	2	131	65	0	0	34	0.93
31208--31976	134	5.7	134	85	4	987	27	17	24	30	1.97
31208--31976	268	2.9	268	87	1	1114	27	17	24	30	1.97
40382--40423	12	3.7	12	76	23	54	57	16	2	23	1.51
40384--40428	22	2.0	22	100	0	90	51	17	4	26	1.65
43327--43549	36	6.2	36	87	1	297	18	22	22	35	1.95
46530--46647	61	1.9	61	87	3	175	54	2	4	38	1.34
46530--46649	29	4.0	29	72	15	93	53	2	4	40	1.34
46539--46631	16	6.1	16	69	15	63	54	3	2	39	1.28
48672--48731	30	2.0	31	90	3	95	36	10	11	41	1.75
51020--51054	17	2.0	18	94	5	63	28	11	8	51	1.67
51887--51917	15	2.1	15	100	0	62	29	12	25	32	1.93
52321--52404	18	4.7	18	82	8	100	41	17	5	34	1.74
52474--52502	14	2.1	14	100	0	58	58	13	0	27	1.36
53693--54079	42	9.1	42	85	3	456	33	21	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53722--54079	85	4.2	83	86	4	430	33	21	22	22	1.98
57647--57773	41	3.1	41	72	8	114	33	17	18	31	1.94
57633--57866	82	2.9	82	82	1	274	34	17	17	30	1.94
57712--57853	41	3.5	40	70	17	103	35	17	16	30	1.92
57632--57904	82	3.3	82	81	5	268	34	17	17	29	1.94
57973--57998	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
58926--58957	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
58965--58998	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
59004--59036	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
60380--60424	3	14.7	3	90	4	72	62	0	0	37	0.96
60658--61179	113	4.7	113	90	1	784	26	19	14	39	1.90
60654--61179	226	2.3	225	92	2	873	26	19	14	38	1.91
61113--61214	40	2.5	40	96	0	195	20	23	8	47	1.78
61001--61327	153	2.1	154	90	0	503	25	20	13	40	1.88
61154--61697	113	4.8	113	89	3	763	27	19	14	38	1.91
60893--61441	267	2.1	266	89	0	837	27	19	13	40	1.89
60669--61667	493	2.0	490	86	2	1389	27	19	14	38	1.90
61154--61690	226	2.4	227	91	1	855	27	19	14	38	1.91
62102--62156	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
64623--64845	114	2.0	114	92	0	374	30	20	15	33	1.94
68198--68247	24	2.1	24	100	0	100	16	28	4	52	1.61
70370--70423	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72796--72831	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72841--72874	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
72839--72914	40	1.9	39	86	7	109	61	1	3	32	1.22
74240--74281	3	13.7	3	90	5	66	61	0	0	38	0.96
75632--75661	7	4.3	7	91	0	51	20	0	40	40	1.52
76156--76217	29	2.2	27	85	5	79	50	1	0	48	1.10
76156--76217	20	3.3	19	76	10	65	50	1	0	48	1.10
76155--76206	18	2.8	19	80	11	54	46	1	0	51	1.12
76289--76342	11	4.9	11	86	6	74	50	0	0	50	1.00
76289--76342	21	2.5	22	87	6	74	50	0	0	50	1.00
76295--76348	21	2.7	19	81	18	65	50	0	0	50	1.00
77484--77519	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
85547--85594	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
85564--85595	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
86471--86629	81	2.0	81	85	0	219	27	23	14	34	1.94
88812--88865	28	1.9	28	81	7	65	48	0	1	50	1.11
89088--89118	12	2.6	12	100	0	62	9	41	22	25	1.84
103847--103899	21	2.5	21	81	6	63	22	26	18	32	1.97
103889--104021	20	6.6	20	77	8	126	37	19	20	22	1.94
103889--104003	41	2.8	40	89	5	178	39	18	20	22	1.93
103889--104021	41	3.3	41	78	15	143	37	19	20	22	1.94
