genome.fa.s7597.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007597.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021946_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  240653

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 129 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10248--10286	19	2.1	19	85	0	51	25	25	23	25	2.00
10303--10340	17	2.2	17	90	0	58	18	36	23	21	1.95
12007--12128	44	2.7	45	75	6	131	25	20	13	40	1.90
12007--12144	45	3.1	45	75	7	129	25	21	13	39	1.90
12101--12590	49	9.8	49	80	5	536	32	22	12	33	1.91
15903--15968	19	3.5	20	79	10	75	19	24	24	31	1.98
15912--15967	29	1.9	29	82	7	69	17	25	26	30	1.97
15919--15975	19	3.1	19	78	12	64	15	22	28	33	1.95
15977--16018	14	3.0	14	89	0	66	19	47	21	11	1.81
19363--19448	19	4.6	19	79	15	74	13	25	30	30	1.94
19356--19448	9	9.9	9	72	9	69	15	24	29	31	1.95
19350--19448	38	2.6	38	80	13	107	18	25	27	29	1.98
19443--19485	14	3.1	14	89	0	68	18	48	20	11	1.79
21127--21298	45	3.8	45	74	6	170	25	20	14	39	1.90
21255--21746	49	9.8	49	79	6	513	32	21	13	33	1.91
21986--22051	26	2.4	27	75	12	64	46	22	0	30	1.52
29875--29947	27	2.7	27	91	0	119	28	13	27	30	1.94
32433--32465	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
34181--34208	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36215--36407	29	6.7	29	81	6	221	38	22	5	33	1.77
36215--36406	87	2.2	87	85	5	255	38	22	5	33	1.76
52229--52349	32	3.8	32	84	2	145	20	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58699--58896	99	2.0	99	88	3	292	33	17	15	34	1.91
68935--68981	18	2.6	17	80	16	51	14	10	2	72	1.21
69914--69962	19	2.6	19	100	0	98	26	16	30	26	1.97
69996--70071	19	4.0	18	85	8	89	30	18	26	25	1.98
69996--70069	39	1.9	38	86	8	105	29	18	25	25	1.98
70390--71187	117	6.8	117	84	6	926	38	10	19	30	1.86
70389--71245	176	4.9	176	86	6	1037	38	10	20	30	1.86
70390--71176	293	2.7	293	85	7	1078	38	10	19	31	1.86
71365--72969	43	37.0	43	90	2	2392	42	6	20	30	1.77
71428--71497	21	3.3	21	65	11	61	42	8	20	28	1.81
71365--72966	260	6.2	258	92	2	2462	42	6	20	30	1.77
72188--72257	22	3.2	22	62	18	56	45	4	21	28	1.70
71363--72969	476	3.4	476	96	0	2833	42	6	20	30	1.77
72664--72733	22	3.2	22	62	18	56	45	4	21	28	1.70
94672--94722	25	2.0	25	96	0	93	35	13	17	33	1.89
97208--97253	17	2.8	16	80	9	56	30	34	8	26	1.86
97270--97312	22	2.0	22	85	0	59	18	20	25	34	1.96
100459--100668	56	3.8	56	82	5	196	30	10	18	40	1.84
100459--100723	56	4.7	56	81	6	182	32	10	18	39	1.84
100533--100723	57	3.4	57	82	7	183	31	10	18	39	1.85
101134--101168	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
101648--102145	47	10.7	47	87	2	666	22	22	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101648--102145	93	5.3	93	86	2	687	22	22	12	43	1.86
101759--101846	27	3.5	27	69	20	91	18	25	15	40	1.90
102065--102212	67	2.2	67	96	0	269	20	24	13	41	1.89
102065--102258	20	8.7	20	68	20	100	21	23	13	41	1.88
102132--102312	46	3.9	47	85	2	238	20	22	13	43	1.86
102130--102320	48	4.1	46	84	4	240	21	20	13	43	1.86
102132--102311	94	1.9	93	86	3	254	21	22	13	43	1.87
102797--102836	21	2.0	20	90	5	62	15	35	17	32	1.91
105059--105127	23	3.0	23	75	12	70	27	24	24	23	2.00
105337--105405	30	2.3	30	87	0	93	28	23	7	40	1.81
105930--105985	21	2.7	21	88	0	85	28	19	25	26	1.99
110804--110832	14	2.1	14	100	0	58	13	20	27	37	1.91
116188--116688	255	1.9	257	89	2	772	33	12	17	36	1.87
