genome.fa.s7706.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007706.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109921_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338066

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10500--10551	26	2.0	26	100	0	104	34	3	15	46	1.64
12200--12229	16	1.9	15	93	6	51	43	13	10	33	1.77
18196--18227	16	2.0	16	93	0	55	46	12	6	34	1.67
20183--20271	43	2.1	43	100	0	178	33	19	15	31	1.93
23956--24010	24	2.3	24	96	0	101	32	14	21	30	1.93
28665--29112	228	2.0	227	94	2	783	44	7	7	39	1.62
29177--29222	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
29344--29390	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
29348--29395	20	2.6	18	84	15	62	56	10	14	18	1.66
32134--32208	3	25.0	3	79	0	78	34	5	34	25	1.79
33406--33914	183	2.8	183	92	2	821	35	14	16	33	1.89
33817--33853	18	2.1	18	94	0	65	43	10	16	29	1.82
37076--37139	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
37076--37148	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
37727--37774	19	2.4	19	75	10	51	64	10	0	25	1.25
38814--38859	24	1.9	24	90	0	74	43	2	15	39	1.59
57593--57637	22	2.0	23	82	4	56	17	11	20	51	1.75
76042--76090	17	2.9	16	82	11	62	14	0	4	81	0.83
80919--80978	25	2.4	25	97	0	111	31	16	28	23	1.96
81570--81598	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
82175--82241	31	2.2	31	94	0	116	23	28	11	35	1.91
85722--85781	29	2.0	29	83	3	75	38	6	16	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92253--92293	2	20.5	2	89	0	64	53	43	0	2	1.13
92247--92293	18	2.6	18	93	0	76	53	40	2	4	1.32
96664--96706	22	2.0	21	86	4	59	53	2	4	39	1.34
104502--104538	19	1.9	19	100	0	74	27	24	21	27	1.99
105509--105533	12	2.1	12	100	0	50	8	28	24	40	1.83
105574--105646	20	3.6	20	77	3	92	15	21	23	39	1.91
105556--105674	41	2.9	40	82	10	152	16	21	23	37	1.93
105768--105793	6	4.3	6	100	0	52	34	50	15	0	1.45
106265--106331	6	11.5	6	98	1	120	0	16	52	31	1.44
106328--106382	6	9.2	6	100	0	110	32	0	32	34	1.58
106275--106373	12	8.2	12	95	0	72	14	9	43	33	1.76
106495--106560	20	3.2	20	70	4	69	42	24	18	15	1.88
106488--106588	41	2.5	41	98	0	193	38	23	17	19	1.93
106488--106592	21	5.1	21	66	4	79	39	24	17	19	1.92
106621--106726	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
106628--106730	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
106628--106734	21	5.2	21	69	4	92	38	27	18	15	1.91
106488--106759	142	1.9	142	92	1	456	34	22	21	20	1.96
115825--115884	31	1.9	31	86	3	84	53	3	10	33	1.51
117153--117199	20	2.3	20	85	0	67	42	19	17	21	1.89
117192--117606	57	7.3	57	87	1	537	36	23	15	25	1.94
117600--117702	20	5.2	20	73	11	95	23	11	24	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117600--117702	40	2.6	39	90	3	152	23	11	24	40	1.87
117685--117723	20	2.0	20	85	10	53	28	7	28	35	1.85
118777--118822	20	2.3	20	100	0	92	34	17	0	47	1.48
119114--119168	18	3.0	18	92	7	85	45	10	25	18	1.82
125823--125895	22	3.2	23	78	11	78	35	1	2	60	1.20
125838--125883	13	3.8	12	81	18	51	34	0	2	63	1.07
126952--127017	25	2.8	24	73	15	64	39	4	7	48	1.52
140836--140879	17	2.6	17	100	0	88	77	4	0	18	0.94
140833--140880	8	5.8	8	80	9	60	79	4	0	16	0.89
146512--146577	27	2.9	21	68	23	60	36	27	1	34	1.66
154811--154840	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
160054--160112	29	2.0	29	90	6	93	18	16	23	40	1.91
173831--173872	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
175088--175117	12	2.5	12	94	0	51	26	20	33	20	1.97
175112--175199	35	2.5	35	96	0	167	28	34	19	18	1.95
175186--175241	26	2.2	26	100	0	112	19	37	25	17	1.94
