genome.fa.s7698.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007698.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109908_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  347831

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1372--1441	21	3.3	21	68	5	61	20	20	37	22	1.95
1375--1497	42	2.9	41	79	7	113	22	17	36	23	1.94
3490--3649	20	8.8	18	72	17	93	43	22	22	11	1.86
3514--3612	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
3490--3654	19	9.1	19	75	16	136	42	22	23	12	1.87
3650--3697	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
4209--4261	20	2.7	21	82	11	67	26	20	28	24	1.99
4374--4427	21	2.6	21	100	0	108	29	33	16	20	1.95
8005--8055	20	2.5	20	96	0	93	45	9	23	21	1.82
12126--12173	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
16773--16821	21	2.3	21	96	0	89	26	18	12	42	1.85
19551--19609	30	2.0	30	89	0	91	22	28	20	28	1.98
21190--21823	316	2.0	316	92	2	1058	33	24	11	30	1.91
34319--34359	18	2.3	18	91	0	64	0	31	21	46	1.52
43221--43390	44	3.8	44	86	3	232	30	21	7	40	1.81
59430--59454	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
76093--76150	29	2.0	29	86	6	82	17	36	22	24	1.95
76293--76349	29	2.0	29	89	0	87	21	24	36	17	1.94
77326--77391	30	2.2	30	86	2	89	33	19	28	18	1.95
80661--80701	21	1.9	22	85	5	57	29	14	14	41	1.86
82219--82267	20	2.5	20	90	3	73	32	10	4	53	1.54
83670--83827	78	2.0	79	95	2	284	29	17	8	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85042--85103	19	3.3	19	100	0	124	54	11	4	29	1.56
88042--88185	76	1.9	77	86	1	209	22	9	18	49	1.76
91932--91956	12	2.1	12	100	0	50	8	12	24	56	1.62
92827--92865	20	2.0	19	85	5	51	46	7	0	46	1.31
93274--93546	60	4.5	62	77	9	271	42	23	14	19	1.88
93300--93546	20	12.3	20	80	4	219	42	23	14	19	1.88
97217--97270	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
97217--97284	24	2.8	24	81	0	64	38	22	16	23	1.93
98009--98046	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
98651--98693	15	2.9	15	92	0	77	34	4	20	39	1.74
98968--99034	34	2.0	34	82	11	84	41	0	4	53	1.21
99145--99194	19	2.7	19	78	9	50	42	2	0	56	1.11
99128--99250	58	2.1	58	79	18	132	47	0	0	50	1.12
99475--99591	42	2.8	42	92	0	189	46	19	16	17	1.85
118083--118110	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
119718--119806	18	4.8	19	69	4	67	47	0	1	51	1.08
121791--121829	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
121727--121936	65	3.3	63	82	8	219	29	25	17	27	1.97
121727--121957	64	3.6	64	80	6	227	29	25	17	27	1.98
123511--123544	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
123589--123622	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
124709--124784	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142725--142808	43	2.0	43	97	0	159	33	13	29	23	1.93
155869--155947	2	39.5	2	97	0	149	50	1	0	48	1.08
164718--164758	18	2.3	19	87	8	59	63	7	0	29	1.21
166437--166469	6	5.3	6	92	7	57	30	0	0	69	0.88
171180--171274	49	1.9	49	85	4	129	16	31	34	16	1.92
176006--176093	45	2.0	45	97	0	167	44	0	12	43	1.42
179762--180088	128	2.6	128	94	0	582	21	23	19	34	1.96
180484--180584	34	3.1	34	76	16	106	36	3	4	54	1.41
180515--180585	28	2.5	27	86	8	97	38	1	4	56	1.28
181104--181260	21	7.5	21	82	9	196	22	24	33	19	1.97
181104--181254	42	3.6	42	91	1	250	23	24	32	19	1.97
183045--183133	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
183045--183124	34	2.4	33	83	8	101	61	1	0	37	1.04
183879--183905	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
