genome.fa.s7697.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007697.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109906_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338196

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--404	184	2.2	182	96	0	745	34	14	16	34	1.89
2944--3006	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2944--3016	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
3020--3057	20	1.9	20	88	0	58	28	15	10	44	1.80
3371--3433	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
3371--3443	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
3446--3484	20	2.0	20	89	0	60	25	15	10	48	1.76
2848--5116	420	5.4	427	95	3	4153	39	8	13	38	1.74
3794--3851	22	2.6	22	81	10	64	36	6	17	39	1.76
3814--3869	23	2.5	22	83	13	71	35	1	17	44	1.60
4212--4274	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
4212--4284	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
4637--4693	22	2.5	23	88	2	80	35	7	19	38	1.79
4637--4708	22	3.3	22	83	9	76	34	5	19	40	1.75
5054--5118	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
5322--5358	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
5314--5360	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
7653--7783	60	2.2	61	83	6	160	29	22	7	39	1.82
9671--9768	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
9612--9768	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
9755--9925	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
9735--9944	60	3.5	58	80	7	208	37	25	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9789--9944	20	7.8	20	87	4	174	35	25	17	21	1.95
9755--9944	40	4.8	40	86	5	208	36	25	17	20	1.94
10860--11133	19	15.4	19	82	15	363	47	17	21	13	1.83
10860--11155	33	8.5	34	87	10	315	46	17	21	13	1.83
10888--11155	52	5.0	52	90	8	384	46	16	22	14	1.83
11093--11147	14	3.6	14	76	21	56	47	20	21	10	1.80
11161--11262	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
11368--11404	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
14662--14751	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
14654--14768	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
14676--14773	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
14799--14873	19	3.9	19	85	3	105	12	22	22	42	1.86
14799--14873	39	1.9	38	86	2	105	12	22	22	42	1.86
14965--15035	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
15217--15271	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
15418--15611	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
15420--15591	60	2.8	60	84	0	236	20	19	25	34	1.96
15417--15732	60	5.2	60	77	8	232	20	18	25	36	1.95
15578--15675	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
15578--15734	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
15578--15734	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
28272--28319	21	2.2	23	82	14	57	58	6	8	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47891--47935	21	2.3	19	84	7	54	24	2	6	66	1.27
53051--53254	102	2.0	102	98	0	390	36	17	20	25	1.94
62355--62393	16	2.4	16	86	0	60	51	20	5	23	1.67
62881--62905	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
64183--64254	25	2.9	23	71	19	56	43	13	0	43	1.44
71549--71653	37	3.0	37	72	16	98	45	0	3	49	1.26
77972--78023	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
78012--78125	20	5.7	20	82	6	131	33	23	18	24	1.97
78677--78718	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
78714--78784	19	3.7	19	88	3	106	11	18	22	47	1.80
78719--78795	39	2.0	39	84	5	102	9	18	25	46	1.78
78760--78831	33	2.2	33	82	0	90	11	20	26	41	1.86
78808--78844	14	2.6	14	91	0	56	13	24	21	40	1.89
78847--78893	20	2.3	20	79	13	60	12	25	14	46	1.80
80950--81016	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
80898--81016	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
82374--82409	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
82516--82686	20	8.7	20	96	1	303	48	21	20	9	1.78
82689--82787	33	3.0	33	86	7	148	18	21	20	40	1.92
84696--84720	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
85387--85449	33	1.9	33	86	0	90	12	23	22	41	1.88
87098--87306	74	2.8	76	84	5	262	24	32	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89277--89338	31	2.0	31	100	0	124	51	6	12	29	1.65
89277--89324	15	3.1	15	70	5	51	56	4	14	25	1.56
89284--89337	15	3.5	15	75	5	63	50	5	11	33	1.61
90873--90916	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
91101--91214	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
91081--91216	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
91143--91277	41	3.3	41	81	4	130	20	20	21	37	1.94
91204--91296	20	4.6	20	78	4	96	18	23	18	39	1.92
91204--91296	41	2.3	41	98	0	177	18	23	18	39	1.92
93313--93338	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
93314--93361	9	5.6	9	92	7	50	70	0	0	29	0.87
93317--93357	12	3.4	12	84	15	50	70	0	0	29	0.87
93332--93362	4	7.5	4	92	7	53	74	0	0	25	0.82
96512--96562	25	2.0	25	88	0	75	37	19	11	31	1.88
104881--104926	23	2.0	23	82	4	56	60	4	0	34	1.16
105235--105269	18	1.9	18	88	0	52	17	2	22	57	1.53
105401--105458	29	2.0	30	86	3	82	50	13	17	18	1.79
105635--105677	21	2.2	19	83	8	50	37	0	6	55	1.27
109590--109678	21	4.3	21	88	1	126	20	23	23	32	1.98
110346--110501	21	7.4	21	88	0	222	30	21	25	22	1.99
110492--110545	21	2.6	21	84	0	72	29	18	22	29	1.97
114778--115048	37	7.3	37	82	11	290	47	1	5	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115125--115182	3	20.7	3	80	16	63	27	0	1	70	0.97
115503--115546	19	2.3	19	84	0	61	47	27	13	11	1.77
116161--116185	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
117472--117535	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
117481--117530	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
117448--117534	31	2.8	30	82	6	102	42	1	2	54	1.20
118254--118340	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
123989--124074	35	2.5	33	77	17	86	54	9	8	27	1.60
127813--127870	23	2.6	23	78	10	66	44	1	1	51	1.21
127791--127845	17	3.2	17	78	12	58	41	1	0	56	1.10
127828--127875	22	2.1	23	85	11	64	37	4	4	54	1.39
127813--127877	23	2.8	23	78	17	64	41	3	3	52	1.32
137397--137429	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
138040--138084	19	2.4	19	92	3	74	13	11	8	66	1.44
141486--142342	84	10.4	82	79	5	755	30	25	20	23	1.99
141486--142342	164	5.2	164	84	3	956	30	25	20	23	1.99
141486--142342	248	3.5	244	82	5	893	30	25	20	23	1.99
141528--142342	329	2.5	330	85	3	1101	30	25	20	23	1.99
146805--146912	29	3.7	29	73	9	94	62	3	2	31	1.27
149491--149581	42	2.2	42	95	0	164	20	8	20	49	1.75
151930--151962	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
155217--155253	18	2.1	18	85	14	51	43	10	13	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156863--156924	12	5.2	12	71	7	54	14	14	17	53	1.74
156820--156926	24	4.5	24	72	6	92	20	14	15	49	1.79
160564--160597	17	1.9	18	88	5	52	41	8	14	35	1.77
162174--162266	12	7.8	12	68	13	57	18	16	16	49	1.80
162160--162268	48	2.3	48	80	6	123	18	16	15	49	1.80
162197--162265	24	2.9	24	82	4	86	15	15	14	53	1.73
166758--166795	20	1.9	20	88	0	58	39	2	0	57	1.12
170264--170311	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
178877--178982	46	2.3	47	88	6	157	36	22	12	28	1.90
179688--180702	508	2.0	504	96	2	1894	32	22	17	26	1.96

Tables:   1   2