175272--175409	29	4.8	29	89	5	190	13	31	32	22	1.93
175410--175441	13	2.5	13	100	0	64	21	46	0	31	1.52
175429--175631	100	2.0	100	97	0	379	25	33	14	25	1.94
175709--175785	25	3.1	25	100	0	154	27	11	35	25	1.91
175798--175843	23	2.0	23	95	0	83	50	4	36	8	1.53
175798--175858	23	2.6	23	86	5	68	52	6	34	6	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176042--176173	45	3.0	45	80	14	134	40	0	12	47	1.41
176356--176387	15	2.2	14	94	5	55	40	0	6	53	1.26
179112--179170	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
179956--180018	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
179960--180025	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
179995--180043	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
180603--180681	15	5.1	15	85	8	113	17	54	7	20	1.67
180576--180689	33	3.5	33	83	10	153	17	52	8	21	1.71
182706--183422	6	119.8	6	98	0	1402	50	32	0	17	1.46
183708--183752	21	2.1	21	84	8	56	46	2	4	46	1.35
185235--185279	22	2.0	22	100	0	90	22	24	17	35	1.95
185560--185595	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
190606--190669	6	10.7	6	98	0	92	15	57	0	26	1.38
199251--199280	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
217371--217482	35	3.2	35	88	0	161	41	23	0	35	1.55
218549--218652	51	2.0	51	87	3	147	20	33	33	12	1.90
219002--219032	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
220464--220505	20	2.1	19	83	12	57	16	23	19	40	1.91
220473--220511	20	2.0	20	89	0	60	12	25	23	38	1.90
220481--220569	41	2.2	42	84	10	121	26	24	20	28	1.99
221036--221181	41	3.8	41	71	18	150	31	19	21	27	1.97
221045--221124	20	4.0	20	75	4	72	33	21	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221061--221237	73	2.3	77	86	10	236	32	20	22	24	1.97
221160--221204	23	2.0	23	86	0	63	35	22	15	26	1.94
221682--222048	184	2.0	183	99	0	725	28	20	21	29	1.98
223605--223666	28	2.3	27	80	8	72	40	3	1	54	1.26
223649--223720	18	3.8	18	77	17	74	36	0	4	59	1.17
223694--223753	21	3.1	18	75	17	57	26	0	6	66	1.16
223717--223753	20	1.9	19	89	10	58	18	0	10	70	1.16
227689--227743	2	27.5	2	84	0	74	41	0	7	50	1.30
229093--229122	15	2.0	15	93	0	51	76	3	0	20	0.92
229189--229242	23	2.3	23	93	0	90	38	0	20	40	1.53
229274--229300	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
229415--229481	22	3.1	22	93	2	118	38	8	1	50	1.43
229589--229613	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
232784--232985	67	3.0	68	94	1	361	25	12	13	48	1.78
233073--233165	32	2.9	32	96	0	168	25	5	17	51	1.66
233779--233810	13	2.5	13	94	0	55	53	15	9	21	1.70
237708--237768	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
243298--243386	12	7.3	12	73	14	67	49	4	0	46	1.22
243534--243589	23	2.5	21	75	16	58	53	3	0	42	1.18
245695--245746	6	8.7	6	100	0	104	17	15	32	34	1.91
248522--248560	20	2.0	20	84	0	51	58	7	2	30	1.39
250085--250183	43	2.3	45	87	8	159	40	7	15	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251914--251945	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
258839--258887	21	2.3	21	100	0	98	24	16	28	30	1.96
258925--258972	19	2.5	19	96	0	87	18	18	18	43	1.88
258904--258978	19	3.8	19	82	5	69	20	18	21	40	1.92
259836--259861	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
263537--263576	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
265076--265116	19	2.2	19	95	0	73	2	26	17	53	1.56
266285--266597	157	2.0	157	98	0	608	28	13	14	44	1.82
266854--266881	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
273218--273307	2	45.0	2	100	0	180	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2