188279--188306	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
194000--194032	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
199215--199250	16	2.2	16	95	0	63	50	13	8	27	1.71
202183--202217	18	1.9	18	88	0	52	2	37	0	60	1.12
215098--215131	11	3.1	11	82	0	50	47	0	8	44	1.34
217015--217069	23	2.4	23	75	6	58	30	20	9	40	1.83
222213--222260	20	2.4	20	86	6	62	31	29	22	16	1.96
222439--222473	13	2.6	14	90	4	54	34	2	11	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223048--223117	36	1.9	36	91	0	113	30	21	15	32	1.94
231693--231748	28	2.0	28	100	0	112	32	25	10	32	1.90
234161--234401	41	5.9	41	83	4	227	28	19	18	33	1.96
234220--234401	81	2.2	82	86	0	249	26	18	16	38	1.92
234693--235111	41	10.2	40	72	14	255	30	18	18	32	1.95
234693--234919	123	1.8	123	83	9	302	30	18	20	31	1.96
234694--235081	164	2.4	162	85	5	528	31	18	18	31	1.95
234693--234961	123	2.2	123	80	7	289	29	18	20	31	1.96
241097--241158	20	3.0	20	95	2	106	19	4	22	53	1.64
241291--241660	43	8.8	43	88	3	531	23	25	18	31	1.97
241273--241660	128	3.1	128	89	3	563	23	25	19	31	1.98
241291--241660	85	4.4	85	88	4	520	23	25	18	31	1.97
244473--244525	20	2.8	20	91	5	83	30	9	5	54	1.55
245021--245293	43	6.5	42	77	13	269	24	19	21	35	1.96
245021--245293	84	3.3	84	79	10	278	24	19	21	35	1.96
245021--245293	126	2.2	126	86	7	378	24	19	21	35	1.96
247318--247353	18	1.9	19	88	5	56	47	8	5	38	1.57
248894--248943	20	2.5	20	100	0	100	26	24	24	26	2.00
248965--249218	22	11.5	22	70	19	154	47	0	7	45	1.30
248960--249197	40	5.9	40	80	16	237	49	0	6	44	1.31
248966--249027	18	3.2	18	73	17	54	45	0	8	46	1.32
249011--249121	33	3.2	33	89	8	150	54	0	7	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249082--249220	66	2.1	67	82	4	174	46	0	7	46	1.30
249421--249471	23	2.2	23	96	0	93	27	21	23	27	1.99
254437--254587	76	2.0	76	100	0	302	20	30	17	31	1.95
254825--254890	10	6.8	10	76	13	75	19	24	27	28	1.99
254825--254894	19	3.7	19	85	11	90	20	25	27	27	1.99
254888--254945	17	3.4	17	97	0	107	17	41	24	17	1.90
256761--256842	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
256761--256842	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
256756--256842	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
256828--256894	20	3.3	20	93	0	107	43	7	14	34	1.74
257054--257115	27	2.3	27	83	10	81	50	1	1	46	1.20
257105--257220	29	4.2	28	73	22	93	50	0	0	48	1.13
257140--257196	14	3.8	14	75	11	51	49	0	1	49	1.11
257405--257524	42	2.9	42	97	0	222	45	19	19	15	1.85
257982--258032	25	2.0	25	100	0	102	23	3	31	41	1.73
258053--258088	17	2.1	17	94	0	63	30	11	22	36	1.89
260456--260524	30	2.3	30	97	0	129	49	10	24	15	1.76
261678--261727	21	2.4	21	82	0	64	26	16	20	38	1.92
268545--268588	20	2.1	22	83	8	56	36	27	0	36	1.57
269123--269172	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
274189--274235	6	7.8	6	100	0	94	48	34	17	0	1.47
276563--276597	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281782--281816	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
285454--285483	9	3.3	9	90	0	51	33	0	0	66	0.92
287533--287632	43	2.3	44	82	3	114	38	20	23	19	1.94
287576--287756	43	4.2	43	81	8	208	34	23	22	20	1.97
291991--292371	125	3.0	125	84	5	459	34	18	18	27	1.95
292006--292411	166	2.4	166	88	0	605	33	18	19	28	1.96
292026--292411	125	3.1	124	84	3	420	32	18	19	28	1.96
292026--292425	41	9.6	41	81	4	426	33	18	19	28	1.96
294666--294761	50	1.9	50	85	4	131	20	21	15	41	1.90
302364--302402	20	2.0	20	94	0	69	23	10	15	51	1.73

Tables:   1   2