103889--104021	61	2.2	61	82	5	162	37	19	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104228--104280	27	1.9	27	84	3	70	37	30	7	24	1.83
104544--104628	19	4.7	19	74	15	81	44	23	21	10	1.83
104646--104701	14	3.6	14	74	21	58	8	25	25	41	1.84
104629--104722	33	2.8	33	95	1	161	10	23	23	42	1.85
104624--104750	20	7.1	19	70	20	103	11	24	20	44	1.84
106443--106815	94	4.1	93	94	2	580	21	11	19	47	1.80
106906--107015	19	6.3	19	71	21	78	50	23	18	8	1.73
106912--107014	33	3.1	33	83	2	136	50	24	17	7	1.72
106978--107015	20	1.9	20	94	0	67	52	28	13	5	1.61
107021--107084	33	1.9	33	90	0	101	10	21	21	45	1.83
107561--107627	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
108977--109012	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
109119--109177	19	3.4	18	71	22	54	47	20	20	11	1.81
109128--109184	19	3.3	19	76	18	70	47	21	22	8	1.78
109190--109274	19	4.7	19	71	15	72	12	24	21	41	1.88
111713--111766	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
112629--112695	20	3.3	20	85	0	89	34	19	22	23	1.97
112663--112755	21	4.5	21	83	2	100	23	21	17	37	1.94
112628--112777	41	3.7	41	73	4	115	30	19	19	31	1.96
114149--117756	353	10.2	353	97	0	6864	28	18	22	30	1.97
128638--128782	26	6.0	26	77	18	179	44	11	24	20	1.83
128677--128821	20	6.7	20	77	17	137	41	9	28	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128651--128802	46	3.3	46	95	0	277	42	10	26	19	1.84
129517--129599	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
133130--133163	17	2.0	17	88	11	52	41	2	2	52	1.31
134577--134616	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
137093--137136	20	2.2	20	100	0	88	34	25	9	31	1.87
140978--141011	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
142141--142169	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83
143250--143327	21	3.6	23	73	16	76	34	17	20	26	1.95
143248--143305	23	2.7	20	78	17	71	34	17	18	29	1.94
149209--149259	22	2.3	22	79	0	57	27	31	17	23	1.97
157500--157528	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
158034--158219	94	2.0	94	98	0	363	19	20	32	26	1.97
159423--159462	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
163653--163775	51	2.4	50	82	4	149	21	31	30	15	1.95
165488--165537	24	2.1	24	100	0	100	36	14	8	42	1.74
173888--173929	19	2.2	19	91	0	66	26	23	19	30	1.98
176720--176758	12	3.2	12	96	3	69	0	41	10	48	1.37
177929--178062	63	2.1	62	81	8	146	27	22	18	31	1.97
182699--182744	20	2.2	20	84	7	56	28	15	19	36	1.92
182713--182750	20	1.9	20	94	0	67	26	13	23	36	1.91
182949--183002	27	2.0	27	96	0	99	31	14	24	29	1.95
182952--183009	27	2.1	27	90	0	89	36	12	22	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185877--185906	13	2.3	13	94	0	51	53	3	33	10	1.51
185922--185962	3	13.7	3	94	0	73	63	0	2	34	1.08
185961--186041	3	27.3	3	97	2	155	34	0	0	65	0.93
186609--186645	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
186690--186745	21	2.7	21	80	0	67	26	19	19	33	1.96
186729--186827	41	2.4	41	84	0	144	34	22	18	25	1.96
186972--187022	22	2.3	22	93	0	84	21	45	13	19	1.85
187398--187441	19	2.3	19	92	7	72	11	18	25	45	1.82
190678--190720	2	22.0	2	90	4	70	46	0	2	51	1.13
195799--195891	31	2.9	31	78	7	98	33	18	18	30	1.95

Tables:   1   2