118223--118261	10	3.8	11	90	9	57	17	20	25	35	1.95
118233--118275	19	2.1	21	83	8	54	16	25	27	30	1.97
118271--118315	18	2.5	18	96	0	81	17	46	22	13	1.83
118276--118300	13	1.9	13	100	0	50	16	48	24	12	1.79
118365--118544	29	6.4	28	81	5	193	28	7	23	40	1.81
118341--118505	84	2.0	84	86	7	237	29	7	22	40	1.82
121636--122063	214	2.0	214	98	0	820	28	15	27	28	1.96
125767--125816	23	2.2	23	96	0	91	20	50	22	8	1.74
125766--125813	13	3.9	13	81	15	66	18	47	22	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125785--125823	18	2.2	18	95	4	71	17	48	23	10	1.78
125831--126008	29	6.3	29	78	7	125	25	7	24	42	1.81
129517--129552	17	2.1	17	100	0	72	25	38	16	19	1.92
131911--131993	30	2.7	29	78	14	78	33	2	15	48	1.58
131926--132022	30	3.2	30	80	4	79	38	3	13	45	1.59
132574--132629	21	2.5	23	75	16	55	46	1	0	51	1.11
137758--137881	13	9.2	13	68	23	69	73	8	1	16	1.15
137758--137819	20	3.1	20	77	11	65	74	6	0	19	1.03
137758--137820	28	2.2	28	83	10	76	73	6	0	20	1.05
138083--138136	24	2.2	24	84	12	67	59	1	1	37	1.19
147461--147494	15	2.3	15	89	0	50	20	5	41	32	1.76
147680--147729	15	3.3	15	77	0	64	22	14	44	20	1.86
147660--147729	30	2.3	30	95	0	122	24	15	40	20	1.91
150966--151009	14	3.3	13	84	12	54	86	2	6	4	0.77
150966--151012	23	2.0	23	91	0	76	85	2	6	6	0.82
152698--152740	17	2.6	16	85	10	52	34	2	2	60	1.22
152696--152799	18	5.5	18	73	19	70	39	2	0	56	1.21
158440--158482	20	2.1	21	86	4	61	44	18	20	16	1.87
162381--162428	22	2.2	22	88	0	69	39	16	31	12	1.86
164192--165200	54	18.6	54	84	4	816	34	17	24	22	1.96
164823--165132	55	5.6	55	92	2	498	32	14	24	28	1.95
164823--165127	166	1.8	164	92	2	522	31	15	24	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165447--165474	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
179208--179266	27	2.2	27	84	6	75	69	5	13	11	1.34
180923--180959	18	2.0	19	89	5	58	27	5	0	67	1.12
186011--186058	13	3.9	13	81	7	57	41	0	0	58	0.98
185976--186054	11	6.9	11	69	18	54	37	5	0	56	1.21
189745--189851	24	4.5	24	77	6	110	49	15	14	19	1.79
189745--189853	48	2.3	47	84	6	130	49	15	15	19	1.80
192311--192357	18	2.6	18	89	0	67	14	23	46	14	1.82
192991--193076	45	1.9	45	95	0	154	36	15	8	40	1.77
198620--198644	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
198975--199020	24	1.9	24	100	0	92	30	13	15	41	1.85
199726--199781	22	2.5	22	82	5	69	28	14	16	41	1.87
206843--206898	22	2.5	22	79	0	67	28	10	19	41	1.85
208579--208656	15	5.4	15	66	9	54	47	0	2	50	1.15
208556--208646	43	2.1	42	81	4	101	49	1	5	43	1.33
208625--208660	15	2.5	15	91	8	58	47	0	0	52	1.00
214472--214518	16	2.9	16	83	0	58	74	4	2	19	1.09
216446--216488	16	2.7	16	86	13	54	65	4	0	30	1.13
216327--216488	13	12.7	12	67	14	83	57	5	2	34	1.35
216327--216488	3	50.7	3	70	14	83	57	5	2	34	1.35
218103--218166	5	10.8	6	77	16	55	3	15	0	81	0.82
218118--218171	22	2.6	21	88	8	67	1	14	0	83	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218117--218168	16	3.1	16	84	15	70	1	13	0	84	0.70
218117--218159	9	5.0	9	83	8	54	0	13	0	86	0.58
218110--218171	20	3.0	22	81	13	78	1	16	0	82	0.75
218110--218159	8	6.0	8	82	15	57	0	16	0	84	0.63
218953--219015	33	1.9	33	86	0	90	28	30	9	31	1.89
219642--219701	27	2.2	28	80	14	72	71	1	21	5	1.14
219643--219704	14	4.6	14	76	17	60	72	1	20	4	1.12
219656--219706	24	2.0	26	88	7	79	70	3	21	3	1.20
223216--223312	23	4.2	23	80	2	115	24	17	25	31	1.97
223721--224887	258	4.5	258	84	3	1449	34	14	16	34	1.89

Tables:   1   2